功能性神经外科是神经外科的一个二级亚专业学科，主要治疗脑功能性疾病。功能神经外科疾病一般没有致命性的脑结构性病变（如肿瘤、脑血管瘤等），但由于脑神经功能紊乱严重影响生活质量。
得益于近年来脑科学研究的进展，新技术层出不穷，功能性神经外科已经成为神经系统疾病治疗发展最快的领域。
具体治疗疾病包括：1） 帕金森病 、特发性 震颤 、肌张力障碍等运动障碍性疾病；2）药物难治性 癫痫 ；3）颅神经疾病如 面肌痉挛 、 三叉神经痛 等； 4）强迫症、抑郁症等 精神疾病 ；5）顽固性 疼痛 。
功能神经外科治疗技术包括：1） 神经调控 主要是脑深部电刺激（ DBS ）、VNS、SCS等。可治疗运动障碍、癫痫、疼痛及精神疾病。2） 药物难治性癫痫的精准定位与手术 。3）颅神经疾病如 面肌痉挛、三叉神经痛等的 微血管减压术（MVD） ，三叉神经痛球囊压迫等。
