在硝化作用过程中，锦鲤产生的排泄物会使鱼池中的氨浓度增高，而通过各种微生物会分解转化成亚硝酸，此时鱼池内氨浓度降低，但是亚硝酸的浓度却突然上升，鱼是用腮来进行呼吸的，通过腮部吸入水中的溶解氧，与血液中的血红蛋白相结合，通过心脏运送至体内各细胞，到达细胞内，氧与血红蛋白进行分离，从而供给锦鲤体内细胞氧气。
当水中亚硝酸浓度升高时，鱼会经过腮部将亚硝酸吸入体内，从亚硝酸的化学符号NO₂可以看出，其中含有氧元素，鱼体内的血红蛋白会误认为是氧气而与之结合，当亚硝酸进入鱼体内后，却无法为与血红蛋白分离，为细胞提供氧气，从而导致锦鲤缺氧。
我们都知道，与氧结合的血液是鲜红的，鱼鳃也呈现红颜色，当与亚硝酸结合时，血液会呈现茶褐色或是巧克力色，这就是锦鲤腮部变黑的直接原因。
锦鲤腮部变黑就一定要引起我们的重视，不然长时间下去锦鲤多半会因为缺氧而导致死亡。因此，要定时测量鱼池中水的亚硝酸浓度。如果出现鳃部变黑，要及时进行治疗，第一时间停止饵料的喂食，然后对锦鲤进行消毒处理，并且每天换水要维持在5%。
