卵巢囊肿患者最为担心的问题是肿瘤的性质：良性还是恶性。
临床上，卵巢恶性肿瘤的早期诊断十分困难，70%左右患者在就诊时已属晚期，经治疗5年生存率仅30%，是威胁妇女生命最严重恶性肿瘤。因此，人们对卵巢囊肿的性质重视程度远远超过子宫肌瘤等良性肿瘤。
临床上，医师鉴别卵巢囊肿的性质也有一定困难。医师主要依据患者的症状、体征、辅助检查三个方面对卵巢囊肿的性质进行鉴别。
以下几点经验供参考。
1.症状方面（病人自己诉说的情况）
- 年龄
上皮性卵巢肿瘤是中老年女性最常见的卵巢恶性肿瘤，高发年龄为40～70岁，其中50岁左右绝经前后的中年妇女最为多见。因此，50岁后的卵巢囊肿要特别注意是否为恶性。进入更年期后，卵巢日渐萎缩、变小，若妇科检查仍可触及卵巢或肿块者应高度怀疑本病。
生殖细胞恶性肿瘤多见18岁前，如卵巢内胚窦瘤，因此青春期前发现附件肿物，要考虑卵巢恶性肿瘤。
总之，绝经期后和青春期前的卵巢囊肿恶性风险较高，要特别注意。
- 月经状况和月经史
对年龄较大的女性，大约1/2卵巢癌患者月经不正常，表现为阴道不规则出血。
相反年轻的育龄妇女，卵巢囊肿伴有月经异常却多数为良性，而且往往是生理性囊肿。
临床还发现卵巢功能不全者，月经初潮推迟，绝经期提前。
痛经、独身、不孕的人群易患卵巢癌。
- 腹痛
卵巢癌多数无腹痛，“静悄悄”而来，当然除外晚期患者（晚期已经无需鉴别了）。相反，伴有腹痛的卵巢囊肿多数为良性。临床典例是附件脓肿、巧克力囊肿，囊肿扭转（能够发生扭转出现急腹症的患者，多数为良性）。
- 消化道症状
临床上有一个非常奇怪的现象卵巢癌患者早期最常见的症状往往是消化道症状（类似慢性胃炎、慢性胆囊炎），病人几乎都因腹胀不适、消化不良、胃纳不佳、饮食减少等症状，而怀疑自己患有“胃病”到医院就诊，做胃镜检查（检查结果往往为慢性萎缩性胃炎、胃窦胃炎、浅表性胃炎等），接受“胃炎”治疗，但是长期反复用药治疗往往无效。因此，50岁以上中老年女性，当出现不明原因、不能解释的“胃病”时，要高度警惕“卵巢癌”的可能性，要做妇科检查和盆腔B超检查。
2.体征方面（医师做体检、妇科检查取得的证据）
(1)良性体征：卵巢囊肿5-10cm，单侧，边界清楚，囊性，活动，无触痛，盆底无结节。
(2)恶性体征：10cm以上，双侧，边界不清楚，实质性，质地偏硬，表面高低不平，固定不动，触痛，盆底有结节。
注意：附件脓肿，巧克力囊肿，体检情况与恶性体征类似，当然有经验的医师还是可以鉴别出来。
3.辅助检查
(1)B超检查：B超是检查卵巢囊肿最简单，最有效的*器武**。
良性声像：单侧，囊性，暗区，少数分隔，边界清楚。
恶性声像：双侧，囊实性（混合性），边界不清，多分隔，腹水。
注意：巧克力囊肿和附件脓肿声像图容易混淆。实质性卵巢肿物约70%为恶性；囊性与实性混合，囊壁厚超过2厘米，囊内有分隔恶性风险较高。
(2)CT和MRI：能帮助鉴别卵巢囊肿的性质，尤其对于附件脓肿、巧克力囊肿的鉴别很有价值。
(3)血液肿瘤相关指标化验：CA125，CA199，AFP，CEA，HCG等肿瘤相关指标在鉴别卵巢囊肿的性质上有一定的价值。
- CA125
对诊断卵巢上皮性癌有重要参考价值，特别是浆液性囊腺癌。浆液性囊腺癌的检测阳性率在80%以上，晚期卵巢癌阳性率较早期更高。临床上CA125≥35IU/ml为阳性标准，当数值≥200IU/ml时恶性风险更高。值得指出，CA125并非特异性指标，升高的患者不一定就是恶性肿瘤，部分妇科非恶性疾病如急性盆腔炎，子宫内膜异位症，卵巢囊肿，子宫肌瘤等妇科疾病CA125值也时有升高。
- AFP
AFP,即甲胎蛋白，对卵巢生殖细胞肿瘤有特异性价值，如恶性畸胎瘤、内胚窦瘤AFP均可以升高。AFP可以作为生殖细胞瘤治疗前后及随访的重要标记物。
- HCG
原发性卵巢绒癌成分的生殖细胞瘤患者血中HCG异常升高，正常非妊娠妇女血清B亚单位的HCG值阴性或<3.1mg/ml。
- CEA
有些卵巢恶性肿瘤晚期，特别是黏液性囊腺癌CEA异常升高。但并非卵巢肿瘤的特异性抗原。
- 性激素
卵巢颗粒细胞瘤、卵泡膜瘤可产生较高水平雌激素。