这篇文章将主要介绍日本国内市际方面的交通，届时将涵盖JR在来线、新干线、飞机、巴士以及部分轮渡线路。至于都市圈内或者城区交通部分，还请参阅各地区的部分，关东与关西将会分开在两篇文章中展示，而其他的小城市也会单独开一篇的。
在来线(普通火车)
日本国内铁路网密布，几乎贯穿每一个都道府县市町村(村可能略夸张)，交通极其方便，绝对是出行之首选。JR是日本铁路的原国有公司，也是日本铁路最大的集团，经历过内部改制，JR如今已经完成了全面的私有化，并且划分成了许多小公司。从北到南，JR集团分为JR北海道、JR东日本、JR东海、JR西日本、JR九州、JR四国等，每个公司仅运营自己旗下的小片区。虽然也有跨区联营火车，数量与频次上还是较为有限。在来线(又称本线)指最古老的铁轨，大约相当于中国未修建高铁之前的那些铁路系统，开行的车辆时速都不高。如今日本的在来线大多以服务都市圈通勤为主，靠它长途出行的人不太多，尤其是已通新干线的地区更是如此。所以，绝大多数跨区情况乘客优选新干线，毕竟在来线的速度有限，乘坐东海道本线从东京到大阪全程耗时会接近10小时。
JR在来线上开行的火车速度是分等的。最慢的车无任何标记，逢站必停；稍快一等的是急行，相对于国内的K字头，不停特别小的站点；以上两档适用于JR基础票价，使用交通卡或自动售票机购票即可乘坐。再往上即是特急列车，相当于国内的T字头，仅停指定大站，需要凭特急券上车(去大站的绿色窗口购买即可)，价格为基础价加特急价，约贵出20%。最快的列车就是新干线了，不过这里不放在在来线中讨论范围了。JR在来线上开行的火车大多涂装和车内设置千奇百怪：一些都市通勤用到的小火车与地铁相似，外围会按线路涂成不同颜色以示区分、车厢开门较多、座位全部靠墙，如东京都市圈内的中央线、山手线、总武线等；开行得远一点的市际交通列车会设火车座式的卡位，开门数量与第一种相差不大，但同样留出大量可供站立的空间，如大阪、京都、奈良三者之间的火车(JR东日本与JR西日本的市际列车在涂装和设置上也有些许不同)；部分长途列车或旅游观光列车则与中国国内常见的火车一致了，仅在车厢头尾设置车门、内部座位整齐排列，常见于特急列车，如福冈到长崎的观光火车。当然，日本列车详细的涂装和设置说一天也说不完，大家买到车票就直接上吧，火车内部干净、整洁，与中国火车的环境形成天壤之别……
人口稀少地区的JR线的设定也会有所不同，最典型的如北海道东部地区，由于火车乘坐人数稀少，列车一般仅有一节车厢，且只配一个司机运营，负责开车与查票。常规的JR线检票程序在北海道地区是不适用的，即在出发站购票，到站后经自动检票或人工检票出站；在这样的车上，如果上车站或下车站是无人车站时，则需像乘坐公交车一样，上车时取整理券，下车时按整理券上的编号和司机头顶的运费表来支付车资。无人车站上车的小伙伴，如果换乘到其他线路时，凭整理券在出站时可以找工作人员进行精算。总的来说，JR的系统还是很人性化的。
此外，日本丰富多彩的铁道系统中还有不少私铁，虽然它们与JR线可能接轨，但行驶在私铁上的线路与JR的收费系统是分开的。使用交通卡计费不受影响，进出站拍卡、一次收取两笔费用总额，但若使用JR通票，则需要补私铁的额外差价。最典型的接轨私铁比如由京都至天桥立的桥立线，前半段行驶在山阴线上，后半段为私铁。这时持JR全日本通票或关西通票者记得要补差价购票啊。此外，完全独立运营的私铁也不在少数，如湘南地区的江之岛线，搭乘方式与普通火车无异，只是计费系统完全独立而已。
JR路线繁多，但靠JR出行却并不困难。如果想查询JR列车的路线，如今已有了更为便捷的方式，使用“谷歌地图－交通路线查询”(网站：http://maps.google.com/)，即可方便知道两地的交通方法。在出发点与到达点依次输入起至站，选择好预计出发或到达时间，点查询，不仅详细的车次、换车方式可以一目了然，还可以显示车资，供出行者做出合理规划。如果线路有特殊路况(如停运、晚点)也可及时在系统中显示，以便能尽早安排替代出行方式。
JR通票
在日本逗留时间较长的同学可以考虑购买JR通票了。通票有多种规格，覆盖范围由日本全国到单一地区，金额也各不相同。网上最容易查到的JR通票是“日本铁路周游券”，由JR所有的分公司联合发行，仅限短期逗留的外国人购买，适用路线范围为日本全国的JR铁道(含新干线的部分车次)、JR巴士、JR渡轮(来往宫岛口与宫岛)。一般来说，通票需要先向海外的全日空、日航办事处或旅行社购买换票证，在入境日本后，找JR车站的绿色窗口换成合资格的通票并指定生效日期，方可进行使用。资料请参考网站http://www.japanrailpass.net/cn/cn002.html，内有中文并详细介绍了申领资格、价格和覆盖区域。
日本铁路周游券的注意事项如下：
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软席票可以进入列车的绿色车厢(头等厢)，普通票若使用需补差价，此条亦适用于新干线；
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希望号(Nozomi)与瑞穗号(Mizuho)的任何车次及车厢(包括其自由席)均不可乘坐；
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可乘坐羽田机场至滨松町的东京单轨电车；
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搭乘JR与私铁联运的列车需补私铁差价(上车前、出站前补票均可)；
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换票后需指定车票生效日期，并从此日期后连续的7天、14天、21天内有效(按自然日计算)；
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生效日期可为换票日往后1个月内的任何1天，但一经确定日期不得更改；
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进一步请参阅日本铁路周游券的官方网站。
若活动范围并未达到日本全国，在单一地区(如关东、关西、九州、山阳等)也有自己的通票发行，时间更灵活，价格也略低。由于本篇主讲日本全国范围的交通，关于关东或关西的交通请稍后参阅本博客内其他文章。这里将通票发行公司和网站介绍给大家，需要的话可以自行点击查阅。
JR东日本周游券：http://www.jreast.co.jp/sc/pass/index.html
(关东地区、关东 东北)
JR西日本周游券：https://www.westjr.co.jp/global/sc/travel-information/pass/
(关西地区、关西 山阳、关西 九州 四国)
JR北海道周游券：http://www2.jrhokkaido.co.jp/global/chinese/railpass/rail01.html
(仅北海道岛)
JR九州周游券：http://www.jrkyushu.co.jp/chinese/railpass.html
(仅九州岛)
但，JR东海地区既没有本地区内通票，也未跟其他地区合并发行通票。名古屋都市圈、静冈与伊豆还有中央山结地区想搭火车就只好自己买票、或考虑全国周游券了。
新干线
作为日本的象征，新干线的知名程度已经不需要我在这里做大面积陈述了，简而言之，“新干线”指的是日本的高速铁路系统，平均行驶速度为在来线的两到三倍，大大节省交通时间。这里先贴张日本新干线运营路线图，供大家参考。
目前已通车的新干线线路有以下几条(附主要站点)：
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东海道新干线——东京-新横滨-静冈-滨松-名古屋-京都-新大阪
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山阳新干线——新大阪-新神户-冈山-广岛-小仓-博多
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上越新干线——东京-大宫-高崎-新泻
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东北新干线——东京-大宫-福岛-仙台-盛冈-新青森(-新函馆北斗，2016年3月底通车)
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北陆新干线——东京-长野(-富山-金泽，2015年3月14日通车)
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九州新干线——博多-熊本-鹿儿岛中央
此外还有两条迷你新干线(由在来线改成，车厢尺寸与车速均低于标准新干线)：
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山形新干线——福岛-山形-新庄
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秋田新干线——盛冈-秋田
新干线的车次编号与普通火车不同，其内部根据停站数量与车速大约可分为三等。每一趟新干线都会冠以假名，如“希望号”—“Nozomi”，“光速号”—“Hikari”等，然后后续车次，在线路和速度上以示区分。其区别如下(个别车次在此规则之外)：
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希望号(のぞみ，Nozomi)——行驶于东海道新干线及少部分进入山阳新干线的特快高速列车，只停沿途重要站点，速度最快、停站最少、班次最为频密。
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光速号(ひかり，Hikari)——行驶于东海道新干线及少部分进入山阳新干线的次快高速列车，比希望号停车稍多、速度稍慢、班次略少。
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瑞穗号(みずほ，Mizuho)——行驶于山阳新干线及少部分进入九州新干线的特快高速列车，只停沿途重要站点，速度最快、停站最少、班次最为频密。
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樱花号(さくら，Sakura)——行驶于山阳新干线及少部分进入九州新干线的次快高速列车，比瑞穗号停车稍多、速度稍慢、班次略少。
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木灵号(Kodama)——又称回声。行驶于东海道新干线与山阳新干线的各站停列车冠以此名。
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燕子号(つばめ，Tsubame)——行驶于九州新干线的各站停列车冠以此名。
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隼鸟号(はやぶさ，Hayabusa)——行驶于东北新干线的特快高速列车，只停沿途重要站点，速度最快、停站最少、班次最为频密。
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疾风号(はやて，Hayate)——行驶于东北新干线的次快高速列车，比隼鸟号停车稍多、速度稍慢、班次略少。
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山彦号(やまびこ，Yamabiko)——行驶于东北新干线的各站停列车冠以此名。
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朱鹭号(とき，Toki)——行驶于上越新干线的特快高速列车，只停沿途重要站点，速度最快、停站最少、班次最为频密。
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谷川号(たにがわ，Tanigawa)——行驶于上越新干线的各站停列车冠以此名。
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光辉号(かがやき，Kagayaki)——行驶于北陆新干线的特快高速列车，只停沿途重要站点，速度最快、停站最少、班次最为频密。
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白鹰号(はくたか，Hakutaka)——行驶于北陆新干线的次快高速列车，比光辉号停车稍多、速度稍慢、班次略少。
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浅间号(あさま，Asama)——行驶于北陆新干线的各站停列车冠以此名。
迷你新干线因车次冠名唯一，所以就不在此表中列出了。
乘坐新干线前需提前购买车票，在火车站的绿色窗口即可购买。车票分为两种，一种为指定席，即对号入座车票；另一种为自由席，指定车厢(自由席专用车厢)但不指定座位，价格略低，但旺季可能会遇到无座的情况(博主经验，日本绝大多数时期都是淡季)。此外，指定席还分普通车厢与头等车厢(绿色，软席车)，后者价格贵出许多，请按需购买且不要上错车厢。新干线与在来线的月台通常是独立的(即使是同一站)，而且不少车站里新干线与在来线的闸区是分离的，进站后请按箭头指示前进，不要进错闸区。新干线车票背面有磁条，检票时将票投入闸机即可，基本全面实行自动检票。如果不会使用，也可走旁边大门常开的人工通道，将车票出示给工作人员看也可入闸。另外，车上也经常有查票的工作人员，不要以为查得松就可以逃票了。出闸方法同入闸，车票可自己保留。
周游券乘坐新干线情况略有不同：
如果购买的是日本全国的铁路周游券，乘坐新干线时是不得乘坐希望号(Nozomi)与瑞穗号(Mizuho)的；即使是其他的新干线车次，也只可乘坐自由席而非指定席，无需提前换票，入闸时走人工通道，将通票展示给工作人员看，直接上车即可。部分情况下，查票时可能会要出示护照。
如果购买的是地区周游券(如关东 东北周游券、关西 山阳周游券)，这时便可以乘坐希望号、瑞穗号了(前提是通票适用区内有这两种车在开)，也可进入指定席的车厢。如果只乘坐自由席，方法同上，但想乘坐指定席最好提前换票(虽然直接上车原则上也可行)，找火车站的绿色窗口，把想乘车的时间和起至点告诉工作人员、同时出示通票即可，进站凭通票 指定席车票、必须走人工通道。火车上验票时也必须同时出示通票与指定席的车票。
关于新干线就暂且介绍到这里，如果还有补充或更新，博主还会不定时地添加。
日本国内航空交通
虽然日本国土总面积不大，但由于领土狭长、山地和岛屿众多，航空业在日本还是非常繁荣的。日本的航线密度在世界上排在前列，与欧盟和美国的航线密度相当，而东京羽田至札幌、东京羽田至福冈更是排到了世界旅客流量最大的航线前10名。乘飞机在日本国内城市间转场既便利、又快捷，而且订得早的话价格比新干线要便宜许多。所以，本节也是至关重要的，希望各位安排日本国内交通的同学可以参考阅读一下。
日本机场分布图
航空公司
日本国内的航空公司分为两大类。一类是全服务航空公司，主要代表有全日空、日航、天马航空，其中天马航空不严格地算是全服务航空，机上服务与廉航相当；另一类则是廉价航空，主要代表有捷星日本、乐桃航空、香草航空，其中捷星是日航旗下子公司(与澳航合资)，乐桃与香草则是全日空旗下子公司，分别以关西和成田机场为基地运营。两类航空公司有以下区别：
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全服务航空有多舱等布局，如头等、商务等，廉航则只有经济舱。
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全服务航空有行李托运服务，廉航需要额外付费使用。
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全服务航空可使用离市区近、方便的机场(如东京羽田、大阪伊丹)，廉航只能使用偏远的机场(如东京成田、大阪关西)。且廉航航线少、时刻相对差、班次不频密。
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部分全服务航空航线机上有餐食。
购票
了解好两类航空公司的区别之后，就可根据航线选择合适的公司订票了。一般推荐去航空公司的官网购票，不仅价格便宜、遇到不正常航班操作起来也相对简便。过去虽然有日文网站上票价比英文、中文网站便宜的情况，但如今价格已完全统一，所以放心点入中文界面购票即可。在航线网络分布上，全日空及日航提供了日本国内绝大多数的航线，去一些偏远机场仅能选择这两家公司；而主流大城市之间的航空交通，所有的公司都能提供。
航空公司网站如下：
全日空：http://www.ana.co.jp/
日本航空：http://www.jal.com/
日本天马航空：http://www.skymark.co.jp/
捷星航空：http://www.jetstar.com/
乐桃航空：http://www.flypeach.com/
香草航空：http://www.vanilla-air.com/
票价方面，全服务航空公司的预售票价(大概提前30天购买，非旺季)约是新干线正价的5折到7折，如东京－福冈线售价约为11000日元、东京－大阪线售价约为7000日元，相较新干线票价的22000日元、14000日元，还是便宜不少的。一些偏远机场、热门旅游机场价格较常规航线略贵，如札幌、那霸等要高出30%左右，可以理解。廉航则便宜得夸张，东京成田到福冈、札幌的航线可轻松买到6000日元的特价(大概提前30天购买，非旺季)，相当于全服务航空公司预售价格的一半。但缺点是廉航航点相对较少，不仅机场偏远，而且只飞大城市间的干线。如果有干线转场计划的同学，不妨考虑下廉航，省钱力度不是一般的大。
前往机场
在购票之后，剩下需要做的就是前往机场、搭乘航班了。日本的机场交通都异常便利，基本每个机场都属于空铁联运型，乘搭JR、地铁或有轨电车即可到达，如东京羽田与成田、名古屋中部、大阪伊丹与关西、神户、福冈、札幌等，事先需要了解下线路换乘方法(可使用谷歌地图查询，附时刻表和票价)。即使是无铁路直达的机场(如长崎、广岛等)，机场巴士也极其便利，在火车站或汽车站乘坐即可，路线需要在机场官网查询。
与中国国内航班不同，虽然搭乘飞机前需要办理各式各样的手续，但在日本的国内线却显得非常快捷。借助于日本发达的信息科技，自助值机普及率几近100%，仅需在人工柜台交运行李(如有需要)，就可以准备过安检了。航空公司一般不会开出正式的登机牌，即使是全服务航空公司，一般只会给一张带条码的小票；也可自助网上值机并提前打印，节省值机时间；如果是智能手机，则可以使用航空公司的APP生成电子登机证件(如苹果的passbook)，交验即可通过安检和登机。日本国内航线的安检相对来说并不是特别严格，液体(如饮用水)可以视情况带上飞机，但需要开瓶检验，确认无色无味可饮用之后方可拿走，但有色饮料或许会被拦下。登机时间一般是航班起飞前的25分钟，由于快速的值机手续和安检(总共不超过10分钟)，建议不用过早前往机场，因为除了在机场等，还是只能等待。
如果还有航空方面的注意事项，博主会稍后再做补充，希望以上的内容能够在日本交通安排中起到一些建议作用。
长途巴士
一般来讲，日本国内的长途交通很少用到巴士，仅在以下两种情况才会用到：1､目的地离机场较远、也无火车直达，最典型的就是去北陆地区的白川乡，只能靠乘巴士；2､为了省钱，长途巴士无论是相较飞机还是新干线来说，均会便宜不少，舒适度又比普通火车略高。然而，在日本乘巴士却并不是十分便利，除非遇到以上两种情况，否则并不建议使用巴士作为主要考虑的手段。
线路查询
日本的巴士公司极其繁多，以至于我无法将其一一列在这里。这些巴士公司往往围绕旅游中心经营，如富士山及其附近的富士急巴士公司、白川乡及其附近的高山飞弹巴士公司等，并以此为中心辐射临近城市，解决之间的交通。查询要搭乘的巴士线路是个非常头疼的问题，谷歌地图的行程导航中也并未包含巴士公司信息，基本需要自己在互联网上搜索。基本思路是，如果想从A城市到B城市，请使用搜索模板“AからBへのバス”在谷歌中搜索，第一或第二个链接点进去，一定就是最合适的巴士公司了。不少巴士公司提供英文或中文的时刻表介绍，即使只有日文也没关系，识字的同学八成也能猜得出来其中的意思，找找时刻表和运费表难度还是不大的。
日本的长途巴士非常准点，基本按照时刻表上运营，所以按时到达车站基本上都能有车坐。此外，在阅读时刻表的时候有一些注意事项。日本的巴士往往会根据不同日期的客流对巴士班次做出调整，平日与周末、节假日，以及夏季和冬季的班次是不一样的，但为了方便起见却会编在同一张表中，用不同的符号做出区分。一定要仔细留意预搭乘的巴士是否在出行的日期中运营，以免造成极大的不便……绝大多数的巴士都是一小时才有一班，把大把美好的时间浪费在等车上是件非常可惜的事。
购票
日本的长途巴士分为两类，一类为可以直接上车购票的巴士，绝大多数的巴士属于这种，带好现金上车购票即可，司机会找零(尽量使用1000或以下的货币购票)；另一类为必须预先订票的巴士，这类巴士的车票一定要事先电话预订，否则会不被允许上车。而巴士的种类一般会被标注在时刻表上，在阅读时刻表时请留意是否需要提前预购车票。此外，电话预订车票仅可接受日语，如果觉得自己日语不够灵光，请尽量搭乘第一种，或者采用其他的交通方式吧。基本上没有巴士公司可以接受网上预订车票(也许大城市之间的夜行巴士运营公司可以吧)。
乘车
日本的巴士乘车没有什么特别注意事项，上车付钱或刷卡(仅部分线路可刷卡)，下车快到站时按铃即可。一般来说，巴士在未停稳之前不要起身，因为日本人认为这样可能会造成潜在的事故。不管怎样，入乡随俗比较好。留意好自己要去车站的日文读法，以便第一时间就能识别出来站名，虽然驾驶员上方往往会有滚动字幕播报站名。
短途巴士、市区巴士
除了长途巴士之外，各种各样的短途巴士、市区巴士同样服务着日本的大中小城市。相较中国的城市来说，日本最典型的一点即为公共交通极其发达，市町村一级的小城市都有自己的公共交通线路，哪怕只有一条线；而二线城市的公交接近上百条线路，与地铁网络一同服务着城市的公交系统。但博主在这里友情提醒一下，一般情况下请优先选择轨道交通系统出行(快速、报站清晰、不怕坐过站)，除非要去的地方属于地铁死角、且自己对要乘的线路已经熟悉方可乘坐巴士。像东京、大阪、名古屋这三座城市，地铁已经密如蛛网，请果断忽视巴士的存在。
日本的短途巴士均可接受当地的IC卡，但跨区的IC卡可能部分城市不接受(如奈良的巴士不接受SUICA，仅可接受ICOCA，可向司机询问)。持IC卡乘坐巴士简单许多，上车拍卡，到站前按铃，下车前拍卡即可，车资自动按区间从IC卡中扣除。如果持现金的话会略麻烦，上车时需在司机旁边的自动取号机领取整理券，即上车站的数字编号，然后留意司机上方的显示屏变化，下车时按显示屏上相应编号对应的价格将钱付给司机，一般来说不找零，但现在基本上所有的巴士都有自助换零机，1000的纸钞、500及以下的硬币均可自动换成一堆零钱，需要时使用即可，2000再往上的大额货币就没办法了。但是否领取整理券也有一些例外：一是车辆运营区间划一收费无需整理券；二是司机上方屏幕显示的为站名而非编号时无需整理券，这时自觉按起至站收费标准支付给司机即可。
部分城市的市区巴士是有通票的，最典型的如京都巴士一日通。京都的通票可在京都火车站前的游客服务中心购买，也可在巴士上向司机购买，但可能数量有限。第一次使用时需要将通票在巴士的闸机里过机，留下日期戳，之后每次上下车向司机出示即可。其他城市也有类似的票证，具体可向当地的公交公司网站查询。另外自己也需要计算一下公交通票是否合算，不是什么时候都要大量乘巴士的。