甲状腺肿大和进行性的甲状腺功能减退是桥本甲状腺炎的结局，目前尚无有效的药物可以阻断桥本甲状腺炎的发展。因此，目前临床上仍然是针对其所造成的甲状腺功能异常和甲状腺肿进行治疗。
对于仅有血清抗体升高，而无甲状腺功能改变的无症状患者不需要治疗；
对于桥本甲亢的患者，一般只需使用β受体阻滞剂进行对症治疗，若吸碘率显著升高且甲亢症状较重，可用小剂量抗甲状腺药物治疗，防止治疗过度出现甲减。
由于桥本甲状腺炎导致的甲亢期过后可有数年的甲状腺功能正常期才进入甲状腺功能减退期，因此，不建议采用131I治疗桥本甲亢。
小剂量左甲状腺素钠可用于桥本甲状腺炎所致的亚临床甲减(TSH升高，正常T3、T4水平)的治疗，尤其是对中老年患者，左甲状腺素钠治疗可以消除亚临床甲减导致的高脂血症的危害，也可消除患者的抑郁症状。
此外，早期的左甲状腺素钠替代治疗可以一定程度上使肿大的甲状腺缩小，但对纤维化明显、病程较长且淋巴细胞浸润严重的患者，甲状腺则难以回缩。
对于进入临床甲减期的患者，必须用左甲状腺素钠进行替代治疗，对于年轻患者，可以一开始就进行足量左甲状腺素钠替代治疗，对于年龄大于60岁的患者应从小剂量开始，逐渐递增至替代剂量。应在开始左甲状腺素钠治疗或调整剂量后6~8周复查甲状腺功能，甲状腺素替代治疗的目标是将TSH控制在正常范围内，避免亚临床甲亢的出现和治疗的不足。
左甲状腺素钠替代治疗并不能改变患者的自身免疫状态，因此，甲状腺功能减退是一个进行性加重的过程，左甲状腺素替代治疗的剂量也会随甲减的加重而增加，替代治疗期间应隔6个月复查甲状腺功能，同时行高分辨率超声检查，监测甲状腺形态变化及是否合并肿瘤。