金元时代著名历史学家元好问亲撰《少林药局记》，记述少林寺自金代已设有“少林药局”机构，距今已有787年的历史。当时的药局主要服务少林寺内众僧跌打损伤及其他疾病治疗，后来逐步发展为服务当地及远道而来的百姓。由于所有病患的诊断治疗及抓药全部免费，因此患者前来治病抓药后，大都慷慨捐赠香火钱。少林药局僧医不但有多姿多彩的气功健身疗疾功法，例如久负盛名的>,>等,还藏有历代高僧珍藏秘传的丰富验方，或养生延寿，或济世活人,少林医学至民国时已有各种论医著述百万言，药方上千方，但由于佛门戒律极少外传。元氏称少林药局的难能可贵之处，不止于其不传之秘方，更在于其医德传承：“时节州土无不适其当，炮炙生熟无不极其性，德与侠固亦尽其技矣。”悲天悯人的道德情怀、精益求精的技术追求，使少林禅武和禅医最终赢得了世人的崇敬，并成为少林寺代代相传、千年不衰的宝贵精神财富。700多年来，少林药局曾惠及无数百姓，但因受兵火之祸或其它原因，药局事务亦屡有断续，至上世纪初便基本中断。多年来,少林寺组织僧医和中医药方面的专家进行了一系列的整理和挖掘, 2000年4月，《少林武功医宗秘笈》珍藏本历时三年终于问世，其中包涵了少林寺29代方丈行正大和尚临终前流传下的少林医宗秘方。该书已被国家历史博物馆、国家图书馆、瑞典国王作永久收藏。2004年,重新恢复少林药局建制，并公布千余方少林医宗秘方。
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由于少林僧兵帮助历代朝廷抵御外敌和倭寇、救助伤员的战争中作出杰出贡献，得到朝廷的大力支持，少林寺发展极快，博得了“天下第一名刹”的美称，少林寺历代高僧也因此在历史长河的基础上，经过千年无数战乱的实践，融汇各家所长，形成了少林寺独有的佛禅、医学和武术。少林寺自古便以禅医武文明于世。少林禅、武、医文化作为中华民族优秀文化代表之一，已成为具有真实性、独特性和唯一性的人类非物质文化遗产，具有极强的国际号召力。禅医学是佛教密不可分的一部分，在东方医学史上具有极高地位，是真正标本兼治的医学。少林医药学已有上千年的历史，历史上一度被尊为少林医宗。少林药局始建于公元1217年，早在明代就已设立健全的医疗机构和完备的医事制度，并以多年行医治病经验为基础，在历代高僧不断的专研和努力下，配制出禅医秘传古方，千年传承。
少林药局是天下第一古刹嵩山少林寺于1217年创建的医疗机构，主要以为寺内众僧及周边百姓诊断治疗为主要事务。最初拥有治疗各病的秘方百余方，至民国时已有各种论医著述百万言，药方上千方，但由于佛门戒律极少外传。 公元 2000年4月，《少林武功医宗秘笈》珍藏本问世，其中包涵了少林寺29代方丈行正大和尚临终前流传下的少林医宗秘方。2004年，少林寺重新恢复少林药局建制，并公布千余方少林医宗秘方，随后推出了部分产品，均以“少林药局”为注册商标。