如何解读遗传病基因检测报告 (遗传病基因检测的准确性)

对于很多家里有遗传病患者(患儿)的家庭,基因检测和产前诊断是避免痛苦再次发生的唯一希望;所以,遗传病基因检测的精准程度要求远远高于一般检查。

由于各种客观条件的限制,即使医务人员已经很上心了,意料之外、或意料之内、情理之外,家庭无法接受的情况总会出现。

为了让做检测的所有人,不论医生还是病人都能get到基因检测该注意的地方,所以准备了这个文章。

故事一,有些基因检测结果是假的:

张X夫妇,曾经生育一个智力低下的宝宝。到3岁了依然不会走路、不能说话。基因检测的结果表明,宝宝的BMQ基因上存在突变。有研究认为这个基因和神经系统发育有关,老鼠实验表明去除这个基因的话会出现老鼠大脑发育不良、行为异常;所以推测这个基因和智力低下等疾病有一定关系。

找到明确的病因给了张X夫妇再生育的希望,再次怀孕的时候,她们早早地就跑到医院咨询、进行产前诊断。产前诊断中心起初不同意穿刺检查,因为对这个基因不熟悉;但架不住好胜心作祟、还有兄弟科室的压力,最后还是做了穿刺。胎儿检测结果很令人满意,不存在BMQ基因的突变。张X夫妇非常开心、对医院和医生也非常感激;直到----两年以后,一纸诉状把医院告上了法庭。

从恩人到仇人,仅隔着一张A4纸。

原来,经过产前诊断、被确定为没有BMQ基因突变的宝宝,生病了。跟老大一样,也出现了智力低下、发育迟缓的毛病。情况非常明显,该医院的产前诊断做错了。张X夫妇瞬间崩溃,完全无法接受该医院产前诊断中心玩忽职守的行为。

法院受理后进行了医疗鉴定,事情却出现了出人意料的变化。重新鉴定的结果发现张X家的老二确实不存在BMQ基因的突变,再次鉴定的结果依然如此,产前诊断并没有做错。

既然二宝的检测结果没错,那会不会是大宝的检测结果错了?会不会大宝的疾病并不是BMQ基因的突变引起的。

上一天还被张X夫妇视为救命恩人、奉为天人的儿科医生,瞬间享受了产前诊断中心医生的待遇,坐上了被告席。

还好这个过程不太久,重新给大宝做的基因鉴定结果表明,大宝的BMQ基因的确存在突变。

大宝和二宝得了一样的病,但是一个有BMQ基因突变;另一个没有。案情陷入了僵局。

直到遗传专家介入才终于解开了谜题。

1、BMQ基因突变并不是大宝、二宝的致病原因,BMQ基因仅仅只是老鼠身上做了功能验证,在人身上并不一定具备致病性。大宝、二宝的智力低下另有病因。

2、大宝检测没错,儿童和成人的基因检测结果,会把各种可能性都列上,一些功能不明确、未确定的基因也会列上去,方便医生治疗时参考;列上去只是说明可能性,并不说明就是致病原因。

3、二宝检测结果没错,但检测行为本身没交待清楚。对于功能和临床意义不明确的基因,不该用于产前诊断,以免误伤。产前诊断医院轻信了不熟悉的不明确的基因检测结果,进行产前诊断;给了张X夫妇太大的希望,又亲手掐灭,导致了后续事态的扭曲发展。

提示:人类20000个基因中,6000个与疾病相关,仅数百个已经确认了功能与疾病的关系,其他都还处于研究中,很可能会*翻推**以往的结论。做产前诊断,务必认清哪些基因是功能明确的;对结论不明确的基因进行产前诊断需极度谨慎,很容易出现误诊、漏诊。

故事二,有些基因检测是猜硬币来的:

李X夫妇,育有三个先天肌无力的小孩,还有两个健康小孩。基因检测结果显示三个先天瘫痪的小孩都存在HSKP基因的突变,另外两个小孩则没有。HSKP基因和疾病的关系被认为是研究明确,数据库记载病例的疾病表现和李X的小孩高度相似,使用SBC和BTZ软件预测也认为该突变是会影响基因功能,分值很高。

据此,李X夫妇再次怀孕以后被转到了该医院产前诊断中心,要求就该基因突变进行了腹中胎儿的产前诊断。考虑到HSKP基因功能明确,疾病表现非常相似,突变在患者身上有、非患者身上没有,符合共分离原则;因此该中心给李X做了产前诊断。结果令众人都非常满意,胎儿不存在这个基因突变。

快乐的日子总是短暂的,愉快的心情并没能维持多久。宝宝出生以后,也逐渐出现了肌肉无力的情况,再次基因检测的结果表明不论是3个患儿、2个正常小孩、还是产前诊断的这个胎儿,基因检测的结果都没有错误。再次追加生化、免疫等系列检查也证明了四位患儿的疾病与HSKP基因异常所导致的疾病高度一致。

又是一个困局,熟悉的味道,却有着不同的配方。

基因没错、突变也对,但是,在没有查到突变的情况下,还是发病了。这次的问题又出在哪里?

抛硬币的时候,连续出现了10次正面,下一次出现正面的概率是多少?中学老师告诉我们,依然是50%,虽然一般人直觉认为下一次很可能还是正面。

3个异常宝宝带有相同突变、2个正常宝宝没带这个突变,这样情况的概率是多少呢?1/2的4次方,也就是1/16。每个人得有几万个突变,符合这种情况的突变能找出几千个。恰好有个突变符合遗传规律很可能仅仅只是巧合罢了,因为这样容易巧合的位点还有成千上万个。

每一个基因突变的致病性都需要严格的计算和分析,现在国际上普遍采用ACMG提出的方案,根据20余条标准逐项打分来判断某个位点的致病风险。 当一个突变的致病风险能被评价为Likely Pathogenic(可能致病性,致病风险在90-99%之间)或者Pathogenic(致病性,致病风险在99%以上)时,进行产前诊断才会比较安全;其他情况下,需要仔细掂量。

案例三,不是每条大路都能通罗马:

王X夫妇,曾生育一位患儿,出生后多病,反复感染;基因诊断结果为遗传性联合免疫缺陷,LDQM基因(ClinGen数据库认为基因功能、与疾病的相关性明确)存在Pathogenic(致病性)突变。

基因明确、突变可靠,产前诊断依据清晰,因此再次怀孕时,王X夫妇就近找了一家医院做产前诊断,因患儿在外院住院治疗,不便检查,直接按照大宝的基因检测报告描述的位点对胎儿进行了产前诊断。

后面的内容不写应该都能猜到了,产前诊断做出来没有问题,生出来以后又有问题。

很多做产前诊断的同行们应该很容易猜到误诊的原因吧?

产前诊断中心与先前患儿基因检测的医院所采用的检测方案是不同的,产前诊断中心采用的方法对于以往的LDQM基因突变检测都没有问题,但恰好在这个病患身上就失灵了(引物上的突变、假基因、序列重排等等原因非常多,很常见)。因为产前诊断中心没有拿患者样本先进行验证,误以为自己的方案能够对这一家子进行检测,导致检测的失败,漏诊。

遗传病一般都罕见,极少有通用试剂,一般都是自己开发的试剂或者小公司、小平台产品;所以通用性特别差,很容易出现这个病人适用,换个病人就出错的情况。 产前诊断中心在正式检测之前,常规需要采用患者样本进行验证之后,才能知道自己所采用的检测方法是否适用于现在这个病例。

这些是一部分,后面有机会再继续补充。

小结一下,遗传病要做产前诊断,需要符合以下条件,否则就容易出问题。

1、基因与疾病的功能明确,(ClinGen分级为definitive及strong);

2、突变ACMG分级为LP或P级;

3、检测方法在先证者及父母身上验证可靠;

4、除了突变位点、还有连锁位点或者其他能够二次复核证明检测结果的内容,供一并检查,双重保险;

5、疾病类型属于早发、且致死、致残、致愚的。

如果因为某些原因需要做遗传病的产前诊断,可以和医务人员就以上几条进行讨论,这样就会避免一些错漏,防止悲剧发生。