近年来，虾类养殖中的疾病变化的程度越来越复杂；除了危险的病毒性疾病外，一些综合性病原体（例如EMS，EHP和WFD）引发虾大量死亡的情况也越来越普遍，由于这些疾病的传播速度非常之快，发病特征十分复杂，并且难以控制。因此，常常给虾农造成非常严重的损失。
主要疾病
早期死亡综合症/急性肝胰腺坏死综合症（EMS / AHPNS）
在养虾当中，EMS/AHPND是目前在很短时间内导致虾大量死亡的危险疾病之一。世界动物卫生组织（OIE）宣布，在虾体中急性肝胰腺坏死的病原体是一种携带有毒基因（Vp AHPND）的副溶血性弧菌。这些细菌菌株携带含有编码细菌毒素的基因。AHPNS已在中国（2009年），越南（2010年），马来西亚（2011年），泰国（2012年），墨西哥（2013年）和菲律宾（2014年）出现，该病爆发具有一定的季节性的，炎热的夏天（每年的四月至六月），以及环境因素变差，例如池塘水中的富营养化，水温高，盐度低，换水量少，残饵过多和有机沉积物过多等因素，都是增加疾病发生率的因素（OIE，2019）。
虾肝胰腺坏死
这类疾病通常发生在投苗后45天之内，甚至在斑节对虾苗或者南美白对虾苗投入虾塘1-2天就发现。早期AHPNS虾的标志是出现苍白以及萎缩的肝胰腺，有时肝胰腺萎缩程度达到50％或者更多。在疾病的后期，肝胰腺中出现黑点或者由血细胞活性产生的黑色素积聚引起的黑点。在疾病发生后几天内，虾塘里面的虾死亡率可达到100％。
微观孢子病（EHP）
在2009年，泰国首次检测到的由Enterocytozoon hepatopenaei（EHP）寄生虫引起的虾微孢子虫细菌性疾病（Tourtip等人2009. J. Invertebr。Pathol。102：21-29 ）。当虾被感染EHP时，肉眼其实很难辨认。当虾达到2-3克/尾时，会出现摄食饲料量减少，空肠，虾出现大量的软壳现象。
该病不会像AHPNS立即引起虾的大量死亡，但会干扰肝胰腺生长，使虾无法吸收营养，从而使虾生长缓慢，体质变弱，增加养殖风险，并给养殖户造成严重的经济损失。甚至在养殖90-100天后，虾仅长成3-5g/尾。
白便病 （WFD）
根据TTCT（南美白对虾）白便疾病的最新研究（2016年12月），弧菌是虾白便的主要原因。实际上，感染EHP的虾，就具患有白便病的风险，反之虾患有白便病，也加大了虾感染EHP的风险。
白便病的通常分为两个方面：可恢复的（仅弧菌）和不可逆的（EHP的组合），这是危险的组合。从投苗开始，虾常患上白便病在40-50天左右，有时在50天后也可以发病。
控制解决方案
实际上，这三种常见对虾疾病，尚未有明确且较高治疗效果的解决方案。因此，以下给出的解决方案被认为是预防和控制EMS/AHPND，EHP和WFD的最新有效措施：
1、种虾的控制：确保种虾在孵化前没有被EMS，EHP和WFD感染。养殖户应在投苗前，对种虾所孵化出的虾苗进行检测。目前，通过PCR方法，可以检测虾样品中EMS，EHP和WFD的工具已得到广泛应用，养殖户可以采取虾样品进行送检。
2、疫苗的使用：福尔马林灭活细胞疫苗试验显示，对于5-7g/尾的虾，它能够产生引起AHPND疾病的副溶血弧菌菌株的抗体（Hirono等人，2016）。但是，目前全球市场尚未无针对该疾病的商业疫苗被使用。因此，疫苗是控制该疾病（OIE）的有效措施，但由于各种原因未被商业化。
3、使用草药：薰衣草，樟子松，茉莉，柠檬，紫罗兰等，与饲料混合后投喂，可以抑制副溶血弧菌引起的急性肝胰腺坏死病（Kumar等，2016）。当用这些草药治疗感染AHPND虾时，成活率可超过50％。
4、益生菌的使用：包括乳酸杆菌，酿酒酵母和红假单胞菌；通过研究表明，乳酸杆菌，在48小时后显示出抑制副溶血性弧菌引起AHPND的能力（Pinoargote和Ravishankar，2018年）。
5、使用血红密孔菌：在虾养殖系统中，使用血红密孔菌能够去除99％的副溶血弧菌（Tran Minh Long和Pham Thi Hoa，2018）。
6、良好的管理池塘：联合国粮食及农业组织（粮农组织，2016年）建议养殖户确保生物安全和良好的对虾养殖规范：
一、选择没有病原体的虾苗；
二、使用正规来源的饲料，正确投喂，尽量避免池塘残饵过多；
三、良好的养殖场规划，以及虾塘设计，以确保生物安全（比如:在池塘底部加铺膜，在池塘底部设计虹吸污系统）；
四、增加蓄水池面积，并采取措施消毒措施，阻止水中携带的病原体，再使用益生菌处理水，最后才能将水引入池塘；
五、高温期间养殖密度不宜过高，在虾苗时期可以进行在小池塘暂养，当虾长到一定规格再分入大塘中；
六、定期控制环境因素和病原体。
治疗感染EMS，WFD的虾
需要减少对虾投喂量（50％，3-5天），换水，彻底虹吸污，减少藻类的密度，增加微生物制剂使用量至200％，多使用发酵饲料投喂。
微生物发酵以及发酵饲料：
厌氧发酵微生物：100升水，5-7公斤糖蜜，1-2米糠，1-2公斤淀粉（大豆，玉米淀粉），200克预混料/矿物质，100-200克微生物。24小时厌氧发酵。这可以处理10000立方米的外塘，2500立方米的帆布池塘，500立方米的高密度养殖池。
有氧发酵微生物：100升水，2-3千克糖蜜，0.5-1千克米糠，0.5-1千克玉米淀粉，200克矿物质/预混料，100-200克微生物，在通风良好，持续发酵24小时。这可以处理10000立方米的外塘，2500立方米的帆布池塘，500立方米的高密度养殖池。
发酵饲料：10升水，3千克大豆，150克糖蜜，煮沸并轻轻搅拌15分钟，冷却之后与100-200ml新鲜菠汁，15-50g益生菌群混合。平时，可以用发酵饲料代替5-10％的饲料，如果虾出现大便病或EMS，可以用发酵饲料代替10-15％的饲料。
使用发酵饲料，可以抑制弧菌生长；清洁虾肠；增加微生物，肠道酶的数量，刺激免疫力。