这是一起融资租赁合同纠纷案例。
一家国有单位的房子被其他单位租赁，承租人破产后，国有单位请求按照原有的租赁物价值赔偿，没有得到法院支持，因为有折旧核算。
附：广东省家禽科学研究所、广东粤禽育种有限公司普通破产债权确认纠纷民事一审民事判决书
广东省广州市黄埔区人民法院
民 事 判 决 书
（2021）粤0112民初19752号
原告： 广东省家禽科学研究所 ，住所地广州市天河区凤凰街柯木塱南路。
法定代表人：卢桂强，该研究所所长。
委托诉讼代理人：杨雪峰，广东法盛（前海）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：林淑臻，广东法盛（前海）律师事务所实习人员。
被告： 广东粤禽育种有限公司 ，住所地广州市黄埔区九龙镇佛塱村佛秋路旁。
诉讼代表人：广东粤禽育种有限公司管理人。
委托诉讼代理人：余关宝，广东东方昆仑律师事务所律师。
委托诉讼代理人：苏琴，广东东方昆仑律师事务所实习人员。
原告广东省家禽科学研究所与被告广东粤禽育种有限公司普通破产债权确认纠纷一案，本院于2021年7月13日立案受理后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。
原告广东省家禽科学研究所的委托诉讼代理人杨雪峰、林淑臻，被告广东粤禽育种有限公司的委托诉讼代理人余关宝、苏琴到庭参加了诉讼。
本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：
判令被告赔偿原告养鸡设备损失2616605.03元；
判令被告向原告支付拖欠的技术合作费（租金）1622875.76元（自2010年6月1日计至被告破产受理日，即2019年8月5日，应付2048000元，实付425124.24元）；
判令被告向原告支付拖欠的技术合作费（租金）滞纳金537600元（自应付时间起算，以应付金额为基数，按每日千分之三计算，原告主动调整按30%收取）；
本案诉讼费由被告承担。
事实与理由：
2010年6月1日，原、被告签订《合作协议书》，被告向原告租赁办公楼二楼办公室（包括办公设备、家具）、养鸡设备用于生产经营，被告以技术合作费名义向原告支付租金，每年20万元，该款项按月支付，每月1.67万元，被告于每月5号前将当月的技术合作费（租金）转入原告指定账户，逾期支付的，按每日3‰支付滞纳金。
合同签订后，原告将二楼办公室（包括办公设备、家具）、养鸡设备移交被告使用。
2010年8月3日，双方对原告移交被告租赁使用的资产进行了书面确认，该批资产当时价值达2616605.03元。
2011年6月1日，双方重新签订《合作协议书》、《广东省家禽科学研究所交由广东粤禽育种有限公司使用的资产清单》，将合作（租赁）期限延长至2012年5月31日。
年度技术合作费（租金）调整为22.4万元，即每月1.87万元；
其他约定不变。
2012年5月31日，双方重新签订《合作协议书》、《广东省家禽科学研究所交由广东粤禽育种有限公司使用的资产清单》，将合作（租赁）期限延长至2013年5月31日；其他约定不变。
2013年6月1日，双方重新签订《合作协议书》、《广东省家禽科学研究所交由广东粤禽育种有限公司使用的资产清单》，将合作（租赁）期限延长至2015年5月31日；
其他约定不变。
2015年5月31日，双方合作（租赁）期满，未重新签订新的《合作协议书》、《广东省家禽科学研究所交由广东粤禽育种有限公司使用的资产清单》，但被告一直使用原告二楼办公室（包括办公设备、家具）、养鸡设备至其破产。
2015年5月31日、2016年6月15日、2018年5月31日，原告多次致函被告要求清偿拖欠的技术合作费（租金）并返还占用的二楼办公室（包括办公设备、家具）、养鸡设备等，被告均未予支付或返还。
2019年9月，原告收到被告破产管理人送达的《申报债权通知书》，获悉被告被申请破产，原告遂于同年10月22日向被告管理人递交了《债权申报材料》。
2020年4月22日，被告破产管理人向原告送达《询证函》，要求原告对与被告所有协议的签订、履行等相关情况进行说明并提供相关文件资料，如有其他债权的，一并申报。
2020年7月24日，被告破产管理人向原告送达《（2019）粤禽育种破管字第143号、第144号通知书》，要求向原告移交办公楼二楼201、208、209三间办公室，并要求原告对债权产生于何时、是否主张过权利等作出书面说明。
2020年7月29日， 被告破产管理人 将办公楼二楼201、208、209三间办公室及室内物品移交原告。
同日，原告书面回函《关于“（2019）粤禽育种破管字第143号、第144号通知书”的复函》给被告破产管理人，并再次向被告破产管理人递交《债权申报资料》，要求被告向原告返还租赁原告的养鸡设备，无法返还的，判令被告赔偿原告养鸡设备损失2616605.03元；
同时，要求被告支付首次债权申报至2020年7月29日的技术合作费（租金）220928.40元。
2020年8月28日，广州市黄埔区人民法院作出（2019）粤0112破7-5号《民事裁定书》，确认了17位债权人的债权，但未确认原告债权。
2021年1月18日，被告破产管理人向原告送达了（2019）粤禽育种破管字第161号《债权初审意见函》，仅认定原告债权金额为1556621.79元，其中1521673.52元为普通债权，34948.27元为共益债权，且并未认定应返还原告二楼其他办公室和养鸡设备。
原告于 2021年1月25日 进行了书面回函，不同意被告破产管理人的债权金额认定。
2021年6月15日 ，原告参加了被告破产管理人组织的债权人会议并按照要求进行了表决。
2021年6月29日，被告破产管理人向原告作出（2019）粤禽育种破管字第184号《债权复审结果通知书》，对原告的债权金额异议未能确认，并通知原告如不认可向法院起诉。
原告认为，原、被告签订的《合作协议书》是双方真实意思表示，合法有效，双方均应恪守履行。
依据《合作协议书》约定，原告将二楼办公室（包括办公设备、家具）及养鸡设备等资产有偿租赁给被告使用，双方形成的事实上是租赁合同关系。
依据《中华人民共和国民法典》第七百三十四条“租赁期限届满，承租人继续使用租赁物，出租人没有提出异议的，原租赁合同继续有效，但是租赁期限为不定期”等规定，双方已经形成不定期租赁合同关系，故不属于被告破产管理人所说的“（该部分主张）无合同依据”，被告应按照原合同约定向原告支付“合作期外的合作费”，即租金。
针对“二楼租金”的计算，被告破产管理人主张被告仅使用了原告二楼办公室201、208、209与事实不符，二楼办公室面积合计约600㎡（未确权，无测绘图；长60米、宽10米）均为被告使用，即便按照被告破产管理人所主张的参照广州市房地产租赁管理所发布的广州市房屋租金参考价计算租金或场地占用费，被告破产管理人仅支持按照128㎡计算场地占用费与事实不符，原告不予接受。
事实上，被告应按照原合同约定支付。
对于被告破产管理人所说的养鸡设备全部计提折旧完毕，不再计算占用费。
原告认为，被告破产管理人该种计算方式混淆了财务部门在 税务做账方面计提折旧 与原告作为资产所有人主张 物权收益权 的概念，如该理论成立，房屋承租人承租在税务做账上已计提折旧完毕的房产是否可不再支付租金？车辆使用人使用（租赁、买卖等各种情形）已计提折旧完毕的车辆是否可不再支付使用费用？
可见，被告破产管理人该观点的混淆损害了原告的物权收益权利。
关于违约金计算方式不同。
诚如被告破产管理人所言，如按照合同约定的每日千分之三计算违约金确实过高，故原告主动按应收滞纳金的30%主张违约金，该主张符合司法实践，应得到法律支持，而被告破产管理人主张按照中国人民银行同期*款贷**利率计算违约金的计算方式不仅不符合现央行*款贷**利率的公布方式，也过低的评价了原告的损失，从原告“主张的过高应调整”，变为了被告破产管理人的“支持过低应调整”，原告不予认同。
综上所述，原告作为事业单位法人、作为上述资产的所有人，有义务保障国有资产不受损失并主张相应资产的返还。
鉴于被告破产管理人无法支持原告主张，原告将不得不提请人民法院依法维护原告合法权益。
被告辩称：养鸡设备经过多年的使用已存在残损和折旧等情形，原告仍要求被告按照设备原值赔偿于法无据，应予以驳回。
根据双方于2013年6月1日签订的《合作协议书》所确认原告交由被告使用的资产清单及原告提供的购买养鸡设备的发票等财务凭证，管理人确认了10组养鸡设备。
管理人按照《广东省省直行政事业单位国有资产处置管理暂行办法（2019年修订）》相关规定进行折旧，并按折旧后的净值进行赔偿，核算需支付家禽研究所赔偿金 123995.45元 。
原告购入案涉养鸡设备的时间分别为2004年6月、2007年3月，到合作期结束时（2015年5月31日），养鸡设备已经使用10年、8年。
根据《企业会计准则第21号--租赁》第36条规定， 租赁期占租赁资产使用寿命大部分时间的应认定其为融资租赁。
参照最高人民法院《关于审理融资租赁合同纠纷案件适用法律问题的解释》第15条规定“ 融资租赁合同因租赁物交付承租人后意外毁损、灭失等不可归责 于当事人的原因而解除，出租人要求 承租人按照租赁物折旧情况（不是原价款） 给予补偿的，人民法院应予支持。”
因此被告按照折旧的方式给原告计算赔偿款并无不当。
原告要求按原价赔偿的主张无任何法律依据，应予以驳回。
原告以《合作协议书》约定的整体价款向管理人主张技术合作费、房屋租赁费等属于混淆事实，根据现有证据，应当驳回原告本部分诉讼请求。
《合作协议书》已于2015年5月31日到期，此时合同已自行解除，被告未再使用其技术合作，因此无需再行支付合同期外的技术合作费。
根据《合作协议书》约定，双方的合作内容包括：1.科研合作，2.人员管理，3.资产管理和大院公告设施管理三个大类。
合作期内，被告因使用原告无形资产（家禽所名称）、人员、大院内公共服务（保安、对外围边民事关系），以及租赁办公场所、机械设备等双方约定了合同对价。
双方未就各单项合作内容单独标价，可见各项合作内容是不可分割的整体。
原告将双方合作认定为事实上的租赁关系，将合作协议中约定的技术合作费认定为“租金”是错误的将合作内容限缩于办公场所、机械设备的租赁。
合作期内被告应付技术合作费总计1096000元，已支付425124.24元，尚未支付金额670875.76元。
管理人已对上述金额予以确认。
原告以《合作协议书》的模糊条款主张被告租赁其整个二层房屋存在错误。
根据管理人接管的材料，被告仅占有使用其三间房屋，因此占有使用费应以三间房屋的实际面积进行计算。
对于《合作协议书》中被告有偿租赁办公楼二楼办公室（包括办公设备、家具），由于没有具体的房号及租金，且管理人在接管中只接管了201、208、209房，该三间房也确实存放了被告的财务资料等，管理人按照广州市房地产租赁管理所发布的广州市房租租金参考价中的工业用地性质租金标准核算场地占用费给原告，从2015年6月1日至2020年7月29日（资产移交之日）的场地占用费为166912元。
原告主张二楼办公室面积合计约600平方米均为被告使用，但未能提供证据证明，应承担举证不能的不利后果。
对于在《合作协议书》中提到的被告有偿租赁养鸡设备，由于没有明确具体的租金，对于在合作协议到期前就已全部达到折旧到期日的设备，因其已经达到报废标准，已无使用价值，管理人不再计算占用费；
在合作协议到期后仍未到折旧到期日的设备，管理人以设备原值除以折旧年限为基数，乘以占用天数（合作协议到期日次日2015年6月1日至折旧到期日2017年3月31日，得出占用费为330410.96元。
被告已按照合理、公允的方式核算了原告的违约金，其以其他方式计算的违约金已“过分高于造成实际损失”这一标准，依法应当予以驳回。
合作协议约定：
未按时支付相关费用的，对违约部分金额，必须支付每天3‰滞纳金。
根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释(二)第二十九条第二款：“当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的‘过分高于造成的损失’。
逾期付款违约金的调整需要以逾期付款损失为衡量依据，被告逾期支付合作费造成的损失为利息损失，而合同约定的违约金按年利率108%（0.3%/天）支付，即使原告主动调整按30%收取，仍旧远远高于实际损失的30%。
参照《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条第四款：“违约行为发生在2019年8月19日前的，人民法院可以中国人民银行同期同类人民币*款贷**基准利率为基础，参照罚息利率标准计算。”
故管理人按照债权人会议通过的债权审核规则，予以调整，对于未按期支付的合作费，按照中国人民银行5年期以上*款贷**利息计算违约金，已经参照罚息标准计算，核算金额为264427.62元。
综上，对于合作费670875.76元及违约金264427.62元及合同期满到破产受理日前一天（2019年8月5日）场地占用费131963.73元及设备占用费330410.96元及因无法返还的资产赔偿金123995.45元，以上合计1521673.52元。
由于无债务人提供物的担保，管理人确认为普通债权。
对于2019年8月6日至2020年7月29日的场地占用费34948.27元。
由于产生于破产受理后，管理人依法确认为共益债务。
管理人已经全面审查原告债权，此前管理人审核确认的债权数额及债权性质并无不当，请贵院判决确认，并判决由原告负担全部诉讼费。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了质证，对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
对有争议的证据和事实，本院认定如下：
对于原告所陈述的原、被告所签订《合作协议书》、《广东省家禽科学研究所交由广东粤禽育种有限公司使用的资产清单》的过程及相关内容、原告申报债权等事实，有相关的证据予以佐证，被告也没有异议，本院予以确认。
《合作协议书》约定合作内容为：
科研合作，内容包括：原告同意作为被告的技术依托单位，被告在对外宣传时，可使用原告的名称，被告为原告的研发基地，为原告提供科研场所，在科研开发、学生实习等提供相应的条件，合作期内原、被告双方可相互利用各自优势，为对方提供服务等；
人员管理，内容包括：被告因业务发展需要聘请原告职工，原告职工在被告工作期间，该部分职工的人事关系由原告管理等；
资产管理和大院内公共设施管理，内容包括：大院内公共区域的治安、绿化等工作由原告负责；
原告有偿租赁办公楼二楼办公室（包括办公设备、家具）给被告使用；原告有偿租赁养鸡设备（具体见附表）给被告使用等。
原告分别于2015年5月31日、2016年6月15日、2018年5月31日向被告发送了《催款告知函》，告知如被告有意继续合同，双方重新签订合作协议，并要求被告偿还合同项目的合作费用，并要求被告交还办公室和其他资产。
2019年8月5日，本院裁定受理了被告破产清算。
在被告破产债权申报期间，原告申报了债权，被告管理人出具了《债权初审意见函》，结论为：
办公室占用费用从2015年6月1日至2020年7月29日（资产交接之日）为166912元（参照同时期广州市房租租金参考价进行计算），其中2015年6月1日至2019年8月5日为普通债权131963.73元，2019年8月6日至2020年7月29日为共益债权34948.27元；
设备占用费330410.96元[占用费从合同到期日（2015年5月31日）之次日开始计算，已灭失的设备计算至破产受理日（破产受理日前就已折旧完毕的计算至折旧完毕日），未灭失的设备计算至移交之日（移交之日前已折旧完毕的计算至折旧完毕日），每日的占用费计算基数为设备原值除以折旧年限。
合同到期日前已折旧完毕的不再计算占用费；
违约金共计 264427.62 元（以合同约定应付合作费金额为基数，从应付时间开始按同期银行五年期*款贷**基准利率或LPR五年期利率，分段计算至2019年8月5日）；
无法归还资产折旧费为123995.45元（折旧的年限依据为《广东省省直行政事业单位国有资产处置管理暂行办法（2019年修订）》。
原、被告双方确认被告拖欠合同期内技术合作费670875.76元。
本院要求原告庭后提供具有专业资质的机构对被告所提供给原告的初审意见中所列财产折旧计算表的合理性进行审查，要求指出具体哪一项折旧估算不合理以及不合理的依据。
原告庭后提供了由利安达会计师事务所（特殊普通合伙）广东分所出具的《广东省家禽科学研究所核实固定资产原值及折旧计算的专项审计报告》，该报告审计的结果为案涉固定资产账面净值为139034.54元，与被告管理人计算的净值差异为15039.09元，差异原因是被告管理人列示的部分固定资产因合同问题等未确认对应的净值所导致。
被告管理人针对该报告的结论解释称，该报告审计意见核算的固定资产账面原值、净值与管理人计算的方法与依据一致。
审计计算结果与管理人核算的结果差异是因为：
部分资产已经归还，部分资产未在2013年6月1日签订的最后一份合同中，故不应认定被告占用。
被告管理人确认，合同期内拖欠的合作费滞纳金的计算标准为按照中国人民银行同期*款贷**利率计算，对于合同期外的没有计算，因为合同期满后的占用费没有约定违约金。
本院要求被告提供合同期外的设备、房屋占用费至破产之日的滞纳金按上述计算标准进行计算。
被告提供了《设备占用费违约金计算表》和《办公室占用费违约金计算表》，显示：
设备占用费违约金为54124.89元，办公室占用费违约金为13933.90元。
原告确认其为属于省属事业单位，之前属于农业厅，后来属于商贸学院下属的研究所。
本院询问原告，2013年的协议在2015年就到期了，为何没有收回租赁的物业和设备。
原告表示，协议到期后，2015年5月31日、2016年6月15日、2018年5月31日原告多次向被告发函要求重新签订合作协议，并要求被告支付拖欠的费用，但被告一直未予返还，也未支付。
被告提供了其管理人于2020年8月26日对被告法定代表人胡刚安的谈话笔录。
胡刚安在谈话中表示：
被告2014年开始就没有什么资金了，对于资产在合同到期后已经口头告诉原告可以随时取回，但是原告一直没有取回，到期之后那些孵化机早就已经报废，鸡笼还是可以使用的；
被告在2017年5、6月左右开始没有使用办公室，如果有使用，都是广州康安畜牧有限公司在使用;原告没有向被告要求返还办公室和设备,胡刚安本人每次见到研究所所长,都会告诉所长被告不经营了,原告可以随时收回;
事实上,办公室和设备没有做过返还手续,有部分资产由康安公司在使用,被告没有办法移交给研究所。
原告确认其租赁给被告的设备的购置时间为2003、2004、2006年，其请求的设备损失为原始购置价来确定的。
对于办公室的租赁情况。
被告破产管理人表示，对于在合同合作期限内是否二楼整层出租给被告，管理人不清楚，但是管理人从进场可以看到二楼有一些办公室是原告自己在使用的，有一些办公室是第三方在使用的，管理人只接管了201、208、209房，还有一些房间是空置的。
原告表示，被告的陈述与事实基本相同，但是不能将无人使用的办公室视为并非被告使用，后续被告移交原告后，原告使用的也仅仅是被告移交的办公室，其余均为闲置或工作会议室。
原告确认，案涉办公楼总共4层，除了二楼被告在使用外，其余都是原告在使用。
本院认为，本案属于原告对被告破产管理人所确认的原告的债权不服而提起的诉讼，故本案属于普通破产债权确认之诉。
本案系民法典实施之前的法律事实所引起的纠纷，故应适用当时的法律法规进行裁判。
关于技术合作费问题。
《中华人民共和国合同法》第六十条第一款规定：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”
第一百零七条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”
第一百一十四条规定：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。”
《最高人民法院关于审理企业破产案件若干问题的规定》第六十一条第(三)项规定：“下列债权不属于破产债权：……；（三）破产宣告后的债务利息；……。”
根据原、被告签订的《合作协议书》，无论从合同名称还是从合同内容来看，该合同均是以 技术合作为主，设备和办公室租赁只是合同的次要部分。
原、被告双方在2015年5月31日合同到期后并没有再签订合同，说明双方并没有再进行技术合作，故双方的合同关系已终止。
原告请求合同期内的技术合作费，有事实和法律依据，本院予以支持。
原告请求按合同约定的金额计算合同期满后即2015年6月1日至被告破产之日的技术合作费，没有事实依据，本院不予支持。
但考虑到被告没有将案涉办公室及设备交还给原告，故原告请求办公室和设备占用费及不能返还设备的损失，有事实和法律依据，本院予以支持（具体分析，见下文）。
原、被告双方确认合同期内，被告尚欠原告技术合作费为 670875.76元，该部分债权，本院予以确认。
因被告没有按合同的约定支付技术合作费用，原告请求违约金，符合合同的约定，本院予以支持，但违约金应计算到被告破产宣告之日即2019年8月5日。
被告破产管理人以合同约定应付合作费金额为基数，从应付时间开始按同期银行五年期*款贷**基准利率或LPR五年期利率，分段计算至2019年8月5日，违约金共计264427.62元。
原告针对被告的《违约金计算表》表示，对该表计算方式及金额没有异议，但认为应按银行*款贷**利率的2倍或4倍计算更为适合。
本院认为，合同约定的违约金计算标准过高，但被告破产管理人调整为按银行*款贷**利率标准计算也过低，本院酌定调整为按 银行*款贷**利率的2倍计算，即违约金应为528855.24元（264427.62元×2）。
关于设备损失问题。
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条第一款规定：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。”
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。”
本案中，原告请求被告赔偿的养鸡设备损失为其购置时的价值，其并没有考虑到设备的使用损耗和使用寿命，其请求的损失显然没有法律依据。
被告的管理人根据相关规定计算的设备占用费 330410.96 元及无法归还资产折旧费为 123995.45 元，经本院审查，本院认为，该核算并无不当，本院予以确认。
原告提供了由利安达会计师事务所（特殊普通合伙）广东分所出具的《广东省家禽科学研究所核实固定资产原值及折旧计算的专项审计报告》，该报告审计的结果为案涉固定资产账面净值为139034.54元，与被告管理人计算的净值差异为15039.09元，该报告解释称，差异原因是被告管理人列示的部分固定资产因合同问题等未确认对应的净值所导致。
根据被告管理人对此的解释，本院认为，被告管理人的解释合理，本院予以采纳，故本院确认被告破产管理人的认定和核算结论。
关于办公室占用费问题。
《中华人民共和国企业破产法》第四十二条第（一）项规定：“人民法院受理破产申请后发生的下列债务，为共益债务：（一）因管理人或者债务人请求对方当事人履行双方均未履行完毕的合同所产生的债务；……。”
原、被告双方在《合作协议书》中并没有明确租赁的办公楼二楼的具体范围和面积，再从原告和被告破产管理人双方对案涉办公楼二楼现状的陈述来看，本院认为，由于原告不能举证证明其将全部二楼出租给被告，且原告在被告破产管理人接管被告后，原告有在使用部分二楼办公室，也有其他办公室被第三方使用，因此，不能认定原告是将整个办公楼二楼出租给被告。
同时，案涉办公楼其他层均为原告在使用，且办公楼也是由原告在进行管理，故原告对办公楼的使用情况应是非常清楚的，对于当前原告和第三方正在使用的二楼办公室，不能认定为是由原告出租给被告的办公室，即使有被告曾经使用过的办公室，由于是空置的，原告当然且应当有能力及时收回。
综上，被告破产管理人根据被告实际占用的办公楼现状从合同终止之日即2015年6月1日开始计算占用费直至管理人将办公室交还给原告之日即2020年7月29日止，并无不妥，本院予以确认。
被告破产管理人参照同时期广州市房租租金参考价进行计算得出2015年6月1日至2020年7月29日（资产交接之日）的占用费为166912元（其中2015年6月1日至2019年8月5日为普通债权131963.73元，2019年8月6日至2020年7月29日为共益债权34948.27元），该占用费的计算方式和债权性质的确认，符合我国破产法的规定，本院予以支持。
原告请求超出的部分，理据不足，本院不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》
第六十条第一款、
第一百零七条、
第一百一十四条，
《中华人民共和国企业破产法》第四十二条第（一）项，
《最高人民法院关于审理企业破产案件若干问题的规定》第六十一条第(三)项，
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条第一款，
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条的规定，判决如下：
确认被告广东粤禽育种有限公司尚欠原告广东省家禽科学研究所的技术合作费（普通债权）670875.76元及滞纳金（普通债权）528855.24元；
确认被告广东粤禽育种有限公司尚欠原告广东省家禽科学研究所的办公室占用费用166912元（其中普通债权131963.73元，共益债权34948.27元）；
确认被告广东粤禽育种有限公司尚欠原告广东省家禽科学研究所的设备占用费（普通债权）330410.96元及无法归还资产折旧费（普通债权）123995.45元；
驳回原告广东省家禽科学研究所的其他诉讼请求。
案件受理费45017元，由原告广东省家禽科学研究所负担39751元，被告广东粤禽育种有限公司负担5266元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省广州市中级人民法院。
审 判 长 王桂江
人民陪审员 王凯波
人民陪审员 林丽梅
二〇二二年一月十一日
法官 助理 陈丹娜
书 记 员 龙焰桦