东晋政权掌握在世家大族手里,门阀制度到东晋又有了进一步的发展。东晋地主有士、庶之分,士族垄断着政权,在政治上有特殊地位,官居要津,升迁甚快经济上拥有众多的土地和财富,役使着许多奴婢和佃客。广大农民极易失去土地沦为佃客而遭受惨重剥削压迫。那些占有小片土地的小自耕农则须承受东晋政府沉重的租赋徭役负担。

淝水之战后,东晋统洽集团内的矛盾斗争日益激烈,又给人民带来严重灾难。阶级矛盾日趋尖锐,终于爆发了农民大起义。
公元385年(晋孝武帝太元十年),*安谢**死,由宗室司马道子及其子司马元显掌权,朝廷上争权夺利的斗争激烈。元显为了与占据建康上游江州(州治在今江西省九江市)等地的桓玄以及江北的刘牢之对抗,准备建立一支自己的*队军**。

公元399年(安帝隆安三年),他便下令强征江南八郡“免奴为客者”即由奴隶身份转为佃客的人到建康去当兵,称为“乐属”,而引起了江南八郡人民的激烈反对。孙恩早先因叔父孙泰起兵被司马道子杀害而自已逃到海上,聚众待机而起此时便乘江南八郡人民反对征调“乐属”之机,孙恩率百余人登陆,攻破上虞(今浙江上虞)县城,杀县令,又攻击会稽郡城,杀死会稽郡内史王凝之。有众至数万人。接着江南八郡农民纷纷起义响应,十月之间,起义军发展到数十万人。
孙恩自称征东将军,京城附近各县农民也纷纷起义响应。东晋朝廷震惧。急派谢琰(*安谢**子)、刘牢之率北府兵*压镇**。孙恩率二十万起义军暂时退回岛上。

公元400年(隆安四年),孙恩率起义军第二次登陆,连破余姚(今浙江余姚)、上虞。此次登陆,击杀了东晋高级将领谢琰,东晋政府大为恐慌。急调大军堵截。孙恩又退至海上。401年孙恩第三次率起义军登陆,攻破沪渎(今上海市),杀是国内史袁山松。进逼京都建康。转攻广陵,又北上至郁州(今江苏连云港)。后为北府兵将领刘裕所败,孙恩又回到海上。
公元402年,孙恩率起义军第四次登陆,攻临海(今浙江临海),失利,孙恩投海而死。余众为其妹夫卢循率领,继续战斗。

公元403年,卢循率起义军进攻东阳,永嘉,南下到晋安(今福建福州)。次年攻入番禺(今广东广州)。
公元410年,刘裕北伐南燕,后方空虚。卢循与徐道獲乘机分兵两路北上。两路会师长江,顺流东下,大败东晋刘毅,逼近建康。此时,刘裕已灭南兼归来,与其他晋军将领共同*压镇**,起义军终于战败。起义军又南下。卢循攻交州(今越南境内),战败投水自杀。徐道覆在始兴英勇牺牲。

孙恩、卢循领导的农民起义,前后持续十余年,活动遍及东晋大部地区。其虽失败,但具有伟大的历史意义。起义军杀死了许多士族官僚,经长期发展起来的士族地主受到沉重打击。谢琰被杀,北府兵权落在出身于庶族地主的刘牢之、刘裕等人之手,士族开始衰落有力地扫荡了地主阶级,有些地主庄园被摧毁沉重打击了东晋王朝,使之陷于崩溃。