睡眠障碍是一种常见并且对患者健康及生活质量造成严重后果的疾病。根据临床特点，可以分为失眠、生理节律睡眠障碍、睡眠呼吸相关障碍、睡眠增多/发作性睡病、异常睡眠及不宁腿综合征/周期性肢体抽搐障碍。失眠是最常见的睡眠障碍之一，其患病率约10%，临床表现包括夜间症状（入睡困难、易醒、早醒）及日间症状（疲劳及精力减退、注意力受损、记忆力下降、情绪症状、学习及工作能力受损）,其诊断标准为症状≧3次/每周，持续时间≧3个月。
和正常人相比，睡眠障碍病人的下丘脑--垂体--肾上腺轴，具有更高活性，从而引起自主神经系统兴奋性增高，表现为静态心率升高、心率变异率及代谢率增高。基于经颅磁刺激技术，可以使大脑皮质的兴奋性指标发生改变，比如：可以使患者的皮质兴奋性降低，脑网络的代谢降低。脑网络系统包括警觉系统、情感调节系统和认知系统。这些指标的改善，都有助于睡眠障碍患者改善睡眠状况。
经颅磁以其神经调控功能在睡眠障碍治疗中展现出巨大潜能，我们在大脑头部的不同反射区，采取低频或者高频的经颅磁刺激联合针灸技术，可以使大脑皮质的兴奋性或者抑制性得到改善，从而达到治疗睡眠障碍的目的。