心房颤动急性发作时导致患者急诊的主要原因对于急性房颤的处理应采取个体化。急性心房颤动的治疗应以维持血液动力学稳定为原则，以减轻心房颤动所致的症状为治疗目的，并综合评价血栓栓塞的风险并确定是否给予抗凝治疗。预防血栓栓塞是心房颤动急性发作期治疗的首要措施。抗凝治疗有以下要求：
第一，这些心房颤动急性发作期患者需要抗凝：
（1）准备进行药物或电复律；
（2）可能自行转律（如新发心房颤动或阵发心房颤动）；
（3）瓣膜病伴心房颤动；
（4）具有血栓栓塞危险因素的非瓣膜病患者；
（5）有其他抗凝指征的心房颤动患者，如合并体循环栓塞、肺栓塞、机械瓣置换术后等。
第二，对非瓣膜病心房颤动患者，应根据血栓栓塞危险因素评估（CHADS2评分）决定抗凝治疗。
第三，心房颤动急性加重期的抗凝治疗：
（1）抗凝药物选择。若患者已口服华法林，且INR 2-3，可继续华法林治疗。若患者未使用口服抗凝药，应在急性期用普通肝素或低分子肝素抗凝。普通肝素应用方法：70U/kg静注，之后以15U/kg/h开始输注，以后根据aPTT调整肝素用量，将活化部分凝血活酶时间延长至用药前的1.5~2.0倍。或应用固定剂量的方法，即普通肝素5000U静注，继之1000U/h静点。低分子量肝素应用方法及剂量可根据不同制剂和患者体重，参照深静脉血栓的治疗剂量。
（2）抗凝药物应用持续时间：心房颤动发作持续时间＜48小时，若有急性复律指征，在应用肝素或低分子肝素前提下，可立即行电复律或抗心律失常药物复律。复律后，有栓塞危险因素者，需长期使用华法林。无危险因素者，复律后不需长期抗凝。
心房颤动急性发作期治疗不同于心房颤动长期治疗，有不少患者可能需要抗凝治疗，强调急性心房颤动患者转复前后的抗凝治疗不容忽视。