这是一个重要并且极其巧妙的酵素断食排毒与启动自愈功能机制，它可以有效的把潜藏体内、细胞内多年的毒素溶解出来，进行燃烧变成能量后加以利用，然后又排出体外，同时依靠酵素进行机体修复与重建，正如同电脑程序混乱时进行格式化一样，使身体真正实现一次完整的新陈代谢历程，这个排毒与身体重建机制十分经典，特别有效，最为经济实用。
人体非常奇妙，断食以后，一切固体食物供给终止，在4-8小时内会把体内原有的葡萄糖消耗掉，然后启动肝糖供应，但维持十几个小时后，没有了能量来源，就会给身体一种强烈刺激。在面临饥饿挑战的时候，人体自然进入紧急动员状态，开始启动自身的“危机处理系统”，从体内寻找过剩的能量物质，以提供维持生命活动所必需的能量，这种一现象医学上叫做“自体溶解”。
酵素断食过程中，位于下丘脑掌管食欲和代谢的中枢就会开始工作，向身体各组织器官发出信号，告诉他们身体发生能量危机了，所以全身都要节省能源，于是身体新陈代谢速率会降低，并且集中酵素提供的能量和体内剩余能量，供给心脏、肺脏、肝脏、肾脏等这些重要的生命器官，让那些不大重要的部位暂时休息。
食物消化既要消耗消化酵素又要大量耗能，吃进去的食物，所含的能量大约有30%-70%用于自身的消化作业。酵素断食几天后，逐渐使过度旺盛的消化酵素停止分泌或减少到极微小的量，胃肠道减负后有一个修养生息的机会。这是断食启动身体节约能源的自动调节机制，身体能量消耗也会随着断食时间的推进而递减。
酵素断食后，在自体溶解过程中，出现消化功能减弱的同时，排毒功能则会大大加强。此时，抗氧化酵素系统将成为清除自由基毒素的主力军，体内多余的废物和系统中的自由基等各种毒素，包括失去功能的病变组织以及附在细胞膜上过量的极其顽固的蛋白质，都将被燃烧掉，并随粪便排出体外。然而，脂溶性毒素深藏的器官和细胞里面，是极不容易排出的。随着断食进程推进，肝糖已经用完，身体不得不开始燃烧脂肪供应能量，细胞里面深藏的，促炎物质和毒素，终于有机会破茧而出，从而达成细胞排毒的目的。
细胞排毒可能会出现“沉渣泛起”的现象，例如：会出现头痛、头晕、困乏、皮疹等症状，个别人也可能出现轻微组织损伤。体内抗氧化酵素浓度低时，还会使部分慢性疾病症状有加重的现象，我们把上述现象称为“好转反应”、“调整反应”或“瞑眩反应”。患有不同慢性疾病的人会有不同的反应，此时千万不必惊慌，因为它是去病现象，短时间就会自然消退。
等消化酵素停止分泌后，代谢酵素的功效就会发挥得更大，通过激活间质细胞并促进新的细胞生成，哪里需要就修补重建，酵素就会促进机体在哪里进行修补重建。酵素断食不同于清水断食之外，就在于它能够同步进行机体修复与重建。与此同时，酵素潜能知道如何利用外源性酵素中的氨基酸、维生素、矿物质、植物生化素等营养元素，去建造身体里的器官和组织，从而改变病理代谢过程，启动自愈功能，使一些退行性病变，慢性疾病可以调整和改善，甚至不药而愈。
酵素断食排毒使许多迁延不愈的慢性病、退行性疾病、糖尿病、冠心病、肥胖症等得到改善，甚至不治而愈，使一些病情恶化而身体虚弱的人变得强壮起来，从而激发出蓬勃的生命活力。