西医学作为一门科学，传到我国以后，产生了相当大的影响。就医学本身来说，由于西医学是以现代科学为基础的，它的传播为我国带来了新的知识，教会医院以及西医药院校、西医书籍的出现，在客观上促进我国医学的发展，在一定程度上对我国人民的保健事业起了作用。在西医学如潮水般涌来的冲击下，医学界也出现了各式各样的思想和主张，其中影响较大的就是中西汇通的思想和其派别的产生。
早在明末清初，方以智等一些人就曾接触过汤若望等人所著的《主制群征》等西医学中关于生理解剖学的作品。当时，他们曾经在中医、西医之间进行了一些汇通的尝试，但影响不大。
随着西医学的广泛传入及在我国的逐渐发展，引起了中医界的普遍重视。与建立在现代科学基础上的西医学比较起来，中医学术必须继续提高和发展，这在当时是一个现实的、客观存在的问题。于是，有一些追求进步的医家，开始探索以西医学术的见解来沟通和发展中医学术，从而逐渐形成了中、西汇通的思潮和派别。
中西汇通派较早期的代表有唐容川（1862～1918），他的代表作有《
》，该书摘录《内经》的原文，并收入王清任的《医林改错》关于脏腑的图说，以西医的解剖生理学来印证中医的理论。他从维护中医原有的理论出发，驳斥对中医学术的攻击。如说：“经脉者所以行血气而荣阴阳、濡筋骨、利关节者也-《内经》名脉，西医名管，其实一也。”在临床方面，也有一些中西汇通的内容，但他的理论和阐述有不少牵强附会和错误。然而，在当时的历史条件下，他敢于大胆引用西医的知识来印证和解释中医，汇通中西医学，这种革新精神是值得肯定的。
这一时期，试图进行中西汇通的还有广东的朱沛文（字少廉）。朱沛文出身世医，曾从事医学二十年，并在西医院内亲见人体解剖。他于1892年著有《华洋脏腑图像合纂》一书，认为大体上是中医“精于穷理，而拙于格物”，但又“信理太过，而或涉于虚”；西医“长于格物，而短于穷理”，但又“逐物太过，而或涉于固”。因此，他说中医与西医“各有是非，不能偏主”。他的这种认识，在当时来讲，还是较为中肯的。然而，由于时代的限制，他在进行中西“合纂”和“折衷”工作中，仍不免有牵强附会和谬误之处。
二十世纪上叶，中西汇通医家不断增多，影响也逐渐扩大，其中以恽铁樵、张锡纯等人影响较大。恽铁樵（1875～1935）承认西医学有先进之处，并指出应吸收西医之长以发展中医，他在《
》中强调“治医者不当以内经为止境”。恽氏这种汇通中西，不为内经所束缚，要求不断发展中医学术的思想，也是值得肯定的。
张锡纯（1860～1933）在中西汇通的过程中，从理论到临床，从医疗到药物，都进行了尝试。他的代表著作有《医学衷中参西录》（1909～1924），于医理及临床各种病症，均历述中、西医的认识，互相印证。其突出的特点是中、西药物并用。他对中药有较深刻的研究和阐发，试图取西药之长，以补中药之不足，并在临证治疗中作了一些大胆的尝试。
此外，在中药学方面还有一些沟通中西的著作，如阮其煜等编著的《本草经新注》，反对单纯用化学分析方法来研究中药，运用西医理论对《神农本草经》中280余种药物进行阐述。又如蔡陆仙的《中国医药汇海》中，汇集了历代各家关于中药的学说，并用中医和西医两种理论加以注解。所有这些尝试也都是有益于医学的革新的。
对于中西汇通派，历来有不同的评价。对此应当进行历史的、阶级的分析。在*动反**统治和帝国主义互相勾结，妄图消灭中医的关键时刻，为了谋求中医本身的生存和发展，试图用中西汇通的方法来适应当时的需要，这种思潮，较之那种全盘否定中医的民族虚无主义思潮和坚持中医学术完美无缺的复古主义，无疑是一大进步，是符合科学发展的需要的。
但是，由于半封建半殖民地社会制度的局限，这些主张中西汇通的医家不可能看到我国医学在存在中西两种不同体系的情况下正确的发展方向，在研究方法上又缺乏切实的科学方法，还存在不少机械的、形而上学的思想方法，因而他们的成就是很有限的。此外，有的人从改良主义思想出发，最后走上“废医存药”的道路，少数人甚至走向反面而成为*动反**政府消灭中医的帮凶。他们的作法，和我们今天以现代科学方法为手段所进行的中西医结合工作，在本质上是不同的。