子午流注针法是一种以时间条件为主的配穴法，是在五输穴的基础上发展起来的，所以运用此法须熟练运用五输穴和时间对应的关系。
此法产生于宋金之际,早期著作为金代阎明广编著的《子午流注针经》。书中首载何若愚所撰《流注指微赋》。据述,何氏先写《流注指微论》三卷,后改写成《赋》,阎氏于1153年得此,加以注解,并编集有关资料成书。《子午流注针经》将子午流注配穴法画成圆图及编成歌诀介绍,后来医家在此基础上又有所补充修改。明代徐凤在《针灸大全》中把它改写成《子午流注逐日按时定穴歌》十首,每日一歌,十日一周转,配穴法趋于周密,临床运用多以此为据。徐风于歌诀后有说:“余今将流注按时定穴,编成歌括一十首,使后之学者易为记诵。”以后《针灸聚英》、《医学入门》、《针灸大成》等书加以转载,多称“徐氏”。近人著述,有误指为南北朝时徐文伯者(承淡安等《子午流注针法》),不可为据。子午流注针法之外,又有灵龟八法、飞腾八法等,则属“八脉八穴”的按时配穴法。
关于按时配穴法的理论渊源,可以追溯到《内经》。在《内经》中多处阐述了“人与天地相应”思想,还从营卫气血的运行说明针刺应当与时相应。《灵枢·卫气行》篇说:“谨候气之所在而刺之,是谓逢时。”子午流注就是以这一理论为指导,以五输穴为基础,结合日时干支的运算,创立了具体的按时配穴法。“子午流注”的名称,子午是十二地支中阴支与阳支的代表,《灵枢·卫气行》篇已有说:“子午为经,卯酉为纬”。流注一名则是从“所溜(《难经》作流)为荥、所注为输”的用语而来,可知其理论导源于《内经》、《难经》。灵龟八法和飞腾八法,则是以八脉八穴为基础的按时配穴法,前者较为多用。关于八脉八穴,最早见于金元时期窦汉卿的《针经指南》。由于八穴能主治有关八脉的病症,适应面很广,后来将八穴配合九宫、八卦、日时干支,成为又一种按时配穴法。飞腾八法的配合关系略有不同,两法均载于徐风的《针灸大全》。
从上述可知,几种按时配穴法都是始于宋金之际,而完成于明代。其中以子午流注法最受注重。李極在《医学入门》中曾说:“宁守子午而舍灵龟”,近人的临床应用亦大多如此。
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