明王朝建立后，鉴于元代崇奉喇嘛教的流弊，转而支持内地传统的佛教各宗派，因此喇嘛教在内地渐衰，而禅、净土、律、天台诸宗得到恢复和发展。明代专门设有各级僧司、僧官，监督僧众行仪和掌管剃度考试。明初每三年免费发度牒一次，自景泰二年（1451年）开始，改为纳费发牒。特别是成化年间，大量发放空名度牒，每次都是成千上万份。从此有牒僧人大增，寺院也随之增多。明代佛寺之多，远远超过前代。据初步统计，成化十七年（1481年）以前，仅京城内外即有官立寺院639所。
明代湖南新建的佛寺也不少。仅据光绪《湖南通志·寺观》所载统计，即有38所。从地域看，新建的佛寺中有21所，分布在湘西和湘西南较边远地区。最具代表性的是普光寺。它在今张家界市永定镇，建于明永乐十一年（1413年），清代两次重修。现存建筑有两座山门、大佛殿、二佛殿、观音殿、高贞殿等。二佛殿为明代原物大佛殿与二佛殿之间，以过亭相连，成"工"字形，为元代建筑常用手法。高贞殿分前后两殿，前殿是明代建筑。此寺已被列为中国佛教名寺之一。此外，如常宁的多宝寺、烟林寺、莲花寺，道州（今道县）的龙华寺，永明（今江永）的清凉寺、西经寺，新田的广胜寺、龙池寺、龙居寺，沅陵的广福寺，芷江的雁塔寺、大佛寺，麻阳的湘山寺，靖州的报恩寺、香山寺、王麟寺、绥福寺、迎恩寺等，均始建于明代。
湖南各地的古刹，在明代进行重修和扩建的也不少。如，长沙湘春门外的铁佛寺，成化中重建；开福寺，明成化年间封于长沙的藩王﹣﹣吉简王朱见浚重修。又如，沅陵的龙兴寺，始建于唐贞观二年（628年），明代曾三次重修，现存的大雄宝殿，建于元末明初，殿内中央檐间所悬"眼前佛国"横匾，为明代大书法家董其昌所书。此外湘乡凤凰寺，茶陵崇宁寺、云阳寺，清泉（今衡阳市）的开福寺、光孝寺，零陵的太平寺，邵阳的光孝寺，桃源的华严寺等，明代先后也进行过重建。
在新建和重修佛寺的同时，湖南有些地方曾发生过拆毁寺庙的事。最突出的是为扩建岳麓书院而拆毁道林寺。这反映了儒、佛的矛盾。道林寺原与麓山寺齐名，并称"湘西二寺"，杜甫、韩愈、刘禹锡等著名文学家均作有岳麓、道林二寺诗。由于与岳麓书院毗邻，双方的矛盾与冲突在所难免。据记载，南宋朱熹、张拭在岳麓书院讲学时，从游者众，于是在寺侧建精舍，供求学者住宿，但后来归了道林寺。元、明之际，由于书院衰落，"其址与食田，皆为僧卒势家所据"。明中叶，书院复兴。正德二年（1507年），行省右参政吴世忠为扩建岳麓书院竟将道林列为"淫祠"，加以拆毁。又，正德五年（1510年），辰州知府戴敏为建崇正书院，下令将城外"淫祠""毁而鬻之"，以其值作建书院的费用。当然这类事件终究还只是少数，并没有影响到佛教的继续发展。
明代一些高僧曾云游湖南古刹名寺，讲经布道，同时湖南本身也培育了不少在佛学方面颇有造诣的佛门大师。他们对于佛教在湖南的传播和发展，发挥了重要的作用。
德清（1546~1623)，明末佛教四大师之一。俗姓蔡，安徽全椒人。万历四十一年(1613年）从广州至衡阳，居鄙湖万圣寺，后在寺傍为他另建县华精舍。德清在衡阳滞留三年，写成了《楞严通义》、《法华通议》、《起信论略疏》等佛学专著，并为僧众和信饮见。
徒设坛开讲。万历四十四年（1616年）四月，离湖南去九江，登庐山。天启三年（1623年）十月，圆寂于曹溪南华寺。曹溪原是中国禅宗的祖庭，但时久荒废，经德清锐意经营，始恢复旧观，因此他被奉为曹溪中兴祖师。
德清一生弘法，所度弟子甚多。湖南颛愚即其弟子之一。据《宝庆府志》载，颛愚，名观衡，原霸州赵氏子。万历年间来邵阳居五台庵。后出游湖湘诸寺，"所在公卿细素，称为古观音再来，法嗣最广"。他曾入曹溪请益于德清，听其讲经说戒。著述甚富，传世的有《华严经纲要》、《颛愚语录》等。
颛愚的门徒中造诣最高的是音可。据记载，音可，武冈邓氏子。"幼祝发五台庵，为颛愚首座。后遍游吴越。"著有《广圆通忏》100卷、《渺潭慧山诸语录》120卷。海内称"元尊宿"。
在佛学研究方面有造诣，并留有著述的湖南著名僧人还有不少。如：
秀峰，宁远郑氏子。据记载其母孕18月而生，年13出家阳山。曾游曹溪学禅，后来回到阳山。嘉靖二十九年（1550年）坐化。世称"七祖"，名所居为万寿寺，改其山曰阳明。所著有《阳明语录》。
如学，为山僧，著《五峰语录》。据记载，五峰，陕西人，天台密和尚高弟。崇祯中来湖南，"冀兴为宗"。"虽住锡未久，而言动法则，著于乌龙问答中者，笔不胜书"。侍者"略其概，编次成集"。后圆寂时，遗命归葬为山。"其徒作塔于南桥之阳"。
明代一些湘籍的非方外人士，对佛教教义和经典亦很有研究，著述传于世。如，湘潭李腾芳，神宗万历二十年（1592年）进士，官至尚书，著有《金刚经解》、《说楞严》。又如，曾凤仪，耒阳人，神宗时亦官至尚书，著有《楞伽宗通》八卷、《圆觉宗通》四卷、《法华宗通》、《金刚般若宗通》二卷、《楞严宗通》八卷、《心经解》二卷。#湖南##爆料##巴巴多斯宣布正式承认巴勒斯坦国##央视发文：调休原则是最小干预##老人下跪求饶 旁边人为何拉着城管#