作为面壁者的罗辑，每天在自己的伊甸园里悠哉的过着自己的日子，毫不关心三体人入侵的事。忽然有一天罗辑半夜醒来发现庄颜和孩子都莫名其妙的不在自己身边，他急忙到处寻找却发现在一幅孩子未完成的画上有庄颜的留言，说自己和孩子就要冬眠了，400年后见，天哪、罗辑情不自禁的说道，400年后，那是三体人到达地球的时间，也是末日之战的时间啊这到哪找她们。
罗辑想要联系坎特让他帮忙寻找妻儿，阻止她的妻儿去冬眠，忽然发现联合国秘书长萨伊站在他的面前。罗辑严厉质疑萨伊，为什么联合国绑架他的妻儿，而萨伊却说让庄颜和孩子冬眠是为了让罗辑能集中精力工作，想见到妻儿就要想办法对法三体人。罗辑还想利用他面壁者特有的权力让妻儿回到自己身边。没想到萨伊拒绝了他的请求，本来嘛、罗辑的权力就是面壁计划给的，自然有理由拒绝罗辑。
罗辑的请求被拒绝后就又提出和妻儿一起冬眠。可以，萨伊说到，你和妻儿在末日团聚还有意义吗？当你们醒来看到的只不过是人类的最终毁灭，你被选为救世主，到那时你也无法拯救自己的爱人和孩子，当你面对妻儿失望的眼神时你又作何感想？不如趁现在危机还没有到来，抓紧时间想出办法对付三体人。
罗辑被萨伊逼得走投无路，他反问萨伊为什么当初要把他选为面壁者，为什么是他拯救地球?萨伊此时告诉罗辑当年为什么选他为面壁者，是因为他是三体人要刺杀唯一的地球人。罗辑很是纳闷的说道：我是三体人要刺杀的唯一地球人？开什么玩笑。萨伊告诉罗辑希望他好好想想，找出三体人为什么想杀你，为什么三体人害怕你活着的原因。
为了自己的妻儿罗辑不得不仔细思考三体人为什么要杀自己，他仔细的回忆着在自己身边发生的每一件事，终于罗辑想到，也许这一切有可能与叶文洁和他的谈话有关。他仔细的琢磨和叶文洁在一起时的谈话，在冰天雪地中罗辑漫无目的走着想着，甚至走上了路旁边结了冰的湖面他都不知道。就在湖面的冰突然坍塌的一瞬间，罗辑猛然想到黑暗森林法则。这个理论法则有一个推论：那就是弱肉强食，如果在宇宙中公布一个恒星系统的坐标和他的文明，那么这个恒星的文明就一定会被其他高级文明摧毁，这就是黑森林法则。罗辑想到这里艰难地从冰湖中爬起，急忙跑来找坎特，要求立即召开面壁计划听证会。为了保证罗辑的绝对安全，面壁者听证会将以视频会议的形式召开。另一边，地球上的三体组织成员也接到了三体人的信息，要求他们用新技术不惜一切的立即杀死罗辑。
庄颜去冬眠了，罗辑恋恋不舍地离开了伊甸园，又回到了以前北京的地下掩体。史强的接班人张翔负责罗辑的安全保障工作。罗辑进入掩体后，找到天文学家林格博士，告诉他绘制一张距离太阳系50光年以外的恒星坐标图，他有计划。随后罗辑召开了面壁计划的听证会，罗辑提出利用太阳功率的放大功能，向全宇宙广播这颗恒星的坐标。罗辑说这是一套咒语，会对目标星系产生毁灭性的打击。这次发射的星系坐标只是实验，如果实验成功后将会进行真正的诅咒计划。
这时三体组织也没闲着，他们利用基因变异技术研发了一种特制的流感病毒。这种病毒对普通人没有多大影响，针对的就是罗辑本人，这就是基因*器武**。这个病毒被地球上的三体组织投放在罗辑藏身处的周围，但是这种轻微的感冒并没有引起大家的注意，终于罗辑被前来和他商量事情的坎特传染了。会议结束后罗辑终于病重，多器官开始衰竭，他只能立刻冬眠，等到未来才能医治。还好这时咒语已经发出。
为什么庄颜走后罗辑开始积极的想办法对付三体人，原来当年罗辑提出要找梦中情人的时候，联合国担心罗辑不作为，在他的要求条件上又增加了一条，那就是要楚楚可怜，这可以激发起罗辑的保护欲。当人类面临在未来必将毁灭时，庄颜一定会感到忧伤，庄颜的忧伤会让罗辑想尽办法去逗庄颜开心，也希望庄颜快乐的生活下去，所以罗辑一定能挺身而出，联合国就是利用罗辑要保护一个楚楚可怜的人心里，激发逻辑的斗志。
这个时候让庄颜冬眠就是为了让罗辑好好地工作，尽快地想出三体人为什么惧怕他，为了弄清楚这个问题联合国准备了三套方案，1、是通过对罗辑的观察找到三体人害怕她的原因制定方案。2、是找出罗辑有对付三体人的秘密，3、是以庄颜为诱饵逼迫罗辑找出他身上的秘密。前两个方案没有起到作用，让庄颜休眠是最后一个方案，罗辑为了能见到庄颜终于想到了黑森林法则。这是面壁者计划的转折点。地球上的活动逃不出三体人的监视，三体舰队探测到了咒语的发射，立即开始行动，又向地球发射了10个探测器，这些探测器将提前到达太阳系。
联合国在一次会议过后，太空军发布了太阳系的星图。太阳系星途的公开大大的震撼了所有人，让人们感慨人类在宇宙中的渺小。此时章北海与常伟思二人在会议室内谈话，章北海向常伟思提到了太空军以及人类的失败主义开始蔓延。如果地球科技依旧没有突破，这种失败的思想就会越来越严重，如果到未来连合格的政工干部都会越来越少。章北海就向常伟思建议让一批思想过硬的政工干部冬眠，在未来人类面临心理危机的时候苏醒，起到力挽狂澜的作用，但是这个方案因为种种原因暂且被搁置。
在危机开始后的几年中，人类全力投入技术研究，研究中可控核聚变以及太空电梯进展一直比较缓慢，但航天飞机的研究却取得了突破性进展，人类进入太空已经不是一件太难的事。每位太空成员都有一次进入太空体验的机会，章北海也不列外。在这次飞行中他遇到了杨东的未婚夫物理学家家丁仪。丁仪因为智子干扰基础物理的研究无法进行有效实验而开始转行攻关可控核聚变。
航行期间，丁仪向章北海介绍了宇宙飞船的推进技术。飞船的飞行靠发动机，也就是推进器，推进器将以核聚变为能量来源，按照推进方式分为两种技术，一种是工质推进，一种是无工质推进。工质推进类似于化学火箭，需要利用燃料的能量从推进器尾部喷出，利用作用力与反作用力的原理推动飞船前行。而后者则是利用核聚变的辐射能量直接推动飞船。由于工质飞船需要携带大量燃料，存在一定风险，因携带燃料有限，不适宜远距离航行，如果是在未来的星际战争中肯定是不行的。对于目前而言由于化学燃料作为飞船和火箭的推进技术是比较成熟的，因此受到了传统航天界的推崇。
随着时间的流逝4年已过，这天斐罗兹将军和林格博士将哈勃二号望远镜再次观测三体舰队方向，忽然发现除了以往看到的1000根冲击轨迹外，又多出了10根轨迹。这说明三体舰队发射了10个探测器。这些探测器速度更快，将会提前100-150年左右来到太阳系。三体人的这个行为非常令人费解。如果是要对地球进行探测的话，智子完全可以胜任，另外发射探测器有多此一举的嫌疑。但斐罗兹将军却看出了端倪，三体舰队发射探测器的日子正好是罗辑发射咒语的那一天，罗辑或许真的有希望打败三体人。
三体人发射探测器的行为，用一句通俗的话就是：为了1%的希望付出100%的努力。实际上探测器最快到达地球也要200多年以后。此时的人类已经非常接近黑暗森林理论了，甚至罗辑也有可能中途被治好。200年间什么都有可能发生，发射探测器可能根本没有意义，但为了生存，三体人依旧付出了所有的努力。
自从危机开始后，人类倾全力投入科技研究，普通人的生活开始艰难起来。食物又恢复了供给制，粮票油票肉票再一次出现在人们的生活中。经过几年不断的努力，人类的科技终于有了一些进步。太空电梯技术首先被攻克，汪淼研究的材料被大规模的发射到太空，一座座太空电梯陆续建成，人类进入太空已经是一件平常的事。除了太空电梯，可控核聚变技术也取得了突破。丁仪领衔的课题组，攻克了其中的关键技术，对人类而言，能源再也不是稀缺的资源了。
就在此时，章北海找到了丁仪，希望推迟发布可控核聚变的相关成果。因为可控核聚变一旦可行，下一步就是确定飞船采用哪种发动机的技术了。而此时工质飞船与无工质飞船的争议依旧很激烈，两派势均力敌互不相让，但是工质飞船的支持中有几个德高望重的航天老前辈。如果这时候确定发动机的技术路线，工质飞船很有可能被采纳，这对以后的星际战争很不利。但丁仪研究的可控核聚变，研发进度一直受到媒体和大众的关心，都是公开的，根本无法隐瞒，面对这种情况，章北海决定铤而走险弄掉那几个航天专家。
章北海前几年提出的增援未来计划最终得到了上级的批准。在进行冬眠之前，章北海向上级提议，让特遣队的所有成员在太空中进行为期一年的实习和工作。在进入太空之前，章北海找到了一位陨石收藏家，用重金买下了3块铁陨石。随后章北海偷偷利用单位的车床，将这三块铁陨石制作成了陨石*器武**带上了太空。
在章北海在太空实习了三个月后，机会出现了。航天系统要开一次会议，为了弥补过去航天工作者没有机会进入太空的遗憾，这次会议在太空中进行。章北海知道会议地点后提前去5公里之外埋伏。会议结束以后，参与会议的人员要走出空间站，在太空中合影留念。就在与会人员摆位置准备拍照的过程中，章北海向几个支持工质飞船的航天泰斗射击。在真空中没有受到任何阻力就击杀了目标。由于章北海所用的工具是用陨石做成的，因此在场的人都认为是遭遇了陨石雨事故，并没有往其他方面去想。
几个老航天泰斗的死使得工质飞船方案失去了支持。地球上的三体组织通过智子目击了这次袭击，他们也曾经考虑过揭发章北海，但由于之前他们的离间行为过多，这种揭发未必有人信。同时三体组织成员都认为章北海是狂妄的胜利主义者，就留着他让他看到未来人类最终失败的情景。
章北海消灭了几个老家伙后就与第一批特遣队员和常伟思告别，进入冬眠前往未来。常伟思与章北海的接触中，隐约地感觉章北海的目的没有那么简单，但是他没有看透章北海内心的想法。常伟思给未来的指挥官留下了一封信，委婉地提到章北海有问题，但这并没有引起其他领导的重视。
危机到达2032年希恩斯和雷迪亚兹在冬眠中被唤醒，因为他们期待的超级计算机已经出现了。希恩斯醒来后见到了自己的妻子山杉惠子，这才发现这麽多年以来妻子都没有冬眠，苍老了许多，来不及诉说离别之苦，山杉惠子就向希恩斯讲述了这些年来计算机技术发展的情况。由于三体人的智子*锁封**了人类科技的进步，量子计算机和新型计算机都没有研发成功。但山杉惠子却奇迹般的用一个CPU模拟人类大脑的一个神经元，用笨办法利用上亿个CPU组建了一个超级模拟大脑。希恩斯的研究表明利用大脑的神经元对路思维以了解大脑的工作原理，达到解析大脑对事物的反应。
这里说一说人的大脑观，人脑在最底层是量子层面的，因此人的思维有不确定性，不可预测性。人类特定的思维对应着一个神经回路，这个神经回路由一系列脑细胞组成对所有人都是一样的，我们可以把它称为脑回路。希恩斯的计划就是了解人类的每一个思维对应着哪一个脑回路，达到解析大脑的目的。说白了就是核磁共振加上高速摄像机对大脑扫描，在扫描过程中向被扫描人提问，记录她的每个大脑神经所做出的对应点，然而在对志愿者扫描时却出现了意外，使志愿者的认知出现了偏差。
当提问水是否有毒时经过大功率扫描志愿者竟然说水是有毒的物质，并患上了恐水症。希恩斯认为，极有可能是这个大功率扫描影响到了人类的脑回路，最终导致人类认知改变。经过几次试验结果相同，希恩斯发现可以通过对大脑特定的脑回路进行扫描，对这个脑回路进行修改，同时也改变人类的认知。希恩斯把这项技术称为思想钢印。
希恩斯找到了常伟思，向他介绍了思想钢印的研究成果，建议在*队军**中利用这项技术建立必胜的信念。而常伟思认为必胜的信念应该建立在科学理性之上，通过机器改变人的思想是一个非常糟糕的科学创意。在面壁计划听证会上，希恩斯的想法受到了否决。以人类的价值观，思想自由和生命同样重要，人们难以接受自己的思想被机器支配。不过会议决定思想钢印在小范围内可以使用。使用者必须是太空军军人，同时被允许修改的信念只有一个，那就是在与三体的战争中人类必胜， 使用思想钢印的人必须自愿而且完全知道思想钢印修改的内容。
希恩斯得到允许在纽约组建了一个信念中心，希望尽自己负责太空军军人的服务，但是没有通过，只有一小批军人接受了思想钢印，希恩斯感到自己已经无法再为脑科学做点什么了，于是选择和妻子一起冬眠，直接前往末日之战。山杉惠子在进入冬眠的过程中突然发现了什么，她希望阻止这一切但还没来得及就被冬眠了。
由于超级计算机的出现，巨行核*器武**QD的设计和制造进行的相当顺利，眼看就要进行实验了。由于巨行QD当量巨大，只能考虑在外太空进行试验。通常情况下可以考虑在月球上进行试验，而雷迪亚兹却另辟蹊径，要求在水星试验，而且进行的还是地下实验。
实际上对于验证*弹核**的威力，在水星试验和在月球试验差距不大，但成本却搞出许多。既然在外太空实验，那么进行地下试验也没有必要。在水星上挖掘超深井成本也非常高。雷迪亚兹的计划立刻受到了怀疑。雷迪亚兹为了推进水星试验计划，谎称在水星进行地下试验可以炸出一个巨大的洞穴，用于在太阳系部署防御系统，这才让计划最终通过。水星上实验建立防御体系能做到吗？雷迪亚斯存有什么样的目的？请看下回，雷迪亚斯的阴谋，人类进入低谷时期，对抗三体人是否还有新的希望？