羊肚菌从播种到收货之前，都可以称为培养菌的阶段，这一阶段的主要任务是保证菌丝生长良好，形成大而健壮的菌丝网，然后进行补料，即外源营养袋的应用，为菌丝网提供足够的营养物质，以满足后期蘑菇生长的需要，所以培养菌阶段的主要工作是很明显的，形成一个有足够“能量物质”的菌丝网络，如果这个菌丝网很弱或者贫瘠，就不可能有大丰收。
羊肚菌的栽培是一项相当广泛的技术，与传统食用菌的最大区别是菌种是在开放的土壤环境中播种，而不是在无菌菌袋中播种，这种粗放的栽培模式也让很多传统食用菌从业者理所当然地认为羊肚菌的栽培是一件极其简单的事情，摩拳擦掌，跃跃欲试，但最后还是失去了队伍，离开了现场。
广阔的土壤环境中存在大量的微生物和昆虫，这些都可能影响羊肚菌的菌株或菌丝(当然羊肚菌的生长和后期结果是否需要土壤中微生物的辅助尚不清楚)，最明显的是杂菌或昆虫对羊肚菌菌株或菌丝的入侵。
羊肚菌培养阶段有一个明显的外来细菌入侵特征，即外来细菌的入侵位置往往是地面裸露的菌株，目前混合菌入侵主要有两种：氯霉素和链霉菌。
暴露的菌株受到杂菌的攻击，这是因为有足够的木屑、麦粒等营养物质附着在菌株上，容易滋生杂菌。然而，在播种操作中完全暴露的菌株通常不容易被杂菌攻击，这是因为羊肚菌菌丝生长能力强，能在贫瘠的土壤中长距离穿梭形成菌丝网络，而杂菌在土壤中穿梭的能力相对较弱，当然，混合菌种或者菌种活力不足也是原因之一，此外，土壤水分高也是杂菌容易植入繁殖的主要原因。
因此，为了预防和控制杂菌在细菌培养阶段的入侵，应注意以下几点及对策：
田间土壤处理：播种前晒干、石灰、轮作等作业；2.选择优质健壮无污染的菌株；3.播种过程中覆土作业要规范，土壤湿度要理想；4.如果有外来菌侵袭，可以小心捡起来，或者用生石灰(连同外来菌和羊肚菌)覆盖，或者用干净的泥土覆盖2 ~ 3厘米。注意：如果外来细菌侵袭严重，最好用生石灰。轻度外来菌可覆土；5.放置外源营养袋时注意避开杂菌的位置。如果外源营养袋后期感染杂菌，必须在出菇前取出；6.在有外来菌入侵的领域，应严格防止后期出菇过程中的高温高湿，这些外来菌有可能直接入侵菇体造成损失；7.杂菌发生严重的田地，第二年不适合再种植羊肚菌。