公司乱扣工资的处理方法如下：
1、申请调解；
2、对于单位乱扣工资的行为，员工可以与单位进行协商；
3、如果协商不成，可以申请劳动仲裁，将问题提交给劳动争议仲裁委员会进行处理，也可以选择向法院起诉，员工需要保存好相关证据；
4、诉讼解决。诉讼程序的启动是由不服劳动争议仲裁委员会裁决的一方当事人向人民法院提起诉讼后启动的程序。
公司拖欠工资的处罚标准：
1、以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金，造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；
2、对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚；
3、尚未造成严重后果，在提起公诉前支付劳动者的劳动报酬，并依法承担相应赔偿责任的，可以减轻或者免除处罚。
用人单位在下列情况下才可以减扣工资：
1、劳动者因个人主观原因未能完成工作任务，单位可以扣减其工资，但扣除后剩余工资不能低于当地最低工资标准；
2、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可以扣减劳动者工资，但每月扣减的工资不超过劳动者当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准；
3、劳动者请事假等相应扣减工资。
【相关法规】
《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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