在行政协议案件中，既有相对人的违约，也有行政机关违约，违约的原因各种各样，有对自己履约能力认识不足、*迁拆**拆不动、政策调整、领导换届、公共利益需要等，也有的如眼见土地价格飞涨，认为以前卖地卖便宜了，于是“一地二卖”，“一女二嫁”，赚取差价，等等不一而足，如此给当事人造成重大损失，也对当地营商环境和经济发展带来伤害。
很多时候，由于“官贵民轻”或地方保护主义的思想，行政机关往往以行政协议具有公益性为理由，忽悠当事人，认为只需要履行给付义务即完成了赔偿，对相对人的直接损失和可得利益不闻不问、视而不见，而地方司法机关在裁判该类纠纷时，也往往具有偏袒当地行政机关的倾向，判决只需按照协议履行义务即可，对因该行政协议履行或签订对相对人造成的各种损失完全忽略，从而给当地的营商环境造成恶劣的影响，以至于很多案件直到最高法才得以纠正，而有些案件则可能永远地遗忘在时间的长河里，任凭岁月的变迁和时间的洗礼。
行政机关违约，到底该怎样对相对人赔偿？如何赔偿才算合法合理？一般情况下，如果在协议中双方对于违约如何赔偿有约定，则按约定进行。因为行政协议具有合约性的特点，但是如果没有约定呢？
有人认为应该以国家赔偿标准进行赔偿。这样肯定不行。因为国家赔偿标准只赔偿直接损失，那样根本不足以弥补当事人的损失。
正确的做法是参照民事合同法中关于违约责任的处理，即赔偿应包括直接损失和可得利益损失，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。这也是最高法的观点。
如某地产公司与某地开发区管委会签订一份土地使用权出让合同，约定地产公司应在3个月内缴纳土地出让金，管委会应在6个月内办理*地征**手续并交付其使用，在3个月内完成*证办**手续等，双方对违约如何赔偿并未进行约定，合同签订后，地产公司交纳了5亿的土地出让金，但管委会却迟迟未能在6个月内办理*地征**手续并交付地产公司使用，更不用说完成*证办**手续了。且违约状态一直延续到地产公司到法院起诉长达十年的时间，期间地产公司为此投入了大量的人力、财力对中标项目进行前期开发，损失巨大，因此起诉要求赔偿同期同类银行*款贷**利息损失，人工费、工程费损失，土地差价损失等总计4亿元。而在该案的一、二审阶段，*款贷**利息损失、人工费、工程费损失，土地差价损失都被驳回，直到最高法再审后才得以纠正，认为应赔偿这十年多因无法获得土地而失去的经济利益，包括同期同类银行*款贷**利息损失、人工费、工程费、土地差价损失等完全合法合理。行政协议的虽具有公益性，但并不能免除行政机关应负有的违约赔偿责任。
当事人对这类案件花费的维权成本极其高昂，期间为履行协议所投入的人力、物力、设备、财力等都是巨大的。像上述案件中的地产公司前后共投入了3亿，如果得不到赔偿，则意味着3亿打了水漂。而且十多年前5亿能购买的土地使用权，今天可能50亿都未必能买到。这对企业家的信心打击是巨大的，也极易引发社会矛盾，只有按照民事合同法的规定进行赔偿，才能弥补给当事人所造成的损失，从而实现双方权利义务的平衡。否则，谁还敢跟政府机关打交道？谁还敢去投资兴业？像前不久贵州女企业家被“以刑化债”的事件就是一个深刻的教训。
具体程序是：相对人在拿到生效裁判文书后，向行政机关请求支付违约赔偿金，行政机关在收到支付申请之日起7日内，向有关财政部门提出支付申请，财政部门收到支付申请之日起15日内支付赔偿金（一般以支票的形式支付）。