俗话说，凡事都要有个章程，大家伙都知道开公司要有章程来约定股东之间的一些权利义务关系。但除了章程外，因为种种原因，股东之间还会另外签订股东协议。但这样的结果往往会造成公司章程和股东协议之间的一些约定存在冲突，就容易产生纠纷，伤了感情。
这不，王总和张总，以及橘子公司合意设立香蕉公司。香蕉公司设立之时，像往常一样在公司章程中对王总、张总、以及橘子公司的出资做了约定，后来由于公司发展及增资的需要，王总、张总以及橘子公司多次召开股东会，对出资约定进行了修改并签订《股东协议》，但并未及时将《股东协议》上修改的内容变更至公司章程中。后来橘子公司不愿意按照《股东协议》来出资，要按照章程来，因为章程有登记，协议没有登记，但王总和张总不乐意。三方搞的很不愉快，甚至要打官司。
那么究竟谁对谁错？股东协议和公司章程有什么关系？当股东协议和公司章程不一致时，该以哪个为准呢？
让我们先聊一聊，什么是股东协议，什么是公司章程？
股东协议是由全体股东所共同参与订立的协议，是股东之间达成的调整股东内部权利义务关系的文件，其协议本质应属于合同。根据合同的相对性，股东协议仅在签署协议的股东之间有效，效力并不及于签字之外的第三人，即不具有对外性。
公司章程由公司发起股东订立，是股东共同一致意愿的表示，具有公司自治规范的性质，依法属于我国《公司法》所规制的范围，并对签署股东、公司以及公司董事、监事等人员具有规范和约束的效力。同时，公司章程具有一定程度的涉他性，经登记公示后对处理公司与债权人等关系都具有一定的调整效力。
根据司法观点和司法实践普遍认为股东协议与公司章程均是由股东形成的两种在本质存在不同的协议安排，两者之间应为相互平行而非前后承接的法律关系。
关于股东协议与公司章程存在不一致时如何适用问题，目前法律、司法解释均无明确规定，但根据公司法“双重标准、内外有别”的原则，司法实践中，处理公司纠纷，应当区分公司内部关系与外部关系，分别适用实质要件与形式要件。当公司内部之间发生争议的，以实质要件为主进行认定；当公司外部之间产生争议的，则以形式要件为主进行认定。
1、对于股东内部之间，应以股东的真实意思合意为准
无论是股东协议还是公司章程均是股东意思自治的结果，签字股东受股东协议和公司章程的约束。若股东约定了股东协议与公司章程存在不一致时适用规则，应当从其约定，以约定适用的协议或章程为准。若是没有约定的，应当探究股东真实意思表示，适用反映股东真实意思表示的约定来确认各股东的权利和义务，一般以最后签署的文本为准，视为最后的文本以协议方式一致变更了之前的约定。
2、对于公司、股东与第三人之间，应以公司章程为准
公司章程是对外公示的文件，具有对外效力，而股东协议的内容一般不为协议外第三人所知悉。基于合理信赖公司章程，与公司交易而受到损失的第三人，在调整公司、股东与第三人之间的关系时，应优先适用公司章程，不能以股东之间的内部约定对抗外部法律关系。
因王总、张总以及橘子公司之间的出资纠纷是发生在公司股东之间系公司内部关系，应当以股东真实意思表示的约定来确认各股东的权利和义务。
说人话就是王总、张总以及橘子公司作为股东，他们之间的出资这事情应当按照《股东协议》来。
为减少因公司章程和《股东协议》不一致产生的相关纠纷，“小懿”在此建议：
1、公司在制定章程时要尽量吸收股东协议的约定条款。
2、如由于特殊原因，公司章程无法完全吸收的，或章程的某些条款与股东协议不一致的，应当提前进行特别约定，如“当章程与股东协议不一致时以股东协议为准（或以章程为准）”。
3、条件允许的情况下最好签订协议或者补充协议，并及时完成对公司章程的变更，以尽可能的规避风险。
4、如果您恰好需要《股东协议》来规范股东权责分配，新股东进入和老股东退出机制，可以联系懿茂律师为您量身定制哦~