解析肿瘤空间基因组、表观遗传组以及转录组等信息，并建模推演其演化历程能够帮助更好的肿瘤诊断与治疗，但是这种细致的多组学分析仍然欠缺(1)。
为此，英国 The Institute of Cancer Research Andrea Sottoriva以及Trevor A. Graham等研究人员在30个不同病理分期的结直肠癌病人，分不同的肿瘤位置，结合良性腺瘤 （adenomas）以及对应正常组织的1,370个样本单腺窝（glands，近似于单个肿瘤克隆）同时分析了其基因组 (whole-genome sequencing) 、染色质开放状态 （ATAC-seq）以及转录组 (RNA-seq)(1, 2)。
样本来源以及分析流程(1)
研究人员主要发现：1.癌组织常见染色质修饰蛋白编码基因突变，并且这些突变受正向选择；2.癌组织的染色质开放性区域有特征性变化，比如很多发育相关调控位点开放性增加，说明结直肠癌的发生与发育信号有关；3.癌细胞的表型（用转录组来指示）异质与可塑性很强，其演化历史与基因组突变状态只有小部分影响，更多的可能与空间免疫以及营养微环境有关(1, 2)。
癌组织相对于良性肿瘤其染色质开放区域发生明显变化(1)
癌细胞转录异质性很强，并且只部分受其演化历史影响(2)
该项工作2022年10月26日背靠背发表在nature(1, 2)。
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严谨细致的 对照 是亮点；另外，充分利用结直肠癌病理特点，用单个腺窝获取 近似单克隆信息 也挺巧妙。
接下来，将免疫细胞在内的 肿瘤微环境信息 纳入分析范围将进一步明晰肿瘤演化历程与机制。
参考文献：
1. T. Heide et al., Nature, in press, doi:10.1038/s41586-022-05202-1.
2. J. Househam et al., Phenotypic plasticity and genetic control in colorectal cancer evolution. Nature, 1–10 (2022).