内镜科成立于1994年，是集内镜检查、诊断、治疗、科研和教学为一体的独立临床医技科室。

内镜科有内镜系统、内镜主机、超声内镜主机、数字胃肠机以及各种内镜。另有硬式支气管镜，冷冻治疗仪、氩气刀、激光治疗仪等治疗设备。开展多种内镜的临床治疗工作，如消化道及呼吸道息肉的切除、套扎；消化道粘膜下肿瘤的切除；消化道早期癌及其癌前病变的粘膜切除；消化道早期癌及其癌前病变的激光治疗及氩离子血凝(APC)治疗；消化道出血内镜下止血；食管、胃底静脉曲张内镜治疗(套扎、注射硬化剂);消化道及呼吸道良、恶性狭窄的扩张及支架的施放；逆行胰胆管造影(ERCP)，胰胆管的内引流和外引流等；肺癌的早期发现，超细支气管镜，肺灌洗，经支气管细针穿刺活检等，近年来利用HALO射频消融系统及Dutte多环切套扎切除系统，率先在国际上开展了早期食管癌的射频消融治疗以及多环套扎切除，应用共聚焦微探头以及内镜下放大探头仪器进一步显著提高了早期消化道肿瘤的诊断、治疗水平。

科室承担及参与多项国家及省部级要题，其中独立承担国家十二五科技支撐计划项目“肿瘤微创诊疗平台的建立”，参加国家“八五”、“九五”之中“食管癌早诊早治”的攻关课题，连续多次独立承担卫生部部属（管）医院临床学科重点项目，参与卫生部公益行业专项基金项目，独立承担北京市科委重大专项“结直肠癌的早期诊断与治疗规范的研究”以及首发基金“北京社区消化道肿瘤早期诊断与早期治疗”项目等多项科研项目。

科室为癌症早诊早治项目食管癌贲门癌专家组组长单位，承担国家医改重大专项食管癌早诊早治工作的技术支持。科室工作人员过去多年来一直在食管癌高发现场，应用内镜研究早期食管癌的诊断和治疗，并且取得显著成绩。1995年在“八五”攻关课题验收时被评为优秀课题，得到国家认可。同时作为“食管癌高发现场的综合防治研究”的一个重要的组成部分，被评为1995年全国十大科技成就之一。多篇论文发表在业内国际顶尖杂志，获得国际同行认可。在国内及国际肿瘤早诊早治领域有着较强的影响力。

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