公元495年，印度僧人跋陀前来嵩山落迹传教，因而敕建少林寺。公无527年，印度高僧达摩到嵩山传授禅宗，面壁九年，*坐静**修禅，继而创动活身，遗有《诸导气诀》和《易筋经》、《洗髓经》传世，虽然称不上武术，但是为少林武术奠定了基础。隋末，少林寺武僧昙宗、志操、惠易等十三名僧协助李世民平定了王世充。唐初昙宗和尚被封为大将军，其他十二和尚因危时聊作将，事定复为僧，少林寺受到惠赐，拥有武艺高强的精兵五百多人，这样使将军练兵法，兵器带进了寺，开创了少林武术新时期，武以寺名，寺以武显，历代高僧大都法、武、医兼通，效国利民，名闻于世（《少林寺秘方集锦》），昙宗、惠易善于伤科医术，开创了少林武术伤科，少林伤科至明清得到大发展。 五代以后，中国佛教在衰微中延续。五代十国时期高僧福居特邀十八家武术家到少林寺演练三年，各取所长，汇集成《少林拳》，少林武术得到发殿，促进少林伤科发展。
这时著名僧医有福居、智广。智广（920年卒），精于伤科，尤熟谙人体经脉，善点穴治病，凡筋脉拘挛、跌破之类、损伤之类，皆以竹片为杖，捆其痛处，或兼施药液外搽，丸散内服，常获立愈的效果。
明代，明太祖出身僧侣。明代南倭寇侵扰，总制胡宗宪变用少林僧兵抵御外侵。抗倭名将俞大猷也曾到少林寺传授棍术，稳中有降显神通。少林月空和尚率僧兵赴东南抗倭，自备军中急救良药，如少林行军散、八珍丹，少林著名僧医有智正、智淳。智正收集明以前寺院有效秘方，编著了《少林寺秘方》，墨本秘不外传。明嘉靖二年（公元1523年），异远真人著《跌损妙方》问世，少林伤科的真传秘方为世人所知。
自北魏到明清，少林寺屡经敕建，遍布南北，数达十余座。明末清初，居福建少林传承僧人以寺为依托成为反清复明的秘密基地，屡遭清廷*压镇**，寺院落被焚烧，佛教洪门众徒四方逃散，从而分布大江南北，自立门户，广收徒弟，少林武术、伤科在民间发展。这时期伤科秘方著述传抄甚多，其法多宗少林伤科，师承各异有所发挥而分支。著名僧医有字宽、湛举、湛化、南洲、本园、了然、毛公、太双、梅亭等。湛举、湛化两位僧医进一步补充、完善整理少林寺伤科秘方为《少林跌打损伤秘方》，制成木刻版，藏于法堂，但后被焚。
少林药局