在金庸小说中，少林寺长期处于正道武林领袖的地位，但是在多本小说中对少林寺的描写其实颇黑，例如在倚天屠龙记中，三渡修禅数十年，却一身戾气，秉性怪异、暴躁至极，举手投足之间随意杀人（当然这个黑点新修版改了），在鹿鼎记和飞狐外传中，少林寺与清廷关系暧昧，可能是最早投靠大清的江湖门派，这个本号有旧文有介绍，有兴趣可以参阅：金书中明清易代之际投降清廷的门派有哪些？从鹿鼎记可窥知一二。当然，最黑的莫过于天龙八部中的少林寺，包不同曾讽刺是养私生子的风水宝地，而且如果扒细节的话，更是细思极恐，说是藏污纳垢也不过分。
间接引发武林浩劫的玄慈
玄慈和叶二娘那点破事还可以说是一时把持不住，但是却不加以善后，这问题可就大了，叶二娘一个农家女出身，一身武功从何而来？大概率是玄慈教的，叶二娘成为四大恶人后，恶名昭著，一天杀一个婴儿，作为少林方丈的玄慈怎么可能不知道，这场祸事本来也因他而起，然而却从来不加以制止，怕是担心自己做的丑事败露，睁一只眼闭一只眼吧。
玄慈和叶二娘
而杀害乔三槐夫妇的凶手，金庸一开始设想很可能是玄慈。在萧峰契丹人身份暴露后，一个又一个知情人相继被杀，由于后来揭晓真相——许多人是萧远山杀的，所以前面的萧峰被认作杀人，大家往往都当做阴差阳错处理了，实际上不是的，前文的剧情中，很明确的指向有人刻意地诬陷萧峰。这里看段原文：
乔峰受业于少林派，于四僧武功家数烂熟于胸，接连出掌，将四名僧人一一拍倒，说道：“得罪了！请问四位师父，你们说相救来迟，何以得知我爹娘身遭厄难？是谁将这音讯告知四位师父的？”
萧峰前往养父母的家，发现养父母被杀害，随后被少林寺撞个正着，这里完全不是巧合，是有一个未知的人通风报讯！这个报讯的人，还很会卡时间，如果时间早了，萧峰没来，无法被抓个正着，时间晚了，萧峰把父母掩埋后离去，也不好污蔑萧峰杀人。这个神秘的报信人到小说最后也没说是谁，如果设定是玄慈做的，自然由少林方丈告诉手下有人报信，让他们去确认也顺理成章，也只有玄慈可以安排让他的弟子何时去乔三槐家，正好抓个正着。此外，玄慈派去救援的僧人一个玄字辈都没有，压根就不想留住萧峰。而杀害乔三槐夫妇，玄慈也有着极大的动机，且看下面一段原文：
他见叶二娘扶着虚竹，正一步步走远，当即喝住，说道：“跟你生下这孩子是谁，你若不说，我可要说出来了。我在少林寺中隐伏三十年，什么事能逃得过我的眼去？你们在紫云洞中相会，他叫乔婆婆来给你接生，种种事，要我一五一十的当众说出来么？”
三个版本都有乔婆婆紫云洞为叶二娘接生的内容，这个乔婆婆极有可能是乔三槐的妻子（随夫姓，如归二娘），萧峰身世暴露后，玄慈怕乔三槐夫妇向萧峰透露当年的事情连带把他和叶二娘的丑事一并说了，于是一不做二不休把二老杀了灭口。
被抓个正着的萧峰
当然，这未免有点阴谋论，毕竟在金庸小说中，主角的父母是很少有坏人的（叶二娘、杨康除外），而如果玄慈是带头大哥，萧峰和虚竹之间会非常尴尬，剧情不好安排，所以舍弃了，但是玄慈当年的知己好友相继被杀，他却始终不站出来，是怎么也说不过去。
作为玄慈的好友，普渡寺的道清大师亦能一眼看出梅兰竹菊是不是处女，真是物以类聚啊。
中年出家，于人情世故十分通达，兼之性情慈祥，素喜与人为善，说道：“方丈师兄，这四位姑娘眉锁腰直、颈细背挺，显是守身如玉的处女，适才向国师出手，使的更是童贞功剑法，咱们学武之人一见便知。虚竹小师兄行为不检，容或有之，‘淫戒’二字，却是言重了。”
糜烂的基层
方丈如此“腐败”，天龙八部中的少林下层也颇为不堪，缘根这个管菜园子的和尚，官威极大，动不动责打犯了戒律的僧人，好像官老爷一样。看见虚竹来了后，态度前倨后恭，先是问虚竹犯了多少戒律，虚竹说了荤戒、酒戒、色戒后，缘根的态度是“又惊又喜”，惊讶自然这小和尚竟然犯事儿这么多，而喜，只怕是幸灾乐祸，觉得犯了这么多事儿，自己可以好好摆布他。
而随后又听说虚竹犯了杀戒，而且所杀不止一人，缘根立刻又客客气气的，害怕了起来，再之后虚竹说自己本门武功被全部废了，缘根以为虚竹没了武功就又牛起来了。后面缘根虐待虚竹的剧情，大家也都知道。
虚竹叹道：“小僧何敢在师兄面前撒谎？不但想过，而且犯 过淫戒。”缘根又惊又喜，戟指大骂：“你这小和尚忒也大胆，竟敢败坏我少林寺的清誉。除了淫戒，还犯 过什么？偷盗过没有？取过别人的财物没有？和人打过架、吵过嘴没有？”虚竹低头道：“小僧杀过人，而且杀了不止一人。”缘根大吃一惊，脸色大变，退了三步，听虚竹说杀过人，而且所杀的不止一人，登时心惊胆战，生怕他狂性发作动粗，自己多半不是敌手。
但其实还有两处细节，那就是缘根被灵鹫宫的四剑打了一顿后，对虚竹态度又恭敬起来，当时虚竹问怎么回事儿，缘根说他不能说，否则她就挖了我眼珠子，虚竹问是谁要挖你眼珠，方丈吗？戒律院首座吗？这问题就来了，虚竹为何第一时间想到方丈和戒律院首座？合着这俩是不是经常这么干？
虚竹伸手抓住他手腕，道：“是谁逼你自挖眼珠？”缘根满额是汗，颤抖道：“我……我不敢说，倘若说了，他……他们立即取我性命。”虚竹道：“是方丈么？”缘根道：“不是。”虚竹又问：“是达摩院首座？罗汉堂首座？戒律院首座？”缘根都说不是，并道：“师兄，我是不敢说的，只求求你饶恕了我。他们说，我想要保全这双眼珠子，只有求你亲口答应饶恕。”说着偷眼向旁一瞥。满脸都是惧色。
后面缘根又问虚竹要不要喝酒，要不要吃狗肉，看起来他是有门路的，他一个小小的管事都能弄到酒肉，那少林寺里位高权重的和尚呢？
