性别（日文︰せいべつ，英文︰Gender）是第二世代引入的要素，但在第一世代中尼多兰与尼多朗已经拥有性别（通过名字来区分）。
它是生蛋的基本要素。除超能妙喵的特殊情况以外，性别不对宝可梦的能力有任何影响。
宝可梦
固定性别
尼多兰与尼多朗
尼多兰与尼多朗本来被设定为同一种宝可梦的性别差异，但在第一世代没有性别系统，所以通过名字来显示性别，并被分给两个独立的编号。
在第二世代引入生蛋系统之后，尼多兰与尼多朗可以进行生蛋，但与一般的蛋与母亲种族相同的情况不一样，尼多兰或尼多朗家族与百变怪生蛋孵出的宝可梦有50%几率是尼多兰，50%几率是尼多朗。
尼多朗
尼多兰
尼多力诺
尼多娜
尼多王
尼多后
其他
与尼多兰与尼多朗相似，以下的宝可梦在同一行中也可以进行生蛋。
电萤虫
甜甜萤
绅士蛾
结草贵妇
非正式的配对
有些组合并非各自是单一性别，或是不能在生蛋系统上形成上述的性别配对效果。它们可能是不出现在同一世代的，或者是其他情况，只是因为在设定和形象上有所联系，被爱好者普遍视作配对。
肯泰罗
*奶大**罐
艾路雷朵
沙奈朵*
冰鬼护*
雪妖女
拉帝欧斯
拉帝亚斯
达克莱伊*
克雷色利亚
毛头小鹰
秃鹰丫头
勇士雄鹰
秃鹰娜
*可以为任意性别或无性别
无配对的单一性别宝可梦
有些宝可梦只有唯一的性别，并且没有看似可行的配对。
雄性 雌性
飞腿郎 吉利蛋
快拳郎 袋兽
无畏小子 迷唇姐
战舞郎 迷唇娃
投摔鬼 幸福蛋
打击鬼 蜂女王
龙卷云 小福蛋
龙卷云 百合根娃娃
土地云 裙儿小姐
花蓓蓓
花叶蒂
花洁夫人
焰后蜥
甜竹竹
甜舞妮
甜冷美后
性别差异
主页面：拥有性别差异的宝可梦列表
第四世代起，两只不同性别的同种宝可梦可能会在形态上出现微妙的不同。比如雄性的雷丘尾巴尖端的电光是锋利的，而雌性的则不是。
部分性别差异极大，甚至需要像形态差异一样分别有各自的绘图和形象数据空位。这样的宝可梦有：
高傲雉鸡
胖嘟嘟
轻飘飘
火炎狮
超能妙喵
超能妙喵
超能妙喵的差异比任何宝可梦都大，已经完全达到了形态差异的程度，不同性别的不仅特性不同，甚至升级学习招式也有区别。这使得不同性别的超能妙喵的对战方式截然不同，雄性更擅长影响，雌性更擅长进攻。
特性对比
超能妙喵
雄性
超能力
锐利目光 或 穿透
隐藏特性：恶作剧之心
超能妙喵
雌性
超能力
锐利目光 或 穿透
隐藏特性：好胜
性别差异进化
有些宝可梦只有在特定性别时才会进化：
只有奇鲁莉安 ♂可以进化为艾路雷朵。
只有雪童子 ♀可以进化为雪妖女。
结草儿 ♀在20级时会进化为结草贵妇，而结草儿 ♂会进化为绅士蛾。
三蜜蜂 ♀在21级时进化成蜂女王，三蜜蜂 ♂则不会进化。
夜盗火蜥 ♀在33级时进化成焰后蜥，夜盗火蜥 ♂则不会进化。
对战中
招式
迷人和诱惑只对性别与使用者不同的宝可梦有效，并且若使用者和目标中只要有一方为无性别，招式无效。
特性
斗争心、迷人之躯特性与性别有关。
有些宝可梦可能会因为外貌等原因被误以为只有单一性别，但实际上并非如此。这也可能遭到一些玩家的吐槽。
例如：沙奈朵、哥德小姐、长耳兔的外貌看起来较为偏向雌性；而怪力、修建老匠、铁掌力士则较为偏向雄性。
有些性别不明的宝可梦甚至也偏向单一性别，例如美洛耶塔、蒂安希、捷克罗姆、莱希拉姆等。