江西医学院的前身是创办于1921年的江西公立医学专门学校。1952年1月，改为江西省医学院。1953年6月，改称江西医学院。
1958年6月，与中国人民解放军第八军医学校合并。1969年，与江西中医学院正式合并为 “江西医科大学革命委员会”。1972年，江西中医学院脱离。
2005年8月，与南昌大学合并，冠名为南昌大学医学院。2014年，南昌大学实施医学教育管理体制改革，学院对内冠名为南昌大学医学部，对外冠名为南昌大学江西医学院。
01 江西公立医学专门学校
1921年，江西公立医学专门学校诞生。1924年前后，江西公立医学专门学校开始走上正常规范的办学道路。1925年春，教育部视学王家驹、洪逵视察，报教育部立案。1927年2月，公立医专改称中山大学医学部。
八一南昌起义以后，江西中山大学停办，医学部更名为江西省立医学专门学校，这之后，学校发展进入了长达十余年的斗争时期。
首先是同年8月18日，学校被要求暂时停止招生。此后数年，每年招生都要事先得到批准。1930年，南京政府教育部决定“废止专门学制，实行专科学制”，学校发展陷入停顿。但在全校师生*制抵**与社会各界支持下，学校于当年10月勉强恢复了上课，并于1931年恢复招生。
1931年8月，学校校名改为江西省立医学专门学校。1934年，教育部修改高等教育学制，采用医学院一级制，并下令省立医专停止招生。学生提出：改校名为省立医学院，同时革新校政，充实设备，添聘教师，推进学校的发展。
这一要求在学校、省教育厅及南京政府教育部都未能得到有效回应，学校反而在教育部要求下开除5名同学学籍。此举引起学生公愤，学生集体*课罢**，请准予改院和恢复5名同学的学籍。这场斗争持续了8个月，虽未达到预期目标，但当局不得不同意学校恢复招生。
1937年7月，国立中正医学院成立。教育部又一次下令“医专停止招生，逐年结束”。1937年年底，省立医专奉命由南昌迁往新喻县，照常上课开诊。1938年7月，因战事紧张，学校又迁至赣县。1939年6月，学校迁至南康县潭口镇，师生分别被安置在本镇廖家祠和附近民房内，附属医院分院设于赣县的旧镇台衙门。
1940年12月，学校迁回赣县，院址设于省立赣县乡村师范学校内，并于旧镇台衙门设附属医院门诊部。1941年4月，学校本部再迁赣县东门外川峰垇，校址设于盐局仓库。1945年1月，学校先迁于都葛垇，再迁宁都石上乡。
1945年下半年，抗战结束后学校陆续迁回南昌。当时南昌的旧校舍已荡然无存，只好暂借法院前小学为该院附属医院院址，另租民房为师生宿舍及教室。1946年6月间，学校重建工程基本完成。
1949年8月，江西省人民政府发布命令：“以原省立医专加以改造为基础，与原省立助产学校、省立护士学校合并为省立医专学校。”1951年1月，省卫生厅正式作出决定，医专的护士、助产、药剂三科分别独立建校，各校统归卫生厅领导。
1951年7月，江西省卫生厅呈请中南军政委员会卫生部，“将江西省立医学专科学校改为江西省立人民医学院”。1952年1月，江西省立医学专科学校正式更名为江西省医学院。1953年6月，中央人民政府卫生部正式批复，学校更名为“江西医学院”。
02 中国人民解放军第八军医学校
1952年11月24日，中南军区发布命令：“奉中央人民政府人民革命军事委员会11月5日命令，中南军区应组成两个军医中学，番号称‘中国人民解放军第八、九军医中学’……一、以原华南军区卫生学校为基础，与广西军区卫生学校、原第四十四军卫生干部训练队合编组成为第八军医中学（驻汉口）。……二、以河南军区卫生学校为基础，与中南军区后方勤务部卫生部药剂训练队合编组成为第九军医中学（驻长沙）。……”
1953年5月，中南军区后方勤务部卫生部药剂训练队由原决定编入第九军医中学改为第八军医中学。不久后，第四十二军卫生干部训练队编入第九军医中学，中南空军军医学校编入第八军医中学，江西省军区卫生学校并入第九军医中学。
1953年9月，中南军区发布命令，决定第八、九两军医中学合并，并撤销第九军医中学。1954年7月，第八军医中学由汉口迁至南昌。8月13日，中南军区决定第八军医中学进行整编，整编后改称为中国人民解放军第八军医学校。
03 江西医学院
1958年6月，卫生部、军委总后勤部联合发出的《关于交接医务学校、医院的决定》，第八军医学校被移交给江西省人民委员会接管，并与江西医学院合并。
1966年5月，学院*党**委成立了“*革文**办公室”。1968年11月，经省革委会批准，成立了“江西医科大学临时领导小组”，负责江西医学院与江西中医学院合并筹备工作。1969年5月，江西医学院与江西中医学院合并为“江西医科大学革命委员会”。
1970年2月，江西医大校址迁到吉安市郊区青原山区原康复医院和青原古寺。1971年9月，江西医科大学开始陆续迁回南昌原址。1972年11月，江西省革命委员会决定将江西医科大学改为江西医学院，江西中医学院重新独立。
2000年3月，抚州地区行政公署所属的江西医学院抚州分院（不含其附属医院）成建制并入江西医学院 。2005年8月，江西医学院与南昌大学合并，冠名为南昌大学医学院。2014年，南昌大学实施医学教育管理体制改革，学院对内冠名为南昌大学医学部，对外冠名为南昌大学江西医学院。
今天，近20年前的这次合并仍然是江西高教领域常被讨论的话题之一。