深圳南头的地名由来，一种说法是取“南山”和“沙头”的合称，因为历史上这里靠近海湾，曾形成由入海河道冲击而成的大沙滩。
南头成市颇为远古，也是深圳目前可考的最早有城建史的地区，亦是深圳、东莞、香港的文化起源中心。据史料记载，公元前110年，西汉在此设“番禺盐官”；三国时期吴末帝孙浩设“司盐都尉垒”，便是南头成市的开端。
东晋咸和六年（公元331年），设东官郡立宝安县，南头同时兼具东官郡城和宝安县城的职能。之后，东官郡治迁至安怀县。唐至德二年（757），宝安县改名东莞县，县治也迁到了到涌（今莞城）。随着海洋和边防政策反反复复，东官郡数次拆并、更名和废立，南头一度没入岁月的尘埃。
南头重新进入历史视野，已是明万历元年（1573年）的事了。当时，新皇即位，持续数十年的开海与禁海之争刚结束不久，被称为中国古代海洋贸易绝响的“隆庆开关” 方兴未艾。为顺应开放海禁的大形势，加强海防和海上贸易，新安县从东莞县析置独立，辖地包括今天香港全部、深圳大部及东莞小部分地区，县治就设在南头。
南头又称“九街”，皆因城内街巷纵横，闢有县前街、显宁街、永盈街、聚秀街、和阳街、迎恩街、五通街、牌楼街、新街等9条街道。600多年来，建筑有增减，格局一直变化不大。
2017年，“深港双城双年展”在南头举办，开启了南头古城从城中村到创艺小镇的蝶变之旅。
双年展秉承古城保护与重生的设计理念，梳理出一条将空间改造与展览植入高度融合的活化思路——以点状分布的建筑物与室外场地串联，重建匮乏的公共开放空间系统；以介入实施为导向，文化创艺活动为载体，由点及面渐进式激活古城复兴，被列为深圳的十大文化示范街区之一。