在单纯依赖药物已经不能解决问题的情况下，帕金森病患者可以考虑进行手术治疗。交大一附院陈伟副教授介绍：大量的临床研究表明帕金森手术治疗不应等到由于症状严重到让患者患者失去工作、失去日常生活自理能力、失去社交能力才考虑手术，因为这样就失去了最佳手术时机，不能最大程度从术中获益。最佳的手术治疗时机是药物治疗蜜月期后、出现异动症等副反应，就可以考虑进行手术治疗，一般在病情发展5-15年。
总之，帕金森病的手术治疗仅适用于那些经过经验丰富的神经内科/运动障碍病专科医生治疗，尽管在充分、有效的药物治疗下，患者的运动功能障碍仍影响日常生活或工作。具体原则为：药物“关”期每天累计超过2小时或异动时间每天累计超过2小时，每天服用左旋多巴在5次以上，在包括左旋多巴、受体激动剂、COMT*制剂抑**等多种药物联合治疗下，患者仍有以下一种或多种情形者应考虑手术治疗。
（1）药物的症状控制效果不能持续完整一天；
（2）出现药物引起的异动症、剂末现象并妨碍运动功能；
（3）可预期的或不可预期的运动波动；
（4）药物不能完全控制的振颤；
（5）药物不能完全控制的肌张力障碍；
（6）病人的日常活动如工作、娱乐、家务等受到很大影响。
手术治疗帕金森病的实施：
帕金森病的手术应在具有一定条件的医院开展，包括拥有磁共振、精确的立体定向系统、术中电生理监护系统等医疗设备，手术团队包括经验丰富的神经内科、神经外科、精神心理科及康复科等专家。
术前评估在帕金森病手术治疗中显得尤其重要，有时甚至能决定手术能否成功。术前评估应由受过运动障碍病专科训练的神经内外科医生及心理科医生完成，以判断患者是否适合手术以及预测手术疗效。患者在术前3-7天，分别评估药物“开”期和“关”期的运动及其他功能状况。对于怀疑有认知功能障碍的病人，术前应评估患者的智力、记忆、理解、判断及操作功能。
术前两周停用所有抗凝血制剂以减少术中出血，控制患者高血压、糖尿病等症状。
脑深部电刺激治疗（DBS）
DBS近年来已全面替代毁损手术用于治疗帕金森病，可以说除了治疗成本过高的缺陷，DBS其他各方面均优于毁损手术，具体体现在：对脑组织非破坏性影响；可调节；副作用可逆；可重复开-关，以利精确评估治疗效果；双侧手术安全。
理想的脑深部电刺激可能达到下列效果：
（1）在电刺激状态下，患者关期的运动功能类似术前“开”期的最佳状态;
（2）“关”期减少；
（3）异动及运动波动减少；
（4）主要的帕金森病运动症状改善；
（5）“开”期可以改善的语言障碍DBS术后可获改善；
（6）轻度的姿势不稳可以改善，但严重平衡障碍难以改善。