医学信息的复杂性、不稳定性、隐私性等因素导致医院信息系统处理的对象既有结构化数据，也有结构化或非结构化数据。有些数据及结构会较多地受到人工干预和社会因素的影响，其中既有静态的影响，也有动态的影响，使得医院信息系统有着一般管理信息系统没有的特征。
1、医学信息的复杂性
患者信息是以多种数据类型表达出来的，不仅有文字数据类型，还经常用到图形、图表、影像等数据类型。这些数据类型的多样性使得医生和护士需要具备较高的专业知识和技能来解读和理解这些信息，以便为患者提供准确的诊断和治疗方案。
2、医学信息的安全性、保密性要求高
《中华人民共和国民法典》第一千二百二十六条规定：“医疗机构及其医务人员应当对患者的隐私和个人信息保密。泄露患者的隐私和个人信息，或者未经患者同意公开其病历资料的，应当承担侵权责任。”患者的医疗记录是具有法律效力的文书，它不仅在医疗纠纷案件中，还在许多其他相关事件的法律程序中发挥证据作用。因其涉及患者的隐私，有关人事的、财务的乃至患者的医疗信息均有严格的保密性要求。这就要求医院信息系统具备强大的安全保障功能，以防止数据泄露和非法访问。
3、医院信息系统中需要处理的数据量大
医院信息系统最初处理的数据量并不是很大，但随着医学技术的持续发展，包括检查、检验手段的进步，临床数据呈爆炸式增长。从这些角度分析，一个三甲医院每年有几百万人次的门诊量和超过十万人次的住院量，历年数据量累积就会达到PB级(PB指petabyte，是较高级的数据存储容量单位，它在数值上约等于 1024TB)。从横向看，医院大数据的研究对象是人，由于人的复杂性和诊疗的多样性，导致复杂的数据结构和数据类型的多样性，其中包括结构化数据、半结构化数据和非结构化数据。在医疗数据处理中，很多都是对非结构化数据进行处理，如病历检索、影像识别等。对大量的非结构化数据进行特征提取和识别处理，难度非常大。
4、 医院信息系统开发难度高，技术复杂，周期较长。
迄今为止，医院信息系统是企业级信息系统中最复杂的一类，这是由医院本身的目标、任务和性质决定的。医院信息系统不仅同其他所有管理信息系统一样追踪伴随人流、财流、物流产生的管理信息，还要支持以患者医疗记录为中心的整个医疗、教学和科研活动。在许多情况下，它需要具备迅速的响应速度和联机事务处理能力。当急诊患者入院抢救时，医院信息系统可以迅速、及时、准确地获取他们的既往病史和医疗记录，其重要性是显而易见的。
5、医院信息系统与医疗安全息息相关
医疗安全主要涉及过度医疗、医疗服务不足、医疗差错三个方面。为了把医疗安全工作做好，除了推行各种先进管理理念，建立医院信息系统，利用大数据进行精细化管理外，利用卫生信息技术评估医疗安全也是必不可少的。通过对医疗数据的收集、分析和挖掘，可以帮助医院发现潜在的安全隐患，制定针对性的改进措施，从而提高医疗服务质量和患者满意度。