1953年川北军区机关、旅顺潜艇学习队合并组建第四海军学校。
1954年迁入路名为湛流干路23号，以前曾是高尔夫球场。
1956年招收了第一批高中毕业生。
1957年第四海军学校更名为海军潜水艇学校。
1960年潜水艇学校(水兵训练团)升格潜水艇士兵学校。
1969年潜水艇士兵学校撤销,改建为解放军海军五七劳动学校。
1973年海军潜水艇学校、潜水艇士兵学校复校并合并组建海军潜艇学校。
1983年海军潜艇学校升格为海军潜艇学院。
1987年，经总部批准开始招收硕士研究生。
1990年，经国务院学位委员会批准为硕士学位授权单位
1999年，经*队军**学位委员会授权在“作战指挥学”学科开展在职人员以同等学历申请硕士学位工作。
2003年，经国务院学位委员会批准，潜艇学院招收博士研究生，2004年开始招生。
2015年10月，潜艇学院搬入位于青岛市金水路1号的新院区办学，各项基础设施以集群、齐备、精良而成为全军一流。
