在一九二九年，爱国实业家玉慧观先生深感我国科学技术的落后，导致国药遭到了自然的淘汰，因此他立志改善国药品质，高举“科学提炼，改良国药”的旗帜。他以源远流长的佛教文化为载体，秉持“我佛慈悲，药物可普救众生”的愿望，取佛光普照之意，命名了“佛慈”厂名和“佛光”商标，创立了“上海佛慈大药厂”。
在工艺方面，佛慈大药厂采取提取中药材的有效成分，通过浓缩精制的方法，首创了中药浓缩丸剂型，开创了中药生产工业化的先河。这种创新的生产方式，使得中药更加高效、安全、便捷，为中药的现代化进程迈出了重要的一步。
到了民国二十五年，“佛光”牌产品已经漂洋过海，出口到了东南亚地区。由于选材地道、工艺精良、疗效确切、服用方便，这些产品深受海内外华人的欢迎。据史料记载，自发行以来，这些产品一直受到用户的赞誉，风靡各地，供不应求。佛慈制药也以发展民族工业的执着精神闻名于上海，企业声誉迅速增长。
1941年，由于上海的沦陷，位于重庆江南区海棠溪的“重庆佛慈药厂”得以创建。
1945年8月，随着抗日战争的胜利，佛慈大药厂和总发行所经历曲折后被收回。
1946年5月，上海佛慈药厂恢复生产，总发行所开始营业，与重庆佛慈药厂形成了遥相对应的局面。
1949年，上海解放后，香港分行开始独立经营。
1953年，佛慈成功创制了无色素当归浸膏片，并将其载入《上海市医药产品规范》，使上海佛慈大药厂的产品工艺取得了巨大的成就。
1955年11月，上海市的制药工业开始实行全行业的公私合营。
为了支持大西北的建设，1956年，公司迁至甘肃兰州，这座素有中药天然宝库美誉的地方。同年9月6日，在兰州正式投入生产，企业更名为“兰州佛慈制药厂”，商标继续沿用“佛光”。隶属于兰州市工业局，出口业务仍然由上海市土畜产进出口公司经营，出口产品沿用上海佛慈大药厂的厂名。
到了1966年，“兰州佛慈制药厂”被更名为“东风制药厂”、“兰州中药制药厂”，而“佛光”商标被当作“四旧”破除，改为“岷山”商标。
1978年国家医药管理总局成立后，佛慈制药厂被列为全国19个重点中药厂之一。
兰州佛慈制药厂于1981年6月恢复使用其原名。1983年，成为国家2000个大中型骨干企业之一。为进一步发展业务，1987年兰州市中药研究所应运而生。公司也不断拓展其业务范围，于1991年获得自营出口权，并首次独立经营中成药出口业务，并增加了中药浓缩粉品种，使其产品线更加丰富。
1992年2月28日，中美合资的南北药业公司正式成立，成为甘肃省医药系统中首家合资企业。
1993年，与美国美威行贸易公司展开全面合作，共同创建了中美合资的兰州佛慈制药有限公司。
1996年，兰州佛慈制药有限公司的GMP制剂车间竣工并投入生产。
1997年，佛慈浓缩丸系列中成药经过评审，被认定为“陇货精品”。
1999年，兰州佛慈制药有限公司成功通过中国国家药品监督管理局的GMP认证。
2002年，甘肃省出现第一条以企业名称命名的大街——“佛慈大街”。
2006年，兰州佛慈制药有限公司被国家商务部评定为首批“中华老字号”企业。
2010年，“佛慈”注册商标被国家工商总局认定为中国驰名商标。同时，兰州佛慈制药有限公司被国家科技部评为“国家火炬计划重点高新技术企业”。
2011年8月，甘肃省科技厅批准立项建设“甘肃省现代中药制剂工程技术研究中心”，该中心以佛慈制药为依托单位。
2011年12月22日，佛慈制药股票在深圳证券交易所公开发行上市。
2013年，根据兰州市人民政府的统一规划安排，启动实施“出城入园”搬迁改造，在兰州新区建设“兰州新区佛慈制药科技工业园”项目。
2013年，全资子公司——兰州佛慈健康产业公司成立，主要从事大健康产品的研发、生产和销售。
2014年，佛慈制药被列入国家商务部和国家中医药管理局联合发布的首批“中医药服务贸易先行先试骨干企业（机构）名录”，是首批入选的 19 家企业（机构）之一。
2015 年 7 月 2 日，兰州佛慈制药股份有限公司被甘肃省国防动员委员会正式授牌建立甘肃省药品及医疗器械动员中心。
2016年6月，公司在定西市渭源县工业集中区渭源工业园投资建设甘肃佛慈天然药物产业园项目，项目实施主体为甘肃佛慈药源产业发展有限公司。
2016年6月，佛慈制药承担了国家中药标准化项目中的当归、黄芪、甘草、大黄、秦艽、羌活等中药饮片的标准化课题。
2016年8月8日，兰州新区佛慈制药科技工业园一期项目主体全面封顶。
2017年，兰州佛慈养生堂在兰州南滨河路正式开业，这是佛慈制药在兰州打造的首家中医养生堂。
2017年，佛慈制药的产品成功在巴西注册，成为中国中成药进入巴西市场的先行者。
2018年，兰州新区佛慈制药科技工业园开始投入生产。
2019年，兰州慈清食品有限公司成立，这是一家由甘肃佛慈生态农业发展有限公司旗下的国有独资公司，主要专注于西北特色农产品的研发和生产。特别是祁连雪山自有富硒农场的大麦嫩叶，通过真空冻干工艺制作而成大麦若叶青汁。
佛慈制药的主要产品以高品质原料、精湛工艺和卓越品质著称，重点覆盖抗生素、治疗胃肠系统疾病、妇科、儿科疾病及益补类药品领域，现有342个产品品种。这些产品因其显著的疗效和可靠的品质，赢得了消费者的信任和推崇。特别是佛慈牌浓缩丸系列中成药，被公认为中国中药名品，不仅在国内市场行销，还出口至美国、加拿大、日本、新加坡、印尼、泰国、马来西亚、德国、荷兰、新西兰、澳大利亚等27个国家和地区。佛慈制药是中国中药出口历史最早、出口品种最多的企业之一。