蒙元帝国（1206～1634）的历史可以分为四个历史时期：①蒙古汗国时期：1206～1271；②元朝时期：1271～1368；④北元时期：1368～1452；⑤后元朝时期：1453～1634。这里主要说说蒙古汗国时期和元朝时期的情况好了，1368年以后统治中国的主要是明朝，北元和北元灭亡后的蒙古各部只能算中国北方的边疆游牧民族政权。
下面再说说公元1206年至公元1368年东南亚地区的基本情况。一般在地理上把东南亚划分成两大区域：一个是海岛东南亚地区，即马来群岛（Malay Archipelago）的亚洲部分（不包括大洋洲的新几内亚岛、所罗门群岛、波利尼西亚群岛等地）；另一个是大陆东南亚地区，也就是我们常说的“中南半岛”（IndoChina Peninsula）。当然，单纯从地理学的角度来看，印度的安达曼群岛应该算东南亚的一部分，中国海南省属于东南亚马来群岛的一部分，云南省西双版纳傣族自治州可以视作中南半岛的一部分。所以现在说的“东南亚”也包括今天印度的安达曼以及中国的海南和西双版纳。
中南半岛：
元朝时期中南半岛上最强大的帝国是高棉帝国吴哥王朝（Angkorian Period，827～1237）。元朝时期伟大的地理学家周达观曾经出访高棉帝国，回国后写成《真腊风土记》一书。据《真腊风土记》记载，当时吴哥王朝的都城吴哥（今天柬埔寨吴哥窟）十分繁盛，面积超过40平方公里，人口数十万，是当时东南亚最大的城市。不夸张地说，同时期欧洲没有任何一个城市有如此巨大的规模。高棉帝国疆域西北到今天缅甸南部安达曼海沿岸，东包今越南湄公河三角洲，西南到马来半岛，北达今泰国北部和老挝中部地区。下面的这幅地图不是很精确，大家可以看看：
在缅甸那边蒲甘王朝（ Pagan Dynasty，849～1369）在1277年、1287年两次遭到元朝的侵略，最终成为元朝的藩属国，元朝甚至在缅甸设立了缅中行省，行省的最高长官平章政事由缅甸蒲甘王朝国王兼任。此后，缅甸进入了一个漫长的分裂时期或者叫“战国时代”（1287～1552）。1364年统治缅甸北部的阿瓦王朝（Ava Dynasty，1364～1555）建立，取代了蒲甘王朝。此后阿瓦王朝、勃固王朝（ Bago Dynasty，1369～1552）、阿拉干王朝（Arakan Dynasty ，1433～1824）及稍后建立的东吁王朝（Taungoo Dynasty，1531～1752）相互混战，最终东吁王朝的第三代王莽应龙（Bayinnaung，1516～1581）于1551年灭阿瓦王朝，1552年灭勃固王朝，并迫使阿拉干王朝在名义上臣服，完成了缅甸的再次统一。过去受西方学者和泰国“泛泰主义”（又称“大泰族主义”）的误导，一般认为阿瓦王朝是掸族（Shan，即中国的傣族）建立的王朝，其实史料中根本没有提到阿瓦王朝和掸族有关系。这里有一幅地图，基本上准确反映了明朝前期中南半岛的情况：
元朝时期，原本生活在今天中国云南省东南部文山州和广西壮族自治区西北部百色市一带的泰族（Thai）向西南方向迁徙进入中南半岛。这里说的“泰族”包括今天泰国（主体民族）、越南、柬埔寨的泰族、老挝（主体民族）的老族（Lao）、缅甸的掸族、中国西南云南省的傣族（Dai）、印度东北部阿萨姆邦的阿洪姆人(Ahoms)，他们的语言属于汉藏语系侗泰语族泰（傣）语支，被元朝统治者称为“金齿摆夷”。泰族人先随着蒙元帝国向东南亚的扩张逐步渗透到中南半岛北部（今中国西双版纳和老挝丰沙里），随后排挤了高棉人在陆真腊地区（主要在今老挝中部）的势力，建立了很多国家。
其中影响较大的有统治今天云南省西南部西双版纳傣族自治州、普洱市、临沧市和老挝丰沙里、越南奠边府部分地区的景昽金殿国（1180～1949，中国史书上叫“勐泐国”），统治今天泰国北部南奔府和清迈一带的兰那泰王国 （Kingdom of Lannathai，1292～1558，中国史书上叫“八百媳妇国”），统治今泰国大部分地区和老挝中部、缅甸南部部分地区的素可泰王国（Sukhothai Kingdom，1249～1438，中国史书上叫“暹国”）。公元1350年，乌通王拉玛铁波底（该国王生卒年均不详）创建了阿瑜陀耶王朝（ Ayutthaya Period，1350～1767，又译“大城王朝”），这标志着泰国（暹罗）历史的开端。公元1353年，法昂王（Fa Ngum，1316～1393）建立了澜沧王朝（The Khun Lo Dynasty，1353～1693），这是老挝历史的开端。
在蒙古帝国的扩张中，遭到了安南（越南）陈朝（1225～1400）的顽强抵抗。公元1224年，越南史上唯一的女皇帝李天馨（1218～1278）继位，次年她就退位，将王位让给丈夫陈日煚（1218～1277），终结了后李朝（1009～1225）。公元1253年，蒙古帝国大军攻灭中国云南一带的大理段氏王朝［937～1253，包括高升泰“大中”王朝（1095～1096）］，在1257年又派大将兀良合台（1201～1272）率领大军入侵安南，占领安南都城升龙（今越南首都河内），在1258年陈朝宣布投降后退出。后来，元朝于1284～1285年、1286～1288年两次入侵安南，均遭受惨败，最后被迫放弃了征服安南的计划。但击败蒙元侵略后的安南陈朝政治日益腐败，君主大多数荒淫无道，公元1400年被短暂的胡朝（1400～1407）所取代。
元朝时期，今天越南南部（大致在湄公河三角洲以北、北纬14°以南，以今天胡志明市为中心）还存在一个占婆国（Champa Kingdom，192～1697）。占婆王国是南岛语系民族（广义上的马来人）在中南半岛建立的一个古国。1282年，元世祖忽必烈（1215～1294）设置占城行省，并且在1283～1284年派大军入侵占婆，一度攻占占婆都城因陀罗补罗（Indrapura，今越南广南省升平县境内），随后因对安南作战而退出占婆国境内。
马来群岛：
蒙元帝国时期，马来群岛主要的居民是广义“马来人”（Malay），即南岛语系（Austronesian language family）诸民族。南岛语系民族分布范围十分辽阔，大致以海岛东南亚地区为中心，东北到夏威夷群岛（今天美国夏威夷州），东到南美洲复活节岛，东南到今天澳大利亚的塔斯马尼亚岛和新西兰的北岛，北到今天中国台湾岛，西南到非洲东南部马达加斯加岛的东部。元朝时期，他们大部分还处于原始社会时代，但在一定程度上受到古印度文明影响，很多地方接受了印度教或南传上座部佛教。
海南岛在元朝之前是南宋（1127～1276或1279）的疆域。公元1276年，元朝*队军**占领临安府（今浙江省杭州市），南宋政权灭亡。1278～1281年，元朝派大将阿里海牙（1227～1286）出征海南岛，逐渐控制了海南岛。至元三十年(1293)，元朝置海北海南道肃政廉访司，隶属于湖广行省。海南岛上的黎族和一些南岛语系民族逐渐臣服于元朝统治。
在元朝时期，海岛东南亚地区主要的国家是室利佛逝帝国（Śrivijaya Empire，647～1470）。室利佛逝帝国在中国史书中又被翻译成“三佛齐”，它主要的疆域在今天印度尼西亚西部的苏门答腊岛，强盛时期也曾经控制马六甲海峡并且扩张到海峡北岸的马来半岛，后期萎缩到苏门答腊岛、爪哇岛西部、加里曼丹岛西部、今新加坡和马来西亚柔佛州。室利佛逝最神秘的地方就在于它的国教是大乘佛教，在东南亚地区几乎是南传上座部佛教汪洋大海中的孤岛。
这一时期，爪哇岛上出现了新柯沙里王国（Singhasari Kingdom，1222～1292）。1289年，新柯沙里杀害了元朝使臣，对于蒙古人来说，杀害使臣是不可饶恕的罪过。1292年，元朝皇帝忽必烈派海军从中国出发、越过赤道远征爪哇岛，灭亡了新柯沙里王国。投靠元军的罗登·韦查耶（Raden Wijaya）在利用元军消灭其仇敌后反戈一击，将元军赶回中国，建立了满者伯夷帝国（Majapahit Empire，1290～1518）。满者伯夷帝国在极盛时期，疆域以爪哇岛和巴厘岛为中心，包括苏门答腊岛、加里曼丹岛沿海地区、苏拉威西岛、帝汶岛、新几内亚岛西北角鸟头半岛及马来半岛大部分地区，地跨亚洲和大洋洲，是当时东南亚的海上霸主。如果算上名义上臣属地区，则满者伯夷帝国疆域包括今印度尼西亚全境、东帝汶全境、巴布亚新几内亚全境、所罗门群岛西部边缘、文莱达鲁萨国、马来西亚绝大部分地区、新加坡、菲律宾群岛南部的苏禄群岛和印度安达曼群岛南部。满者伯夷宗教信仰是多元的，印度教、佛教在这里长期共存，后期的满者伯夷逐渐受到伊斯兰教影响。
满者伯夷帝国疆域如图所示
现在说说元朝为什么没有兼并东南亚？横扫欧亚大陆的蒙元帝国没能兼并东南亚地区主要有5个原因：
1、蒙古帝国*队军**不擅长在热带作战：蒙古族是一个游牧民族，他们来自亚洲东北部的蒙古高原。今天蒙古高原的气候类型主要是温带沙漠气候、温带草原气候和亚寒带针叶林气候（寒温带大陆性气候），但蒙古帝国时期地球正处于一个寒冷期，全球年平均气温比今天大约低2℃～3℃，所以当时蒙古高原大部分地区应该是亚寒带针叶林气候。来自亚寒带地区的蒙古人可以依靠骑兵的优势征服同样气候寒冷的西伯利亚地区和俄罗斯，但无法适应热带地区酷热的气候。成吉思汗（1162～1227）西征印度到印度河流域就因为无法忍受酷热而班师，蒙哥汗（1209～1259）在四川（今天合州属于重庆市）遭受失败很大程度上也是因为夏季四川盆地气候酷热导致蒙古骑兵战斗力严重下降。
在1260年阿音札鲁特战役(Battle of Ain Jalut）中，蒙古人的*队军**惨败于埃及马穆鲁克王朝（Mamluk Sultanate of Egypt，1250～1517）手中，一个很重要的原因也是他们不擅长在巴勒斯坦这种酷暑难耐的地方作战。东南亚除了一些高海拔地区属于高原山地气候外，大部分地区均属于赤道多雨气候（热带雨林气候）和热带季风气候，终年湿热。在这种年平均气温27℃以上的地方，蒙古骑兵的优势根本发挥不出来。
2、远征东南亚成本太高：元朝在入主中国之后，还是需要更多地考虑战争成本问题。在蒙古汗国时期，作为游牧民族政权的蒙古汗国战争成本很低，骑兵靠携带干粮作战，补给基本上依靠掠夺。但在逐渐完成对中国的统一后，大元帝国统治者不得不考虑中原人民承受能力，一味穷兵黩武必然导致民怨沸腾，而蒙古人在当时是一个人口极少（进入中原的蒙古人甚至有可能不到100万人）的少数民族，面对人口7000多万（元朝极盛时期中国人口在1亿以上）的主体民族，他们不可能像过去对待被征服民族那样任意剥削。东南亚地区虽然自然资源丰富，物产富饶，而且水热条件极佳可以实现一年三熟，但是中古时代这些地方很多都是尚未开发、人烟稀少的热带雨林和热带季雨林，各种热带病在东南亚地区流行。这种“烟瘴之地”在古代中国人看来是不值得为它去大动干戈的，即使打下来也得不偿失。
3、东南亚人民的顽强抵抗粉碎了蒙元侵略者的野心：这里还是要站在相对客观公正的立场上说，是东南亚各国人民反抗侵略、捍卫民族独立的正义斗争击败了不可一世的蒙古帝国。如前所述，忽必烈时期（1271～1294）元帝国向东南亚进行了大规模的扩张行动，先后侵略过缅甸、安南、占婆、新柯沙里，甚至还征服了缅甸蒲甘王朝，灭亡了新柯沙里王国，将今天的海南岛、西双版纳、缅甸大部、老挝大部、泰国北部纳入了版图。不过蒙元帝国在东南亚的侵略扩张没有一处不遭受当地人民的英勇抵抗，没有一次战争不付出惨重代价。抛开民族和国家立场来看，东南亚各族人民反抗元朝征服的战争是正义的，他们敢于用生命作为代价和侵略者抗争的精神也是值得尊敬的。元朝对东南亚各国进行的战争是非正义战争，得不到当地人民的支持，要取得胜利难度不小。
4、东南亚地区远离元朝统治中心，难以有效控制：元朝的都城是元大都（今北京市），另外元朝还有一个元上都（今内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗境内）作为夏都。元朝是中国历史上仅有的进入了中原内地却不汉化的北族王朝，它实行*轨双**制（忽必烈在《即位诏书》中公开宣称自己是“祖述变通”），同时拥有中原东北部（今北京一带）和蒙古草原两个中心。元朝虽然疆域辽阔，但是其政治中心在今天中国东北部长城内外，是一个地地道道的东北亚国家。对于一个东北亚国家来说，东南亚地理位置过于遥远，在中古时代没有汽车、火车、飞机、交通不便的情况下很难对远方发生的情况作出及时反应。元朝虽然征服了缅甸，把兰那泰王国和素可泰王国变成了中国的藩属国，名义上成为了中南半岛所有国家的宗主国，但是中南半岛地处87°E～115°E、3°N～25°N之间，远在中国西南方向。在大都的元朝皇帝，很难对西南边发生的情况作出准确的判断和及时的反应。1293年忽必烈派*队军**远征南半球的爪哇岛更是毫无成功的可能性，因为元军在远离中国大陆的爪哇岛完全是孤军奋战，得不到来自内地的任何援助。
5、东南亚民族和宗教情况复杂，不容易统治：如前所述，元朝时期东南亚主要民族有越族（在当代中国叫“京族”）、缅族（同当代中国阿昌族有关系）、泰族（在当代中国叫“傣族”）、高棉族（同当代中国佤族是*亲近**），还有广义的“马来人”（在现在中国大陆叫“高山族”）。另外东南亚还是各种宗教汇集的地方，在当时就有印度教、佛教（分为大乘佛教和南传上座部佛教）、道教等众多宗教势力，还有好几百种原始宗教。总之，东南亚地区民族和宗教情况太复杂，对于元朝征服这些地方十分不利，即使征服了也很难控制。元朝时期东南亚有些民族甚至是以元朝属民或者同盟者的身份南下迁徙过去的，比如说泰族。元成宗（1265～1307）统治时期（1294～1307）曾经征讨过今天泰国清迈一带的八百媳妇国（兰那泰王国），结果大军不仅没有到达八百媳妇，反而引发了贵州少数民族的一场叛乱。连中国西南地区（按说贵州甚至连云南和广西那样的边疆都不是）都搞不定，元朝又如何敢轻易去趟东南亚那种民族和宗教异常多元的地方的浑水？