《女王的柯基》讲述了两只狗狗的宫斗。深夜，它们偷偷溜出皇宫，穿过一道道障碍，最终来到了公园大桥上。在这里，查理让雷克斯继续前进，但雷克斯内心却犹豫不决。他长期生活在皇宫里，过着无忧无虑的生活。这次突然离开，他感到无法适应外面的危险环境。他告诉查理，他想回到皇宫。查理趁机骗他说他永远回不去了，因为他将取代雷克斯成为新的皇家首席犬，并得到大家的爱戴。这让雷克斯恍然大悟。原来，这一切都是查理的阴谋。趁雷克斯不注意，查理直接将他带到桥边。雷克斯摔进了冰河里。查理打算斩草除根，他扔了一块石头到冰面上，然后走了。冰面破裂，雷克斯掉进了水里。雷克斯拼命挣扎，但最终被一名人类救起，并送进了宠物收容所接受治疗。第二天，女王发现雷克斯不见了，非常担心。她派出所有英国护卫犬寻找雷克斯，但仍未找到。这时，查理用番茄酱制造了雷克斯遇难的现场，让大家以为雷克斯已经遭遇意外。他将首席犬的项链丢在地上，让女王以为雷克斯已经去世了。看到这一幕，女王非常难过。她决定让查理成为新任的皇家首席犬。
查理确实很有心计。雷克斯被关进了一个小屋里，认识了流浪狗杰克。通过与杰克的接触，雷克斯意识到他一直生活在养尊处优的皇家，实际上能力不如外面的狗狗。于是，他虚心向杰克学习，准备充实自己。收容所里有很多狗狗，雷克斯很快就结识了警犬琳达，琳达美丽聪明，让雷克斯很着迷。在狗狗们举办的舞会上，雷克斯凭借自己的才艺展示成功地吸引了琳达的注意。收容所里还有一只恶犬卢老大和大黑，它们经常欺负其他狗狗。雷克斯站出来，号召大家团结一致，反抗大黑的*力暴**行为。最后，大家齐心协力，将大黑狠狠地修理了一顿。雷克斯在狗狗们心中的形象也大大提升，成为了他们的领袖。当狗狗们得知雷克斯的真实身份后，他们决定帮助雷克斯重返皇家，回到女王身边。
