作品设定在一个忍者的世界，故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，四代火影为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有伊鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有变得扭曲，他总是干劲十足、非常乐观。为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的伙伴们，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。那么，看完火影忍者最后的结局,你最遗憾的是什么?
自来也之死
自来也得知“晓”首领佩恩及成员小南的真正身份，原来是自己第二次忍界大战末期在雨忍村所收的徒弟。从前大蛤蟆仙人亦曾对自来也预言他会收一个独当一面的孩子为徒，而这孩子会为忍界未来带来空前的和平或毁灭，总会一天他就被迫要作出“选择”他的选择会将世界引向和平或者毁灭。初时自来也以为眼前的佩恩，就是预言中的变革者，作出“选择”的时刻也已经到了。故一场师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，召来两位蛤蟆仙人(深作及志麻大人)相助，成功打败了佩恩三道，但因之后自身大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而亡。
宁次之死
第四次忍界大战时期，宁次与雏田被分配到第二部队，作为近战联合分队的成员。宁次连番作战，因过度使用白眼加上多处受伤，才刚和犬冢牙离开前线没多久便因为体力不支而昏倒。牙劝说宁次回到医疗部接受治疗，但宁次仍固执留在战场上，却因为体力处于极度虚弱的状况，开始连牙和赤丸都无法分辨清楚。与此同时，由于包含宁次在内的许多忍者先前在战斗过程中被白绝分身包覆过身体、吸收部份查克拉的缘故，使得各个战场以及医疗部队中到处充斥着白绝分身伪装成的忍者联军成员。其中一只白绝分身变成宁次，装伤混入医疗部中，*杀暗**许多医疗人员，但最后被樱识破并击败。
宇智波带土复活了十尾后，宁次等忍者联军成员来到战场支援鸣人等人。最终，漫画614话/动画584话，宁次为了保护鸣人和雏田，来不及使用回天的他以自己的身体抵挡十尾的扦插之术后伤重而死，额头上终身束缚的分家咒印亦消失。
