幽灵船长在遥远的东海之滨有一个名为珊瑚岛的小渔村，传说每到夜深人静时海面上会出现一艘神秘的幽灵船。它的船长是一位不见真容的幽灵船长，每当他的船出现必定伴随着狂风巨浪，渔村里的渔民们都对此深感恐惧。
有一天珊瑚岛的一位年轻渔民阿海在捕鱼时不慎落入了汹涌的大海之中，就在他即将绝望之际那艘神秘的幽灵船突然出现在了他的眼前，幽灵船长伸出了手将他救上了船。
阿海醒来后发现自己身处一个装饰华丽的船舱之中，幽灵船长就坐在他的对面，虽然面容依旧模糊，但他的声音却异常柔和。年轻人，你为何如此冒失？海上的风浪不是你能轻易驾驭的。
阿海心中既惊又奇，他壮着胆子问船长：您为何能在这狂风巨浪中自如航行？您是不是有什么秘密？幽灵船长微微一笑说：我有一把神奇的船帆，它能在任何天气下都保持平稳，但你必须答应我一个条件，我才能将它送给你。
阿海急切地问什么条件？幽灵船长缓缓地说：你必须用这把船帆帮助那些像我一样迷失在海上的人。阿海毫不犹豫地答应了，幽灵船长便带着他来到了船头，那里挂着一面破旧不堪的船帆。但当阿海触摸到它时，船帆突然变得崭新而光滑，仿佛有了生命一般。
阿海带着神奇的船帆回到了珊瑚岛，从此无论遇到怎样的风浪，他都能驾船自如，而且每次出海都能满载而归。但他并没有忘记自己的承诺，每当遇到落海的渔民他都会伸出援手。
然而好景不长，有一天阿海遇到了一个贪婪的商人，他企图抢走阿海的神奇船帆，在一场激烈的争斗中船帆被商人夺走，阿海心急如焚，他知道如果船帆落入恶人之手必将带来灾难，于是阿海决定去追寻商人夺回船帆。
经过一番周折，他终于找到了商人，但此时商人已经驾驶着一艘巨大的帆船准备利用船帆的力量横行海上。阿海不顾一切地跳上了商人的船与他展开了生死搏斗。在激烈的战斗中商人失足落入海中，而神奇的船帆则重新回到了阿海的手中。
阿海带着船帆返回了珊瑚岛，从此更加珍惜这份神奇的力量，它用它帮助了更多的人，也让珊瑚岛的渔民们过上了更加安宁的生活。而那艘幽灵船和神秘的幽灵船长也再也没有在珊瑚岛的海面上出现过。
但每当夜幕降临，海风轻拂时人们仿佛还能听到那悠扬的船歌声，仿佛是幽灵船长在遥远的天际默默地守护着这片海洋和它的子民。