乡镇的卫生部门有四个，分别是：乡镇公共卫生服务中心、乡镇卫生院和乡镇计生站、计生服务中心。

乡镇公共卫生服务中心，对应的是原来的县区卫生局，机构改革后县区卫生局改为卫健局或者卫健委。承担公共卫生管理与服务职能，是乡镇卫生部门的主体核心，为公益一类事业单位。县区*党**政机构改革已经基本结束，下一步就是事业单位分类改革和乡镇*党**政、事业单位改革。根据陕西、河南等省的乡镇改革试点，乡镇事业单位实行综合改革，改变过去“七站八所”的设置模式，成立“2+1”服务中心。即乡镇试行一支队伍管执法，将所有的行政执法职能，整合到一起，成立行政执法中心，承担乡镇领域内所有的行政执法职能；整合所有的行政审批和政务服务、便民服务事项，成立政务服务中心（行政审批中心）；整合其他所有公益服务职能，成立综合服务中心，承担行政执法和政务服务之外的乡镇所有公益服务职能。改革后，原公共卫生服务中心承担的公共卫生管理、医疗服务以及整合的计划生育等职能，分别划转到三个中心，受乡镇*党**委政府直接领导，接受县局业务指导。人员编制也随职能分流，统一由县财政供养。

乡镇卫生院虽然是差额单位，在事业单位分类改革中，因其承担的公共卫生服务职能，被划分为公益一类事业单位。事业单位分类改革明确规定，县级以上公立医院取消编制，只保留事业单位属性。乡镇卫生院保留机构性质与编制，并逐渐向全额供给过渡，确保其承担的新农合等公益服务职能的发挥。

乡镇计生站和计生服务中心，对应的是原县计生局的管理职能和技术服务职能，在上一轮机构改革中，计生职能被整合到县卫生局，也就是后来的卫健局。对应的，乡镇计生服务中心被撤销，与妇幼职能整合后在乡镇卫生院挂牌，其人员、编制、技术服务设施、专业设备等一同划转到乡镇卫生院。乡镇计生站保留，承担计生宣传、独生子女证办理等相关工作，或整合到乡镇公共卫生服务中心，在接下来的乡镇机构改革中，与其他事业单位一起整合设置。