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文 | 独言
编辑 | 独言
藏梗是一种流行的中型伴侣犬品种，根据该品种的历史，*藏西**梗的西部种群包括两个谱系，Lamleh和Luneville。 这两个谱系源于1920年代，被带到欧洲的本土藏梗种群中的少数创始动物。
近一个世纪以来，*藏西**梗的西部种群和*藏西**的本土种群在生殖上是孤立的。 我们分析了*藏西**梗的西部种群结构，*藏西**的原始本土种群以及这两个种群之间的不同杂交，以及藏梗与其他犬种的遗传关系、两种藏梗种群的品种类结构。
为了进行比较分析，我们使用了348种公开可用的SNP阵列基因型的其他品种的狗。
我们发现，*藏西**梗的西部种群和本土藏梗与其他亚洲犬种聚集在一起，而所有其他梗犬品种则被归为一个单独的群体。
研究结果揭示了*藏西**梗的西方种群和本土种群之间的关系，并支持藏梗属于亚洲起源的古代犬种的假设，这些犬种与参与早期驯化过程的现代犬的祖先接近。
*藏西**梗是一种中型伴侣犬品种，在世界许多国家都有。所谓的西方藏梗种群起源于二十世纪初从*藏西**和印度边境地区进口的少量创始动物。
在西方国家，在该品种的历史中建立了两个谱系，即较老的Lamleh谱系，可以追溯到Agnes Greig博士于1922年获得并于1930年带到英国的前两种动物。1937年，英国养犬俱乐部承认藏梗是一个自己的品种，基于属于Lamleh血统的动物。
*藏西**梗的第二个谱系，即Luneville是由约翰·唐尼于1953年在利物浦发现的流浪狗Dusky交配形成的和母狗公主Aureus。这两个谱系都可以追溯到来自本土藏梗种群的非常有限的创始人，代表了*藏西**梗的西部种群与*藏西**原始种群之间的联系，这支持了两个种群之间的遗传关系。
然而，在欧洲、美国、澳大利亚和其他国家养犬俱乐部承认*藏西**梗的西方种群后，他们的种群与*藏西**原始的藏梗种群经历了长期而相对严格的隔离。这种孤立只是通过进口一些单一动物偶尔被打破，这暂时使西方人口恢复了活力。
因此，为*藏西**梗的西部种群创造了一种非常特殊的局面，这是一个血统控制的种群，与*藏西**原始的本土种群平行存在。
*藏西**梗的原始原生种群仍然存在于*藏西**，代表了原始的基因库，只有少数个体作为西部藏梗种群的创始人做出了贡献。
此外，藏梗的本土种群也促成了其他几种藏犬品种的基因库的形成，即拉萨阿普索犬、西施犬和藏犬，这些犬种被认为是古老的犬种。因此，藏梗的本地种群可以归入早期犬类基础种群的有限群体。
在过去的二十年中，许多研究使用不同类型的遗传标记来评估犬种之间的遗传变异，杂合性和系统发育关系。
除了常染色体基因组区域的分析外，一些研究还关注Y染色体和线粒体DNA。关于狗种群的遗传结构及其系统发育以及品种之间遗传距离的第一个证据来自基于微卫星标记的研究，该研究将几个具有古老起源的品种与具有现代欧洲起源的品种分开。
藏梗品种被定位为亚洲古代品种，接近灰狼，STR分析还可用于估计种群参数和检测种群事件，例如过去的瓶颈。
随着完整的犬基因组序列的出现，鉴定出大量的单核苷酸多态性，为犬种的遗传分析提供了新的机会。
这些分析揭示了整个犬类基因组中存在长距离单倍型，并阐明了品种内和品种间遗传多样性的性质。一项基于SNP的分析确定了狗基因组中的51个区域，这些区域与57个性状的表型变异相关。
对来自509个品种的46只狗的分析揭示了44个基因组区域，这些区域与不同品种之间的表型性状有关。通过调查乡村犬的遗传背景，报告了中亚驯化起源的存在，并确定地理隔离，迁徙和杂交是塑造乡村犬种群遗传多样性的重要因素。
全基因组单倍型共享分析揭示了狗发育的地理模式和共同特征的独立起源。基于全基因组SNP基因型的结果得到了全基因组测序的支持，全基因组测序最近已成为关联研究以及与适应和狗驯化相关的性状研究的有力方法。
随着基因组数据的积累，可以进行更精细的进化和功能分析，拷贝数变异分析也被用于检测狗基因组中负责品种特异性表型的基因组区域。
藏梗在梗犬群中的定位，是基于该品种形成初期一些犬儒学家的肤浅表型判断，今天经常受到质疑。历史和遗传数据都不支持这一决定。
大多数梗犬品种都属于现代“狩猎”犬种，这些犬种都是从22世纪欧洲的同一祖先库中建立的。
在“獒犬”集群中发现了一些梗犬品种，以及博美犬和拉布拉多猎犬品种；然而，藏梗与北京犬一起归入更老的亚洲和非洲犬群。
本研究的目的是通过使用两种不相关且广泛使用的遗传标记，高密度SNP微阵列和微卫星基因型来区分藏梗谱系，从而深入了解藏梗的基因组结构和遗传历史。
为了确定该品种的基因组组成及其与其他品种的关系，我们分析了藏梗的种群结构以及藏梗与其他33个犬种之间的潜在混合水平， 以及使用公开数据集的灰狼。
纯种动物的鉴定基于特定的形态学标准和/或谱系。使用DNeasy血液和组织试剂盒的标准方案从口腔拭子中提取DNA；DNA的数量是使用NanoVue估计的。
在毛细血管遗传分析仪ABI 3130xl上进行基因分型；使用GENEMAPPER v 4.0软件调用微卫星等位基因并手动检查。
为了推断藏梗和28个犬种和灰狼种群的分裂和混合模式，我们使用了Treemix算法，其中灰狼被设置为生根外群。首先，我们构建了一个不允许迁移事件的种群最大似然树。
然后，我们为所有选定的种群构建了一个系统发育网络，从而依次增加迁移事件，最多11次迁移。模型拟合到数据的残差使用在 Treemix 中实现的 R 脚本进行可视化。
基于犬类HD Illumina SNP芯片数据，我们分析了藏梗与选定犬种的关系，从原始遗传距离构建了一棵相邻连接树。
这项分析揭示了种群结构的几个主要特征，并表明来自同一品种的狗几乎总是构建紧凑的集群。这反映了这样一个事实，即现代品种主要代表封闭的基因库，这些基因库在其形成过程中经历了重大的种群瓶颈。
我们发现区分品种的内部分支结构相对较少，这与所有现代犬种在相对较短的时间内从共同的祖先种群中产生的观点一致，并且只有一小部分遗传变异将犬种划分为亚群。
藏梗形成了两个集群：集群（1）包括本地种群及其与西部藏梗的F1杂交，这些动物与更古老的犬种如阿富汗猎犬，萨摩耶犬，斯劳吉犬和西伯利亚雪橇犬品种归为一组集群；
（2）包括西部谱系，它们是*藏西**伴侣犬集群的一部分，包括藏猎犬、北京猎犬、西施犬和拉萨阿普索，并与梗类品种表现出一定的亲缘关系。
这表明，在上个世纪，藏梗的两个西方谱系和一些梗犬品种之间可能发生了一些零星的接触。导致义和团和灰狼种群的内部分支比其他品种的分支更长。
长拳击手分支的解释可能是犬类HD阵列上的大部分SNP是通过将拳击手与其他品种进行比较来选择的，这意味着数据集丰富了SNP，允许拳击手与其他品种区分开来，较长的灰狼分支可能反映了它们与狗更远的亲缘关系。
一些品种表现出建立单独集群的明显趋势，例如猎犬、猎犬、二传犬和梗犬。然而，通向这些集群的内部分支的长度仅占这些集群中分支平均总长度的一小部分，这表明在其形成过程中发生了主要瓶颈。
藏梗本地种群中存在更广泛的基因库，与可能的预防措施高度相关，以防止纯合子增加和遗传病风险。
藏梗是为数不多的犬种之一，*藏西**有本土祖先种群，代表了现代西方藏梗种群的原始基因库。西方种群在其形成之初经历了一个主要瓶颈，导致*亲近**繁殖和一些遗传健康问题相对迅速增加。
此外，当*藏西**梗的西部种群被确定为一个品种时，根据其表型特征，它被归入梗类。根据种群遗传学研究，大多数梗犬被包括在“现代/狩猎”犬种中，这些犬种是从十九世纪欧洲的同一祖先群体发展而来的，而藏梗与北京犬种一起属于亚洲和非洲犬的较老群体。
一些研究将藏梗归类为一个古老的品种，因为它与其他犬种相比差异很大。据信，藏梗品种起源于大约500年前，它与狗的原始驯化高度相关。因此，藏梗可以被认为是家犬的基础谱系品种之一，也是祖先犬的活原型。
最近的研究侧重于韩国犬的起源，多样性和种群结构，包括藏梗，并支持韩国狼和藏梗之间的遗传相关性。这项研究报道了一棵与树根部有土狼的邻居连接树，并表明藏梗与阿富汗猎犬、巴辛吉、拉萨阿普索和西施犬属于同一分支。
从梗犬祖先到*藏西**梗的西方种群也有明显的遗传物质交换，这只影响了欧洲藏梗分支的开始。
这可能是因为在过去，“梗”这个名字被错误地使用，这导致藏梗的饲养者将藏梗与其他一些梗的祖先杂交。此外，藏梗比其他藏梗更接近其他藏犬品种的事实证实了今天被称为藏梗的狗根本不是梗。
我们的研究结果表明，藏梗及其谱系建立了一个集群，与其他亚洲起源的古老品种和灰狼接近。
这证实了藏梗的古老特征及其在古代品种集群中的位置，即接近驯化事件。今天的藏梗种群明显分为两个种群：本地和西方藏梗种群。藏梗的原生种群是西部藏梗种群的主要基因资源。
由于重大瓶颈和遗传漂变，藏梗与原始种群分离了近100年；虽然不太明显，但可以假设梗对西部人口藏梗的贡献。
原始种群是一种天然的基因库资源，可用于降低藏梗西部种群的*亲近**繁殖水平，是保护藏梗原始遗传多样性和改善西部藏梗种群遗传多样性的重要遗传资源。
我们的研究结果表明，藏梗原始本地种群与西部种群的遗传多样性存在显著差异。
西方藏梗种群的基因库只占原始种群的一小部分，由于它与原始种群隔离，并且在其种群中运作的遗传漂变有效规模较小，因此可以清楚地与藏梗的原始种群分开。
藏梗的原始种群，其基因组比例非常低，包含在长期纯合子中，代表了现存的当代祖先和现代西方种群的一个独特例子，后者在上个世纪根据犬儒学实践进行管理。
藏梗的原生种群也是西部藏梗种群的后备种群，可用于大幅度降低藏梗的*亲近**繁殖水平。因此，它是保存藏梗原始基因库和提高*藏西**梗西部种群遗传多样性的重要遗传资源。