山西票号最高光的时刻，是从汇兑京协饷（官款）开始的。太平天国农民起义爆发之后，从客观上影响了山西票号的生存方式。
清同治元年（1862年），粤海关监督毓清向朝廷上了一道奏折，要求将应解京饷以银号会票兑付。这是票号开始汇兑京协饷的最早证明。
清代粤海关
京协饷是什么？通俗点讲，就是各省上交中央的财税收入。以前地方各省收起税银之后，派*队军**护卫，押送进京。但自从太平天国起义之后，南方多省陷入混乱，别说是镖局抵抗不住，就连朝廷的*队军**也扛不住了，各省督抚常常因为担心安全而拖延押送到京的时间。况且除了太平军的拦截，还有活跃在河南及安徽的捻军这一关。
太平天国行军路线图
为了保全乌纱帽，他们不得已频频动议清政府改变原来的“装鞘解现”旧制。山西票号由汇票调拨的方式成了他们的救命稻草。
作为一个无能的清政府，朝廷还能说什么呢？国家陷入*乱动**，*队军**忙着剿匪，匪徒忙着打劫京协饷，反正就是你来我往的互相伤害。地方*队军**押送银子到京城，要经过好几个省份，每个省份都有带着浓厚地方特色的叛乱，面对京协饷这么诱人的蛋糕，匪徒自然是拿出了前所未有的敬重态度，动辄几万人、少则几千人的规模摆在官道上，等着肥肉入口。押送京协饷的*队军**，就算是精锐官兵，装备齐全，但人家流寇是车轮战，任你再强都要哭爹喊娘，没有哪一个省敢保证可以完好无缺地把京协饷押送到京城。
山西票号业在农民起义的冲击下也撤掉不少分号。先后从汉口、芜湖、屯溪、南京、扬州、苏州、河口、广州、沙市、长沙、开封、成都、天津、京师等14个城镇收撤分号。每家票号的收益也明显减少。
但是有失必有得，因为太平军的兴起，承兑京协饷之后，山西票号业获得了朝廷的财政依赖，许多省份因为不能及时筹措足额的京协饷，还需要票号垫款，这进一步绑定了山西票号和朝廷财政的共生关系。
山西票号业的业务交流也由此前的地方州官一跃而升为地方督抚，这样的政商关系在熬过了时局动荡的几年之后，于同治中兴时期迸发出巨大的好处。首先是各分号的开设，在27年间增加了1倍，几乎每家票号都处于扩张时期。之前撤庄的地方马上又重新开了回去，之前没有开设的地方也有了分号，偏远如库伦（今乌兰巴托）、凉州、迪化（今乌鲁木齐）、梧州等地，都有山西票号开庄。
其次，在业务上，因为汇兑京协饷而取得朝廷官员的认可，从而带动了个人储户的汇兑业务。外地官员赴京办公，或异地办公时，亦可使用汇兑之法，从而减轻路途忧贼之苦。
汇票实样
也许出乎大家的意料。汇兑官款并没有给山西票号带来多大收入。
据统计，同治五年至光绪五年（1867年-1879年），票号汇兑官款总额为28，456，339两银子，平均每年为2，188，949.1两，按当时汇兑官款的平均汇率2.5%计算，票号每年的该项盈利为2104.8两，而蔚字五联号中盈利最低的蔚泰厚，一年也要51423.5两的盈利，票号汇兑官款的收入实在是微乎其微。票号主要盈利的方向，还是民间商号之间的汇兑。
汇兑官款给票号带来的好处，更多的是政治上与朝廷的深度绑定，经济上确立的特殊垄断地位，民间里的“皇家银行”信誉。
也许，正是在同治中兴中的大扩展后，山西票号才有了“汇通天下”的赞誉了吧。
到了后期，围绕官款汇兑，朝廷激烈争辩了四次。最后取消各省官款汇兑，改行装鞘解现。