(一) 光合细菌：
(1)优点：分解小分子有机质（处理氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等)，对氮源污染效果好；增强水体光合作用，调理绿色水质，抑制有害藻类（如蓝藻、裸藻）；能抑制病毒（对桃拉病毒、白斑病毒有一定效果）弧菌（对副溶血弧菌有一定效果)；营养丰富，可作鱼虾开口饵料；缺氧无氧条件下一样能起到分解效果（当然代谢产物会有不同)。
(2)缺点：雨天无效，阴天效果很差；透明度低效果差；有机质多效果差；要求氧还电位较高；夜间会耗氧；低温无效（≤15℃）。
注意
大剂量使用光合菌之后并不会出现很多人想象的pH偏高的情况，相反，pH会渐渐偏低。
(二) 芽孢杆菌：
(1)分解力强（分解大分子有机质），净水效果好；内服外用皆可；增强消化，防控肠炎（强耗氧型）；受环境影响较小；繁殖速度快；代谢、分解产物利于绿色藻类生长，调控藻相效果好；一些种类经特殊发酵后能提高免疫，抑菌防病；
(2)缺点：耗氧；过量或频繁使用对水体营养消耗严重；使用不当会导致水浑、倒藻。
注意
现在流行的兼性芽孢耗氧不厉害，质量好的甚至比光合菌耗氧还低)，比一般耗氧型芽孢来说，净水效果略差，繁殖速度略慢，但优在使用安全，另外实用表明，调节绿色水质方面效果更为出色。
(三) 乳酸菌：
(1)优点：分解有机质；调理肠胃，促进消化吸收；补充营养，护肝防病，抑菌效果好。
(2)缺点：过量频繁使用水体会偏酸（一般很少低于7.5)；内服过多会导致缺钙或营养不良，甚至红肠红体。
注意
粪链球菌（粪肠球菌）、屎肠球菌也都属于乳酸菌类。也会大量产生生物酸，所以使用时要特别注意剂量的控制。另外，生物发酵料由于也会大量使用乳酸菌发酵，所以效果等同于少量多次的使用乳酸菌，也要小心其缺点对养殖过程的影响。
(四) 酵母菌：
(1)优点：分解净水能力较强（净水类酵母国内研发的还很少)；分解大分子有机物；辅助培藻效果好；死菌活菌都具有很好的营养；可做开口饵料；开胃护肝，提高免疫。
(2)缺点：耗氧；部分代谢中间产物有毒。
注意
近年来在市场上流行的海洋红酵母，虽也属于酵母菌，功能上也有酵母菌营养方面的大多数效果，但几乎不具有调水功效，用于解毒抗逆，强免疫效果尤佳，但必须含量较高才行。
(五) 硝化细菌：
(1)优点：处理含氮污染物效果快且明显；净水效果较好。分解小分子有机物（尤其含氮有机物）。
(2)缺点：耗氧；偏酸环境效果不佳；氧还电位要求较高（比光合菌高）；分解氨氮、亚硝酸盐时需要足够碳源。
注意
反硝化细菌，原理上虽与硝化细菌不同，但功效与优缺点上都差不多，而且同样在使用中需要大量补碳。
(六)蛭弧菌：
(1)优点：无刺激；处理细菌（弧菌，尤其是绿菌)感染效果好。
(2)缺点：耗氧；受环境影响大；营养要求特殊(只能用氨基酸或肽)。
注意
蛭弧菌同样也吸收有机质，一旦先于致病菌接触到有机质，其杀菌效果就会大打折扣。所以使用之前最好先处理掉过剩的溶解有机物，以保证其杀菌药效。另外，蛭弧菌常会令很多藻类的共生细菌死亡而导致藻类缺乏营养而倒藻，所以使用时切忌超量。