兰州生物制品研究所始建于1934年，其前身是原国立西北防疫处，是我国历史最悠久的生物制品研究所之一。

1934年3月，民国中央卫生署呈准行政院在兰州筹建西北防疫处,设立人疫、兽疫两科。人疫防治部门制造霍乱和伤寒疫苗；兽疫部门开有兽医门诊部，制造部分兽用血清疫苗，主要有牛瘟脏器苗、牛瘟血清、二号炭疽芽孢苗、鼻疽菌素等，年产量40—60万毫升。

1948年9月，改为中央防疫处兰州分处

1949年8月26日，兰州解放。由人民解放军接管，改编为“军区西北防疫处”,人民解放军接管后将晋西北制药厂的血清、疫苗两部分的40余人调来，组成西北试验所，仍然在原西北防疫处的原址小西湖安身。

1951年1月，更名为“西北军政委员会卫生部生物制品实验所”。

1953年中央卫生部在制定全国六大研究所规划时，决定优先对北京、兰州、成都三所进行扩建。甘肃省和兰州市对兰州所的扩建全力支持，给了两块地让兰州所选，第一块离市区较远，叫安宁堡；另一块地也是现在的厂址所在叫盐场堡穆柯塞（兰州市城关区盐场路888号），有630亩，虽是一块荒地，但是里面有一片几十亩的老梨园，风景不错，又紧邻黄河，便于取水。

1953年4月，更名为“中央兰州生物制品所”

1956年，改由卫生部领导，更名为“卫生部兰州生物制品研究所”

1978年7月，兰州所改由卫生部与甘肃省双重领导，以卫生部领导为主的体制

1984年12月，兰州所由事业单位性质变为企业单位

1989年5月，卫生部决定成立中国生物制品总公司，兰州所划归总公司领导

1999年实行“政企分开”，兰州所与卫生部脱钩，隶属于中国生物制品总公司。

1999年9月，兰州所名称由“卫生部兰州生物制品研究所”变更为“兰州生物制品研究所”

2003年8月，“中国生物制品总公司”更名为“中国生物技术集团公司”，隶属国务院国有资产监督管理委员会。兰州所为中国生物技术集团公司直属企业

2011年9月，兰州所完成全面改制工作，更名为“兰州生物制品研究所有限责任公司”

2012年，公司与英国IMMBIO公司新型结核病疫苗合作项目启动

2021年，公司承担了新冠灭活疫苗的分包装生产任务，并迅速完成车间改造、设备调试验证等工作，投入3条分装线和4条包装线保障生产。首批“甘肃造”新冠灭活疫苗于2021年4月22日获批签发合格出厂上市。截至2021年底，公司分装新冠灭活疫苗2.3亿剂，发运至陕、宁、青、新等21个省、市、自治区，充分发挥了生物医药主力军的社会作用。

兰州生物制品研究所是国家生物制品行业的核心企业，专门从事疫苗、毒素、抗毒素、血液制品、诊断试剂等生物制品的生产、研发和经营。该所不仅是国家生物制品行业的骨干企业，更是甘肃省乃至西北地区唯一一家大型的生物高技术企业。

兰州生物制品研究所是国家医用微生物学、免疫学、分子生物学的重要研究机构，承担着国家科技部“863”计划产业化基地的职责，同时也是国家认定企业技术中心和甘肃省企业技术中心。该所拥有博士后工作站，并被国务院学位委员会批准为硕士研究生学位授予权单位。

此外，兰州生物制品研究所还是国家民政部“明天计划”医疗康复药品定点供应单位，为相关医疗康复工作提供了重要的支持。