上世纪九十年*开代**始出现的农民合作社，发展势头迅猛。到2015年10月底，全国农民合作社数量已经达到147.9万家，各级示范社超过13.5万家。但据有些专家测算，50%左右徒有其名，只是一个空壳。据报道，山西晋中目前合作社注册登记已达到8600余家，该市有关部门经过调研发现，有的合作社没有任何经济业务和服务内容，存在空壳子、虚架子的现象。据统计，全市有40％的合作社没有公章，55％没有组织机构代码证，64％没有税务登记证，68％未办理银行开户许可证。实质上，以合作社法的来比对合作社，真实名副其实的微乎其微，合作社要么不“作”，根本没有生产经营，那么“作”而不“合”，做不到赢利共享、风险共担，在民主管理上也基本上是一个人或几个人说了算。农民合作社不规范、做不大，是当前普遍存在的问题。究其原因，我国的合作社存在“先天发育不良”。从合作社的建立来看，我国合作社主要有三种情况：
一是政府推动。早期的合作社基本是在县、乡政府的直接推动下组建的，大部分是由乡、村干部领头创办。这类合作社因为是指标性任务、运动式推动，往往是走形式的多，拉人头凑数，组建时就很少经营活动，多数只是挂块牌子、制点档案。以行政手段推动合作社建立，当前仍然存在。据报道，2015年，市级下达东兰县新增农民专业合作社任务14家，其中，示范社建设3家、家庭农场3家。东兰县将完成合作社组建任务与年度绩效考评挂钩，把工作层层分解落实，推动各类农民合作社建设，实际共完成新组建农民专业合作社65家，完成率达464%。这类由政府推动建立的合作社，至少占农民合作社80%以上。由于国家相关规定的愈加严格，*党**政干部禁止从事经营活动，县乡干部注册的合作社，要么完全不搞经营，成为“死社”，要么由村两委或两委干部接管，形成了“*党**支部+合作社”、“村委会+合作社”、“村干部+合作社”等形式。
二是能人领办。这里的能人主要是指和农村中的种养户、运销大户、资本大户、科技人员，这种形式的合作社当前更为常见。从来源上看，分为两类，一类是在县乡政府动员下由能人领办的，一类是能人为了扩大经营而主动组建的。根据张晓山对安徽芜湖市已经注册的136个农民专业合作社的调查，农村大户(能人)兴办型的有125个，占到了92%。根据吴泽林对江阴市的调查，生产大户带动成立合作社是一个主流，占到所有发起人的74.6%。大户之所以决定领办、创建合作社，是因为合作社能为其带来收益。在合作社中，能人拥有较多的资金、控制着销售渠道、掌握着技术、有较高的经营能力和较丰富的社会政府背景，相对而言，小户在资源要素上较为贫乏，这就使得他们即使有心也无力为合作社的组建做出较大的贡献。在合作社的组建中，大户的投资和付出是较多的，其所发挥的实际影响力也是较大的。大户的行动选择往往成为合作社运行的关键。
三是企业辐射。由农业产业化龙头企业领办或参股的农民合作社，作为近年来重点推动的合作社形式，发展势头很大，但最新数据较难找到精确依据。但据2012年农业部公布的数据，以龙头企业为主体的各类农业产业化组织多种形式带动农户约1.1亿户。据披露，2014年广东清远市共有市级以上重点农业龙头企业127家,其中省级24家,农民专业合作社总数达2313家,累计成功申报了国家级示范社12个,省级示范社40个,创建市级示范社123个。农业龙头企业，出于原料、土地、劳动力的需求，往往领办或者联办合作社，“龙头企业+合作社+农户”，成为农民合作社的重要形式。以企业以核心的合作社，往往是在“企业+基地”基础上发展起来的，当前的“互联网+”、“电商+”模式也与此类似。由于企业资金、销售、技术、设备优势，往往规模大、档次高的合作社，基本都有企业力量参与。国家级、省级，包括市级合作社，不是企业牵头，就是企业联办，甚至本身就是企业。通过合作社，龙头企业与农户之间形成业务上的供求关系，但从本质上说公司成员和农户成员的地位不可能平等，企业实际上是合作社的控制者，理事会成员大多也同时是公司人员，“一套班子，两块牌子”的情况普遍存在，社员代表大会和监事会形同虚设，无法对理事会进行有效的监督和制约，农户在合作社中常常处于依附地位。
农民合作社的基本特征是“民办、民管、民受益”，但在当前，农民合作社不姓农（农民），合作社的农民基本处于从属地位，居于多数的农民在合作社中发挥不出作用，规范问题已经成为合作社的主要问题。例如哈尔滨市，到2014年3月末登记注册的农民专业合作社达10064家，其中开展经营活动的有5212家，规范运营的只有1000家左右，不到注册数的十分之一。从功能上说，农民专业合作社将一家一户的小生产组织起来，有效规避农业生产的自然、市场风险，“抱团闯市场”“集中力量发展规模化生产”，在创新农业经营体制、推进现代农业规模发展、促进农民稳定增收等方面发挥了重要作用。
作为社会组织，国家专门立法并由主管部门出台示范章程的，除农民专业合作社外，别无他家。但农民合作社与设计初衷显然背离。
一是性质变异。 从法律和制度设计看，农民合作社显然应该是互助性质的社会组织，主要目的是为内部成员提供服务，实现成员利益的最大化，而不是赢利性的企业。但事实上，不管是牵头的是能人、企业，从本质来看，都是合作社服务的利用者和使用者，更是以投资者的身份来加入合作社，意图通过合作社实现自己利益的最大化，而不是服务于农户，势必出现为了自身利益挤占农户利益的行为。在地方政府层面，推动合作社发展的目的，更多地是为了实现农业的规模化、产业化发展，而不是追求农民利益的最大化。这种制度设计与操作层面的背离，是农民合作社不能正常发展的最主要根源。
二是组织变异。 在当前的合作社中，一股独大是普遍现象，普通成员往往是只有土地入股，股权结构决定治理结构，尽管多数合作社设立了理事会、监事会等管理机构，但基本是摆饰。“一人一票”的规定成为空文，大股东（能人、企业、自治组织）成为决策和执行主体。合作社法设计的治理机制在现实运行中难以实现，在合作社现有结构中，农民难有参与的治理的能力，也难以有参与治理的意愿。农户的合作意识普遍不强，很难通过集体行动来维护自己的权益，通常选择沉默、选择依附。农民合作社成为一家，或者是一人当家，在政策鼓励、国家资金扶持的背景下，很容易成为部分企业、个人套取国家资金支持、骗取政策补贴的工具。
三是分配变异。 合作社作为社员之间“利益共享，风险共担”的合作平台，要求社员在合作的基础上共同承担风险，分享收益。农业是受气候、市场影响很大而收益相对较低的产业，参与合作社的普通农户，是为了规避风险、追求收入稳定，希望将自己的土地流转出去的同时也将风险相应转移，这样就可以到合作社或者城市里打工，能够获得土地租金和劳务报酬两笔无风险收入，而不愿意在追求更高收益的同时去承担更高风险。作为大股东的个人、企业，在全部承担风险的同时，也不可能将获得的利益向普通农户分配。在大多数合作社中，不存在着“二次返利”，资本积累也大多与普通农户无关。多数情况下，农户获得的只有土地流转租金。既使比较成功的合作社，对于普遍农户来说，起到的作用也主要体现在稳定收入和解放劳动力两个方面，对于提高土地收入则作用有限。
合作社在推动农业发展方面功不可没，特别是在推动规模经营、产业化发展方面作用更加明显。但合作社不合作的问题长期存在。另一方面，合作社以追求利益最大化为主，不以农业为本的问题的也明显存在，从粮食种植向经济作物转变，是通常选择，甚至向非农领域转移的现象也屡见不鲜。如果农民合作社不规范的现象继续在在，中央一号文件强调的“任何时候都不能调减掉粮食产能”的目标任务落实可能受到影响。
“支持发展新型农业经营主体和新型农业服务主体，推行土地规模经营和专业化规模化服务”，是农业方向的主要方向，作为新型农业经营主体和新型农业服务主体之一的农民合作社，进一步规范和做大，是事关农业丰收、农村繁荣、农民稳定收入的重要方面。
一是监管和放开并举。 作为国际上比较成功的农业生产组织形式，合作社引入我国时，尽管进行了一些符合国情的改造，但总体发展并不尽如人意，其中运动性的急进推进功不可没，重数量不重质量，“萝卜多了不洗泥”，相关的规章制度没有跟上，监管更明显缺位，出现一些问题在所难免。但在农民合作社发展到相当程度的阶段，强化监管已是势在必行,这对于防止出现以合作社之名非法集资、坑农害农的恶性事件是也治本之策。监管第一要义，在于甄别。对于农民合作社的经营范围、经营形式、内部管理、利益分配等关键要素进行深入审查，并分类进行适时监督。另一方面，鉴于农业产业的需要，对合作社的经营地域限制应该有序放开，放松行政控制，把合作社真正当作市场主体，而不是作为政府控制下的经济管理组织。在当前形势下，应该放手让合作社依据生产经营需要，自主进行兼并组合，实现跨地域、跨产业经营。
二是规范与扶持并进。 把合作社作为农业领域各种政策优惠、财政补贴的重要承接方，既有出于推动农业规模化、产业化发展的考虑，也有地方政府懒政思维在其中作怪。注重规模的习惯偏好、优亲厚友的人情考虑，使农业补贴在分配上偏向于注册规模较大或者有企业背景的合作社，实质上的劳动者即合作社普通成员所得甚微。部分学者将农民合作社的问题，归结于管理人才的缺乏和管理模式、技术水平的落后，建议将人才输入、人才培训作为促进合作社发展的重要方法，强化合作社人才力量。这种想法无可厚非，但明显忽视了一种现象，就是在目前情况下，管理人才越强，合作社内部普遍农户面对的管理层力量越强，农民争取利益的难度越大。农民专业合作社法规定的“一人一票”的决策机制以及理事会、社员代表大会、监事会三者的相互监督和制约，在实践上不能实现，关键在于成员入资合作社资产的不平等，其次在于社会责任意识的淡薄，这与发展阶段有关。在当前经济仍不太发达、物质追求还不太满足的条件下，企业和个人都对公益性事业保持疏远。不论是企业、还是个人，牵头组织合作社，都是为了谋求自己的更大利益，合作社成为利益博弈的场地，制度设计上的平等地位往往并不存在。这种状况在短期内难以改变，一方面，要通过制度完善和加强引导，推动合作社进一步向规范化方向发展，使农民真正成为合作社的主体，让合作社真正成为互助性经济组织。特别是农民合作社扶持资金，要真正投向规范管理、合法经营的合作社；另一方面，要把农业补贴工作做得更细，保障资金能够落实到普通农户身上，转化为合作社的股金，逐步提高普遍成员的占股比例，保障他们的权利，不能使各种补贴成为合作社管理者个人获利的来源。
三是自主与引导并重。 农民合作社是“民办、民管、民受益”的市场主体，不管是组建、规范、发展，还是破产退出，主要还是要交给市场，政府不应当插手直接干预，要给合作社以完全自主的市场地位，实现组建民主、经营自主、管理自主、分配自主，自主应对市场竞争。政府主要工作应该放在发展环境营造上，制度法律规范上，法律法规执行监督上，合作社成员权益保护上。只有政府和市场的权力界限清楚，做到不失位、不越位，才能更有利于合作社的长远健康发展。在推动合作社发展上，既不急躁冒进、包办代替，也不忽视责任、不管不问，尽应尽之责，放应放之地，给足发展空间，尽到监管之责，才是应有的新常态。