大约在第四纪更新世晚期，大同盆地、阳原盆地等古湖泊的湖水大都已消失，变成湖积平原。古代丰沛充盈的泉水、连同降落在这些盆地及其周围山区的雨水，汇集一起，总成大河，顺势东注，过涿鹿——怀来盆地，与“三家店河”联为一体，今桑干河的雏形大致形成了。桑干河上游及其支流从大同盆地周边的崇山峻岭奔腾而下，在地势相对平坦的大同盆地上随意地摆动、宣泄，形成了大片的洪积冲积扇，既造就了肥沃的土壤，又留下了大量湖沼和丰富的地下水。正是这片丰泽膏腴的土地，哺育了朔同地区最初的文明，也为应县古今的发展变迁提供了优越的地域空间。
摘自谭其骧主编的《中国历史地图集》
新石器时代，桑干河支流沿岸的北小寨遗址、岑嘴遗址、泉子头遗址、边耀遗址、小石口遗址等面积均在10万平米以上。这一时期桑干河流域的应县就已经比较宜居了。
夏、商、西周时期，应县居民大多为草原游牧民族。西周初年武王伐纣取得胜利，但今应县地域仍为燕（京）戎所掌控。
春秋时期，夏屋山与勾注山（今恒山山脉）以北的桑干河流域农牧交错地带为楼烦部族所控，应县大致处于楼烦东部与代戎所建的代国（后被赵襄子吞并）西缘。
战国时期，赵武灵王胡服骑射，北逐楼烦、林胡，在桑干河上游流域建设起了第一批郡县治所城市。当时的应县地域大致属赵雁门郡繁畤、汪陶二县共辖之范畴。战国晚期，应县的行政区划大致变更为赵雁门郡繁畤、汪陶、勮阳三县所共辖。【地方考古工作者认为勮阳城址（今怀仁河头乡东昌城村东之古城）系战国晚期所建。繁畤，赵国尖足布币中有“繁寺”（繁畤），故此吴良宝等认为繁畤应补入《中国历史地图集》战国的赵、中山卷。繁畤县故城即今应县镇子梁乡城下庄村东北之古城。汪陶，传世战国的三晋古玺中赵玺印有“汪陶右司工”，《汉书·地理志》雁门郡属县有汪陶。秦汉雁门郡是因战国赵之雁门郡，即汪陶在战国时属赵地。则此“汪陶右司工”应为战国赵之汪陶县属司徒或司马之官印。从此印可证之，秦汉汪陶县实因赵县。按《水经·㶟水注》所载结合文普资料综合考量，汪陶故城约今山西应县西黄花梁上的南阜遗址。勮阳，按《水经·㶟水注》：“又北迳勮阳县故城西”的方位描述结合相关考古资料综合考量即今怀仁县河头乡东昌城村东之古城址。该城址规模形制与汉边疆地域县一级城邑大致相当，此外故城西约7公里处分布着颇具规模的海北头汉墓群。”】
西汉时期，应县地域基本延续了战国晚期之行政格局，为西汉雁门郡繁畤、汪陶、勮阳三县所交错共辖。随着西汉政府对雁门郡、代郡等边塞地域统治的逐步稳定与巩固，一大批基层城邑建立起来。应县境内的桑干河流域亦呈现出阡陌交错、城池相望、鸡犬相闻、牛羊成群的繁荣景象。
东汉时期，应县仍属雁门郡繁畤、汪陶、勮阳三县所交错共辖，但这时的雁门郡治所已由善无（今右玉县右卫镇）内迁到了阴馆（今朔城区夏关城东。原因是随着王莽政权的覆灭，豪杰并起。东汉初期的雁门郡、代郡不少地方为匈奴所扶植的卢芳所据。因匈奴和卢芳的侵扰，雁门郡和代郡的局势十分混乱。今应县地域曾一度为匈奴卢芳所控。这一时期应县境内的繁畤故城因其独特的地缘优势，在东汉初曾为卢芳大将尹由所据，且因匈奴卢芳与东汉大将杜茂的重兵角逐而被载入史册。《后汉书·杜茂传》所载：“（建武）九年，（杜茂）与雁门太守郭凉击卢芳将尹由于繁畤，芳将贾览率胡骑万余救之，茂战，军败，引入楼烦城。时卢芳据高柳。”
东汉末年黄巾大起义爆发，导致了中央集权迅速衰落。朝廷无暇顾及边境，匈奴、乌桓、鲜卑等游牧民族乘时而起，大肆掠边。云中、雁门、西河等郡的汉族居民被迫*亡流**逃离故土，桑干河流域（包括应县地域）原本阡陌遍布、城郭相望的繁荣景象亦已不复存在。
曹魏、西晋时期，《三国志·牵招传》中保存了关于雁门郡（包括应县地域)的重要的信息：“……招自出，率将归泥等讨比能于云中故郡，大破之。招通河西鲜卑附头等十余万家，缮治陉北故上馆城，置屯戍以镇内外。”中国社会科学院历史研究所历史地理研究室副主任孙*国靖**认为：“牵招任雁门太守【约黄初四年（223）】不久，便招集河西鲜卑附头等十余万家修缮陉北的故上馆城。故上馆城也就是阴馆城，所以这次缮治故上馆城的举动，表明曹魏政权着手恢复对陉北山地前缘地带的统治…….魏晋两代在陉北不远处除修缮了汉雁门郡治阴馆城外，还恢复了马邑、崞、汪陶和繁畤四县…..可以说，在雁门郡，魏晋政权依托桑干河建立了陉北的防线。”由此可知，应县桑干河以南的地域大致在黄初四年（223）至永嘉四年（310 ）期间曾一度为魏晋政权所控，但桑干河以北基本为鲜卑等游牧部族所控。
北魏时期，初期的政治中心不是平城（今大同）而是位于今应县城东的繁畤。穆皇帝三年（310），拓跋猗卢从晋并州刺史刘琨手中得到雁门郡陉北的马邑、阴馆、楼烦、繁畤、崞五县之地，应县桑干河以南的肥沃土地也划归拓跋鲜卑。值得一提的是，当时西晋雁门郡繁畤县巨商莫含，因颇受穆皇帝的器重与善待，独家留了下来。
建国元年（338年，是拓跋氏有年号之始），19岁的什翼犍在繁畤北即代王位。《魏书·序纪》卷一：“昭成皇帝讳什翼犍立，平文之次子也。生而奇伟，宽仁大度，喜怒不形于色。身长八尺，立发委地，卧则乳垂至席。……十一月，帝即位于繁峙之北，时年十九，称建国元年。”
繁畤因其独特的地缘优势，逐步发展成为拓跋鲜卑的重要战略据点。天兴元年（398），道武帝拓跋珪甚至一度时期曾定都于繁畤（虽然短暂但却是应县历史上特别辉煌的一段时光）。所以有学者认为，北魏最初的政治中心并非平城而是繁畤宫所在地繁畤。
据《魏书·太祖纪》载：“正月，辛酉，车驾发自中山，至于望都尧山。徙山东六州民吏及徒何、高丽杂夷三十六万，百工伎巧十万余口，以充京师，车驾次于恒山之阳。……二月，车驾自中山幸繁畤宫，更选屯卫。诏给内徙新民耕牛，计口受田。三月……征左丞相、卫王仪还京师……”
华南师范大学历史文化学院教授李凭认为，这两处所谓“京师”之地，既不是盛乐，也不是平城，而是繁畤。孙*国靖**认为，从什翼犍到刘库仁，再到道武帝，都曾在繁畤城及其附近活动，繁畤在道武帝时期甚至一度成为首都，这期间大同盆地都未建立起郡县体制，魏都繁畤必定是沿用汉晋繁畤故城，不可能有迁徙之事。而在北魏*都迁**平城之后，繁畤一样是重要的城邑，神瑞元年（414）与皇兴二年（468），明元帝与献文帝都曾到过繁畤城。
应县一带为北魏京畿重地，北魏在南池（约今应县薛家营水库一带）周边构建了规模宏大的都市苑囿，使得应县一带成为与魏都平城并驾齐驱的都市级区域。日本历史地理学家前田正名认为，南池附近集中了灅南宫、桑干郡、巨魏亭、黄瓜堆上的新平城、汪陶故城、早起城、日中城、日没城、繁畤宫等等，并且随着时间的推移景观日趋复杂，在㶟水流域呈现出一番特异的景观……….特别是在灅水南岸，“面夏屋山，背黄瓜堆”，构建起的灅南宫及新城邑，使得这里成为大同盆地内与平城并驾齐驱的具有都市景观的地区。
正光四年（523），北魏北方边境六镇叛乱，雁北一带又成战场。到东魏时应境一带成为墟野，人烟很少。大宝元年（550），高洋灭东魏，建北齐，连年出兵击柔然、契丹、突厥，并自夏口至恒州筑长城九百余里。边境又复安定，应地再属恒州繁峙郡。但仅20余年，恒州一带又被取代柔然而起的突厥部占领。北齐河清二年（563），突厥出骑兵10万，自恒州分三路进关，攻齐晋阳，沿路大掠，雁北各州县制再次名存实亡。
隋开皇三年（583），杨坚出师朔州道，大破突厥军，收复塞外。在雁北置马邑郡，5000余户，人口极少，应地为神武县地。隋末，朔方郡守梁师都、马邑郡守刘武周勾结突厥起兵反隋，雁北一带为割据势力占领。
唐初，李世民打败代北的刘武周和梁师都，继灭突厥，应地归唐，为云州云中郡云中县地及朔州马邑县地。唐乾符年间，安置投唐的西突厥朱邪赤心部（沙陀军）居此。
天宝元年（742），绝世名将王忠嗣（山西祁县人，哥舒翰、李光弼等皆源出其麾下）率十万骑兵，北出雁门与奚契丹（奚人与契丹人，均源出鲜卑宇文部）军团在桑干河一带大战，三战三捷，全歼20万奚契丹联军，契丹所属36部尽数投唐。之后王忠嗣因战功累升至四镇节度使（当时唐帝国总共才十镇节度使）。作为盛唐第一名将，王忠嗣在构筑边防战线的问题上有着超凡卓绝的见识，他并未采取劳民伤财徒劳无功筑长城的方式去防胡虏，而是在边塞要害构筑城防以御敌，并收到了较好的功效。
应县地处边塞且是重要的战略枢纽，故此学界多认为王忠嗣对桑干河流域应县一带的防御体系构建是“开拓旧城”，即对繁畤故城进行了修筑。
当然，值得注意的是以《山西通志》（1996版）为代表的认为应州治所始创于东魏之错讹则系与湖北应山县混淆所致。《应州志》《云中郡志》所谓王忠嗣“创建州城”的记载显然亦有失偏颇，因为王忠嗣是对繁畤故城进行了修建而非“创建”。
另据《云中郡志》载：“乾符年间（ 874—879），李国昌【本名朱邪赤心， 字德兴，代郡雁门（今山西代县）人。唐朝末年沙陀部首领， 阴山都督朱邪执宜之子。】筑金城。”因传言天王祠旁的井里飞出过凤凰，故所建之金城，又名金凤城，即今之应县城前身。其实，金城之名是由于李国昌、李克用父子认为朱耶氏“其先陇右金城（今甘肃兰州市附近）人也（《旧五代史，武皇纪》）”。为了不忘祖先，怀念先祖，故起名金城。李国昌父子非常看重此地，在金城周围建有许多壁垒森严的防卫设施。这便是后人所说的“三岗四镇护金城”之原由。金元时期，著名诗人元好问有《三岗四镇》诗：“南北东西俱有名，三岗四镇护金城。古来险阻边陲地，威镇羌胡万里惊。”
三岗是：
护驾岗，在应县城东南10公里，今护驾岗村所在地。旧志载北魏孝文帝元宏曾驻跸于此，故名。
赵霸岗，在应县城东10公里龙首山下，浑河北岸，即今吕花町村所地（一说为赵家湾以东之山）。地势高峻，南北横卧，旧日剞寸岗上建有观音阁等，现无存。
黄花岗，现称黄花梁，位于怀仁、山阴、应县三县交界处，梁顶海拔1153米。旧志称上古时，此岗黄花耀金，故名。过去岗上建有黄花寺等，现无存。
四镇是：
安边镇，在应县城东10公里处，即今镇子梁东。约建于后唐时，为金城县东的军事重镇，现在遗址尚存。
司马镇，亦名大镇子，在应县城西10公里处的栗家坊村东北。全镇为堡垒状，围以约7米高的土墙，为金城西境的防卫重镇。今遗址尚存。
神武镇，在应县城北20公里处，传言晋王李克用所建，现已无存。其地后划入怀仁县。
大罗镇，在应县城南20公里处大山门峪口，金元时为千户大镇，毁于水灾，考古发掘，尚可见遗址。
唐末五代至辽时期。唐朝末年，应地为晋王李克用所据，并筑金城县城。后唐时，以金城县置应州。天成元年（926），在应州置彰国军节度使，彰国军辖兴唐军（今蔚县）、寰州（今朔县城东马邑），应州领金城、浑源二县。后晋天福元年（936），石敬瑭割幽、云十六州给契丹，应州入辽。后汉、后周时，应州为辽所据。
出生于神武川之新城的应州人李克用，是唐末极其重要的历史人物。“英雄立马起沙陀，奈此朱梁跋扈何，只手难扶唐社稷，连城犹拥晋山河……”毛*东泽**手书清人律诗，也间接反映出他对李克用这位历史人物的推崇。唐末五代至辽期间，与李克用有关的皇帝，据考证竟有9位之多，这在全国也是极其罕见的。
辽时，应州属西京道都部署司，置彰国军节度，领金城(州治)、浑源二县。清宁元年（1055），河阴（治所在今山阴故驿）由朔州改隶应州，应州领金城、浑源、河阴三县。
辽代，圣宗、兴宗、道宗三朝大力崇佛，特别是兴宗与皇后萧氏酷好佛教，道宗（皇后长子）登位，萧后被尊为皇太后。故在道宗时，更加雕印佛经，修建寺院与佛塔，许多寺院和佛塔中保存着宝贵的经书，现存的大同善化寺、华严寺，以及应县佛宫寺释迦塔，都是当时著名的佛教建筑。佛宫寺释迦塔，俗称应县木塔。位于应县佛宫寺内。建于辽清宁二年（1056），塔平面呈八角形，外观五层，内夹四个暗层，实为九层，总高67.13米，底层直径30米，被誉为“峻极神功”“天下奇”，是国内外现存最古老、最高大的纯木结构塔式建筑。被国内外建筑学界称为“建筑瑰宝”，享有极高的声誉。1961年国务院公布为首批全国重点*物文**保护单位。
辽政权中期曾一度重用汉人，应州人邢简，妻陈氏及子邢抱朴、邢抱质，成为景宗、圣宗时起过重大作用的汉人家族。山西最早的书院（辽应州城内的龙首书院）便是辽翰林学士邢抱朴所建。
金元时期，宣和四年（1122），童贯邀金与宋双方夹击辽军，金军南下，势如破竹，几乎兵不血刃地占领了幽（燕）云十六州（包括应州）一带。
金灭辽后，仍以大同为西京，改西京道为西京路，应县地域归西京路所辖。其时，西京路下辖的应州和朔州为节镇州，与府为同一级别。应州彰国军节度使，治金城（今应县），属县有金城、山阴（辽时的河阴县，金大定七年更名为山阴县，以县城在复宿山之北得名，贞祐二年升为忠州）、浑源（贞祐二年升为浑源州）3县。
金代著名宰相高汝砺（1154—1224）便是应州金城县人，25岁进士及第，名列榜首（相当于状元）。金元时期的著名学者刘祁（今大同浑源人）曾高度评价高汝砺：“金国以来，书生当国者唯公一人耳！”
南宋初著名学者朱牟，出使金国，被拘云中时曾撰写《应州记》《浑源州记》。《应州记》可谓应州历史上的第一部州志，可惜已佚。
金崇庆二年（1213），蒙古军攻占西京（大同），应州亦破，朔州、武州不守。金朝统治者惊慌失措，于贞祐二年（1214）五月放弃中都（北京），南迁汴京（开封）。北方大部分地区遭受了蒙古军马的*躏蹂**和践踏。
金朝兴定（1217—1221）之前，蒙古军多次长驱直入山西境内，却不以占领土地为目的。兴定之后，木华黎始行军事占领。其时蒙古汗国大致实行两种政权制度，一是依照金朝旧制，在金朝五京之地仍置留守；二是对占领区实行行省、都元帅制，进行军事管辖。这种情况大约延续到忽必烈统治之初。当时，同、朔一带设西京留守，先治天成（今大同天镇县），后改治大同。《元史·刘伯林传》：“太祖北还，留伯林屯天成，遏金兵，前后数十战。进攻西京，录功，赐金虎符，以本职充西京留守。”留守之称，仍金末之旧制。所以说，其时之西京大同辖金朝原有境区。
到元世祖忽必烈至元中，正式划定中书省和行中书省辖区，行省下设路、府、州、县四级政区。路、府、州、县职官在至元后逐渐固定。路置达鲁花赤、总管各一员，同知、治中、判官各一员，为副职。并置推官二员，专治刑狱。另设儒学、医学、阴阳教授各一员，以及税务、工匠管理等官员。府、州、县设置基本与路的官员设置对应，形成自上而下各负其责的体系。另在路、府、州人口较多的治所内，还设立专管城市人口的录事司和司候司，负责治安、捕盗等事。职官品级又依照路、府、州、县等级而定，州有州尹，县有县尹。然各地事务繁剧不同，又有灵活的变化。
至元二十五年（1288），元政府改西京路为大同路，隶属中书省河东山西道宣慰使司。管辖一领司八州。一领司是录事司，设在大同，属县五，怀仁为其一，右玉为大同县属地。应、朔为八州中之二，应州领金城、山阴（由故驿迁至今山阴古城镇）。
随着蒙古军对北方地区军事占领的完成，一些儒士才被从蒙军掳掠的人群中释放，回到故土。蒙古统治者才比较认真地甄别儒士，免除其赋役，使之从事学业。到忽必烈即位之后，大批儒士被征，“方修礼乐，尚儒术，以文太平之治”，兴起尊儒佑文之风。其时，山西内的一些儒士虽然拒绝出仕，不愿与蒙古统治者合作，但仍受到各地政府的保护，以优礼相待。如应州金城县（今应县）人曹之谦，生活代约为金明昌至元宪宗年间。金兴定年间进土及第，哀宗时任尚书左司掾。与著名诗人元好问为同事，二人交谊很深，有诗唱和。金亡后，不仕元朝，流寓平阳（临汾）30年，招收学生讲二程理学，著书立说，名噪一时，著作有《兑斋文集》等。晚年回家乡应州隐居，结庐于茹越峪的深山里，其读书处称“书堂崖”。上述措施对汉族士人产生了强烈的吸引力，使他们对蒙古统治者的态度发生了根本变化，由消极反对变为积极支持。尊儒佑文的另一表现，是在各州县全面重建文庙、学校，到忽必烈至元年间（1264—1294）大部分学校得到恢复。并且重新定学田，以供生徒廪食之需。到至元末，州学、县学基本建立起来，教育开始走上正规。通过以上措施，元朝在朔州地区（包括应县）的统治得到巩固。
明代应州。洪武二年（1369），徐达攻下大同、开平，洪武三年（1370）二月起，下云州、武州、朔州等地；桑干河流域（包括应县）被纳入明廷统治范畴。
明朝承袭了元朝的行省制度，改元朝的中书省为直隶，其他仍为行中书省，简称“省”。每省设布政使司、按察使司，都指挥使司，三司分权独立而分别隶属于中央。山西布政使司辖5府、3直隶州、16散州、79县，大同府大同、怀仁2县和浑源、应（省金城县，只领山阴1县）2州。山西按察使分设4道，兼察诸府州。洪武二十九年（1396）置分守冀北道，驻大同府。嘉靖二十一年（1542），冀北移驻朔州，设总督衙门1员，置分守兵备道1员，城内有总督制府、兵备道署。嘉靖二十七年（1548）冀北道移驻阳和（今阳高县）。
明代的桑干河流域，存在府州县与都司卫所两套系统，以及相应的两套管理体制与地方官员的编制体系。山西省大同府所辖州县属于行政系统，其管理系统为六部——布政使司（直隶府、州）——府（直隶布政司的州）——县（府属州），其地方官属于文职系统，由中央任命。而山西行都司属于军事系统，其管理系统为五军都督府——都指挥使司（行都指挥使司、直隶都督府的卫）——卫（直隶都司的所，一般称守御千户所）——千户所，其官职属于武职系统，分为流官与世官两种，前者“以世官升授，或由武举用之，皆不得世”，后者“皆有袭职，有替职”。 山西都指挥使司，置行都指挥使司，设在大同。大同为九边重镇之一，亦称大同镇，初领26卫，后调整为14卫3所。卫所是军事编制，5600人为1卫，设指挥使，1120人为1所，设千户。
应州属山西布政使司大同府管辖，金城县被省只领山阴。明应州城系在原应州城基础上取东南旧址缩建而成。当时应州城内的机构主要有：应州布政司（主管民政、田赋、户籍等）在治南；按察分司（主管司法、纪检、监察等）在县治东北；州治，在城内东北隅；安东中屯卫（主军事兼屯田）在州治东南，左右二所附；经历司、镇抚司；中前二所守浑源，后所守怀仁县。
可见明廷考虑到应州独特而重要的地缘优势，在桑干河南的应州城设置了较为重要的军事机构安东中屯卫。
明武宗应州“大捷”。正德十二年（1517）九月，明武宗巡游到阳和卫（今山西阳高县），自称总督军务威武大将军总兵官，一切军政皆以大将军钧帖行之。不几天，发库银100万两，备行宫赏劳。这时，正好小王子率鞑靼兵5万入寇，这位喜好逞能斗勇的皇帝，立即集结大同镇的明军，准备迎敌。十月，“总兵官王勋等遇敌于应州，敌围之”。武宗亲自率太监张永、魏彬、张忠和都督江彬等来援，苦战5天，鞑靼兵才退走。此役明朝官军阵亡52人，重伤563人，武宗所乘车驾几乎陷入敌手，武宗差点做了俘虏。事后，他却让大同镇总兵官王勋等以胜仗报闻，在大同录应州功，升官及赏赐者多达56400余人。《明史·武宗本纪》记载：“丁未，皇上亲自监督诸军抵御，战斗五。辛亥，敌寇退走，皇上驻跸大同。”明武宗称此役为应州大捷。
有明一代我国统一的多民族国家进一步发展，朔州地区（包括应县）成为汉族和蒙古族争夺和较量的疆场，内外长城巍然耸立，城堡目连，烽堠相望，狼烟时起。隆庆和议后〔隆庆五年（1571）〕，蒙汉关系缓和，双方互市，民族融合加强，应县地域出现了历史上罕见的和平发展景象。
清代应州。顺治元年（1644）五月，清兵围大同，迫于清军大兵压境的形势，大同城内的明朝旧军官联合阳和卫（今山西阳高县境内）*队军**，杀害大顺农民军首领张天琳，开城投降了清军。大同总兵姜瓖臣服清朝后，协守大同、朔州等处副将杜国庆、山西水泉营参将李正馥、西路马站堡参将兰应魁等纷纷归降，山西北部的同朔地区（包括应县）尽归清廷。
姜瓖反清。顺治五年（1648）十二月初三，归附清廷的原大同镇总兵姜瓖乘宣大总督耿焞等人出城验草的机会，突然关闭城门，下令“易冠服”，自称大将军，公开举起了反清的旗帜。耿焞逃往阳和，家眷被姜瓖全部处死。英亲王阿济格闻讯，连夜进兵，于十二月初四到达大同城下。姜瓖反清以后，“飞檄安官，朔（州）、浑（源）一带俱受伪札”。阿济格在十二月间的报告中说：“叛者不止大同，其附近十一城皆叛。”大同举义后，雁门关以北的11州县也加入了反清斗争行列，山西各地的汉族官员纷纷响应，一时清朝在山西的统治岌岌可危。为了扑灭山西的抗清怒火，清政府先是派阿济格兵围大同，接着摄政王多尔衮亲自带领劲旅驻扎桑干河，坐镇指挥，但姜瓖依靠坚固城防血战，大同城巍然屹立。多尔衮见大同一时难以攻下，于是就分兵转攻雁同各县，以孤立大同。顺治六年（1649）二月攻克浑源州。三月招降应州和山阴，应州参将张祖寿率部降清，明朝山阴王被处死。八月，清军攻下雁同各县后，全力以赴*攻围**大同。大同被围日久，兵民饥饿，死者枕藉。八月廿九，大同总兵杨振威杀姜瓖，献城投降清廷。轰轰烈烈的雁同人民反清斗争被残酷地*压镇**下去了。这次反清斗争中晋北人民几乎都同仇敌忾，奋起反抗。气急败坏的摄政王多尔衮于是下令对大同、朔州、浑源屠城。
经过清初几代皇帝的努力，游牧于大漠南北的蒙古各部依次被清廷收复，长城不再是胡汉的分界，农牧交错地带的桑干河流域也由明代的边疆成为腹里。在这一显著而深刻的变化背景下，桑干河流域的城市职能与性质都发生了极大的变化。都司卫所制度被府州县等政区体系取代，原来林立于桑干河以北的卫所城市大多转化为府州县的治所城市；而由于边疆形势的缓和，原本密布于长城沿线与交通要道的官堡在清政府的整顿下，一方面逐渐转化为民堡；另一方面其职能也由单纯的军事戍守向兼理治安转变。
顺治十六年（1659），安东中屯卫被清廷裁撤。雍正八年（1730），山阴县直接隶属大同府。应州无领县。此外清廷在“关津险要”处设置了“掌捕盗贼，诘奸宄”的巡检司（清朝的巡检司属地方行政系统而非军事体系）。当时大同府设在桑干河流域的巡检司有3个，应州属安东巡检司，巡检司驻今天的右玉县口前村。
宣统三年（1911）末，晋北同盟会员续桐溪率“忻代宁公团”3000余人攻克应州，结束了清朝在应县的统治。
民国时期的应县
民国时期。中华民国元年（1912），应州改名为应县，属山西省。民国三年（1914），设雁门道，应县属山西省雁门道。民国十六年（1927）废道，应县直属山西省。民国二十一年（1932）属山西省第一专员公署。
抗日战争时期，民国二十六年（1937）9月20日，应县被日本侵略军攻陷。侵华日军在县城设立伪县公署，应县隶伪蒙疆自治政府大同省，直至日本投降；山西省政府亦委派游击县长，在敌后建立抗日政权。民国二十七年（1938）2月，应山（应县、山阴）抗日联合县政府成立，先后驻白马石、马岚庄、瓦窑沟，隶属山西省第一行政主任公署。
民国三十年（1941）1月，中国*产党共**雁北地委组建应县政府，属雁北专员公署，活动于官儿、土岭一带（今属浑源）。
1945年8月，日本投降。9月，国民*党**二战区雁北挺进纵队司令员乔日成率部占据县城，成立县政府。与此同时，中国*产党共**领导的民主县政府驻大石口，属雁北专员公署。1948年5月25日，中国人民解放军攻克应县，民主县政府迁入县城。
解放后至今。1949年10月，中华人民共和国成立。应县隶属察哈尔省雁北专区。1952年11月，察哈尔省被撤销，应县隶属山西省雁北专区。1958年9月，应县与山阴合并，县政府驻岱岳。1959年，两县又行分治。同年忻县雁北两区合并，应县属晋北专署，1961年，撤销晋北专署，雁北、忻县两区复行分治，应县复归雁北专署。1993年7月10日，雁北地区与大同市合并，应县划归朔州市至今。(杨年生)
