说明：列名医院均为三甲医院。
一、*疆新**医科大学第一附属医院（西北地区医院排名第3名）；
优势科室：肝病科、儿内科、新生儿科、感染性疾病科、耳鼻喉科、心血管科、综合心脏内科、变态反应科、冠心病科、心力衰竭科、心功能科、高血压科、肾病科、内分泌科、老年病科、血液科、普通外科、心脏外科、胸外科、肛肠科、骨科、神经外科、泌尿外科、妇科、生殖助孕、心理医学科、皮肤科、口腔科等。
二、*疆新**维吾尔自治区人民医院（国家省市重点科室医院）；
优势科室：皮肤性病科、风湿免疫科、全科医疗科、心血管内科、肾病科、老年医学中心、麻醉科、康复医疗科等。
三、*疆新**维吾尔自治区肿瘤医院（西北地区医院排名第18）；
优势科室：头颈放射治疗科、胸腹放射治疗科等。
四、石河子大学医学院第一附属医院（国家省市重点科室医院）；
优势科室：心内二科、心内三科、口腔科、儿科、病理科等。
五、*疆新**维吾尔族自治区胸科医院（西北地区省市重点科室医院）；
优势科室：呼吸与危重症医学科、结核一科门诊、结核三科门诊、结核二科门诊、结核四科门诊等。
六、乌鲁木齐市第四人民医院（西北地区重点科室医院）；
优势科室：临床心理专业、药物依赖专业、司法精神专业、精神卫生专业、精神病专业等。
七、*疆新**医科大学第二附属医院（省市重点科室医院）；
优势科室：神经内科、神经外科、骨二科等。
八、解放军*疆新**军区总医院（著名医院）；
优势科室：内科、外科、骨科等。
九、*疆新**维吾尔自治区中医医院〈中医〉（国家省市重点科室医院）；
优势科室：心内科、呼吸与危重症医学科、脑病科、外科等。
以及喀什地区第一人民医院、阿克苏地区第一人民医院、昌吉州人民医院、*疆新**医科大学第五附属医院、*疆新**生产建设兵团医院等。