历史的齿轮缓缓转动，儒家又能否将这个必然的趋势去改变呢？自秦始皇将天下一统之后，便着重于法家之言，孔甲正是看到这一点才退隐于山野。让其弟子叔孙通出仕秦朝，自此，儒家便正式地出现在了天下人的眼中。
而后，秦始皇可能也觉得若是不注重礼法和学习，国家也可能走得不会长远。故而秦始皇设立了“博士”制度。博士有七十人，明显地以孔子七十弟子的事实作为依据。博士的职责是“掌通古今”，以及“掌教弟子，国有疑问，掌承问对”，这承接了临淄稷下学宫的传统。这些博士也确实曾经广泛参与过诸多重大事务的议论。比如，秦王即位二十六年议帝号的时候，丞相等人与博士们进行过商议。但是这些只是表面而已，秦始皇从心底里就觉得儒生迂腐是不能重用的！
但是儒生毕竟是手握圣贤书的，秦王所想到的，他也是清楚的，况且儒生们也有自己的理想，不可能像李斯一样做秦王手中的棋子，而这样的理想终究要与秦始的绝对权力观念和制度发生冲突。这也就为后面的焚书坑儒，孔甲率儒生门第反抗暴秦做了铺垫。
秦始皇在一统天下以后，曾几次东巡。据《史记·封禅书》记载，秦始即帝位三年，东巡郡县，“征从齐鲁之儒生、博士七十人”，欲封禅泰山。这是一个古老而神圣的宗教仪式，其目的是“报天之功”。然而，秦始皇本就是一个物质主义的无神论者，他不相信任何神灵。即便有人告诉他这世界上存在神灵，他也立刻主张自己有权统治神灵。对他来说，泰山封禅只不过是一次宣示权力的仪式而已。
但是在齐鲁儒生眼里，天却是神圣的。所以儒生们要求秦始对上天保持虔敬之心。秦始皇却对此不以为意，断然拒绝。关键是问题不在于儒生们看法各异，难以实施，而在于究竟是天高，还是帝高。如果接受儒生的要求，等于承认上天比帝高。这是秦始皇不愿意承认的。
因此，秦始皇断然拒绝了儒生的要求，采用秦人的祭神程式。有趣的是，上天似乎对秦始的傲慢态度有所不满，《封禅书》中说：“始之上泰山，中阪遇暴风雨，休于大树下。诸儒生既绌，不得与用于封事之礼，闻始遇风雨，则讥之。”
出现此间异象，儒生们更加觉得自己所言上承天意了，秦始皇愈发不满，两者的关系已濒于崩溃。几年后，博士、齐人淳于越再次对秦的中央集权制度提出异议，而主张“复封建”。由此引发秦始皇、李斯发动“焚书”运动。焚书运动的本质是禁止民间学术和士人议政。这等于全面封杀了儒家活动的空间，儒家以封建的自由理念改造*制专**的秦制的希望完全破灭。再后来，则是“坑儒”事件。
坑儒，不仅只是杀了那在民间造谣的406人，更是针对于天下儒生，于是秦始皇硬是把儒生完全变成自己的敌人。儒生向来也是高傲的，不可能因为畏惧皇权而弯下脊梁，所以儒生也就坚定地站到了这个政权的对立面。
而后，孔甲听闻陈胜吴广起义，便也率儒生加入了浩浩荡荡的讨伐秦国的大军之中，孔甲这一举动更是彻底的宣告了秦国的统治已经背离文化之道，灭亡势在必然！自此，儒家也略胜一筹。