南京水科院专注于水利、交通、能源领域德才兼备高层次人才的培养，设有研究生院，是我国首批相关学科博士、硕士学位授予权单位，也是我国首家具备专业学位博士授予点的科研机构，现有水利工程、土木工程一级学科博士点和硕士点，材料科学与工程、环境科学与工程一级学科硕士点，土木水利博士和硕士专业学位点，并设有水利工程博士后科研流动站。至今已培养博士、硕士研究生以及博士后1300余人。清华大学、河海大学、武汉大学、四川大学等国内知名高校在我院设有研究生教育和培养基地。
一、招生规模
南京水科院2023年招收硕士研究生78人（含10人专业学位研究生），另有与河海大*联学**合培养研究生计划在河海大学报名。招生规模最终以国家下达计划为准。本条所列招生人数包含拟招收免试推荐生人数，招收推免生人数以最后确认录取人数为准。
二、招生方式
按照国家规定，硕士研究生招生通过全国统一考试、推荐免试两种方式进行。
三、报考条件
1.中华人民共和国公民。
2.拥护中国*产党共**的领导，品德良好，遵纪守法。
3.国家承认学历的应届或往届本科毕业生。应届考生录取当年入学前必须取得国家承认的本科毕业证书或教育部留学服务中心出具的《国（境）外学历学位认证书》，否则录取资格无效；往届考生应具有国家承认的大学本科毕业学历。
4.身体健康状况符合国家体检要求。
5.在校研究生报考须在报名前征得所在培养单位同意。
四、录取和学制
该院招收学术学位硕士研究生学习方式为全日制，专业学位硕士研究生学习方式分全日制和非全日制（其中非全日制计划不超过30%），根据国家下达的招生计划、考生入学考试的成绩（含初试和复试）、本科学习成绩、思想政治和品德情况、业务素质择优确定拟录取名单，拟录取后，按规定参加体检。学制均为3年。
五、毕业生就业
毕业硕士研究生实行“双向选择”就业制度，同等条件可以优先留院工作，也可申请硕博连读。
专业目录请见官网。