南京市第九中学创始于1925年的震旦大学（今复旦大学）南京预科学校，已有九十多年的办学历史。经过一代代师生的努力，南京市第九中学已成为江苏省重点中学、江苏省首批四星级高中、国家级示范高中、江苏省模范学校、江苏省德育先进学校、江苏省文明单位、江苏省教育工作先进集体、首批江苏省国防教育示范学校、南京市依法治校示范校、南京市厂务公开民主管理示范单位、南京市书香校园、获南京市五一劳动奖状。
南京九中的教师学养深厚，教艺精良在全市享有盛誉,先后培养8名特级教师,目前拥有3名在职特级教师,1名江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人15名南京市学科带头人,81名硕士生及以上学历教师,17个教研组先后被评为市先进教研组,100多名教师被评为省、市、区名师和学科带头人。
学校秉承以“新博雅教育”为核心的办学理念，着力培养广见识、雅气质、会思想的人，坚持创造适合城市学生发展的高质量教育的办学方向和培养会思想的人的办学目标。
学校基于城市学生视野广阔、兴趣广泛、思想活跃、民主意识强烈、个性特征鲜明的特点，尊重学生，信任学生，充分挖掘城市学生优势，在此基础上针对性地施教，取得了良好的教育教学效果，办学业绩年年受到南京市教育主管部门表彰。近五年来，在南京市高中教育发展性评估中，三次获突出贡献奖，多次囊括所有奖项。
学校坚持“以学定教、量体裁衣”的教学理念。采用“情感与方法的教育”贴近学生施教，通过情感教育让学生想学、要学，再通过方法教育，如阅读分析法、自主建构法、定式答题法等，让学生学的轻松、学的有效，事半功倍。近两年学校大力推动深度学习，专门安排了每天一节深度学习课，让学生们自主整理、讨论交流学习内容，培养他们自主建构、系统思考的能力。配合学生的深度学习，学校教学部门努力完善集体备课制度，借助智学网和大数据，推进教学精准化、学习个性化，减轻学生负担，留给学生更多独立思考的时间。
学校还坚持打造高品质德育课程塑造学生，精心设计德育课程和校本课程。针对城市学生普遍存在的理想信念缺失的问题，学校成功申报了江苏省品格提升工程，打造“两厅一中心”，设计五大行动实施理想信念教育。新高考背景下，努力推进“测评—课堂—体验”为核心的生涯规划项目。学校还逐步形成了品牌德育活动，设计精致的开学典礼、别出心裁的励志行走活动、月光下的金秋诗会、樱花雨下的弘光杯、激情澎湃的助力高三学子活动等，都成为学生最为期待的活动。
学校坚持开发高质量校本课程涵养学生，近百种精品课程满足了学生个性化发展要求，有效提升学生的综合素养，最大限度地实现了课程的育人价值。诸多社团更在全市享有盛誉，卓尔不群的社团成了莘莘学子激发潜能、展示才华、挥洒汗水的地方。在“博雅尚美”校训的浸润下，学生学业优秀，气质高雅，身心健康。学校进一步完善课程体系，开展教与学方式转型研究和增效减负的教学改革；加强学生个性化学习和资优生培养的研究，积极构建适合学生成长的育人方式。学校教育教学质量连年大幅度攀升不断实现新突破，多次获得南京市教育教学最高奖——突出贡献奖。
学校艺体特色鲜明，文艺中心被命名为“南京市中学生文艺中心”，被评为“全国学校艺术教育先进单位”，“江苏省音乐课程基地”，文艺中心多次在全国、省、市艺术展演中获一等奖的好成绩。学校男子篮球队为江苏男子篮球队和重点高校培养输送了一大批高水平的篮球人才，每年参加江苏省及全国中学生运动会篮球赛，多次代表中国参加世界中学生篮球比赛，并取得佳绩。