很多养殖户对EM菌有过高或错误的认识，如：认为EM菌是不耗氧的、没有副作用的，就可以大量使用；用EM菌就能防病、治病；用EM菌就是生态养殖等等。其实不是这样，养殖过程中，大量或盲目的使用EM菌，一方面会降低池塘溶氧，另一方面菌使用过多会抑制藻类的生长，出现水清水浑浊等情况发生。
所以使用渔富人EM原菌种调水时注意以下几个方面：
（1）、EM菌可以加快有机物分解，促进藻类繁殖，有促进肥水的作用，用EM菌时配合肥水一起使用效果更好。
（2）、降低水体氨氮、亚硝酸等有害物质，有“净水作用”或“爽水作用”，用量较大时，可以抑制藻类(如蓝藻)的繁殖，增加水体透明度，在养殖后期，水体过浓时可以使用，但此时要注意水体中的溶氧。
（3）、施用EM菌的意义等于庄稼“播种”一样，因而只有在水体中缺少“种子”时效果才明显，如水清、水变或用完消毒药后的塘使用效果明显。
（4）、原生动物、轮虫、枝角类“红虫”等浮游动物都能摄食EM菌，如果水体偏瘦或水混的时不能施用EM菌，纤毛虫多时不建议过多的使用EM菌，会加快纤毛虫的繁殖速度，因而发生纤毛虫病时应慎用活菌制剂。
