保密局首位局长郑介民
1946年3月，戴笠意外身亡，由郑介民接任军统局长，毛人凤为副局长。与此同时，在各方强大的舆论压力下，军统局加速走向改组。6月15日，蒋介石就改组事宜指示郑介民“该局撤销后，可以情报厅保密局名义组织核心机构，该核心机构今后之中心工作为对*产党共**之情报与斗争”。从蒋的指示中不难看出，所谓的军统局“撤销”并不是真正取消，而是改头换面成“保密局”，继续为国民*党**政府从事特务活动，“撤销”两字只不过是为了应付外界压力而玩弄的文字游戏。
保密局成立后，原先由军统局负责的军事情报、国际情报、电讯监察等业务全部移交国防部二厅、内政部警察总署等公开单位接办，保密局的工作紧缩成专门从事*共反**特务活动。保密局成立之初，蒋介石曾对该局处长一级人员训话，要求大家继承戴笠遗志，在郑介民和毛人凤领导下，“再接再厉地发扬过去的成绩，保持过去的荣誉”，并说明“今后的主要敌人是*产党共**，这比过去同日本人与汉奸做斗争要困难得多”。在之后的三年内战中，保密局秉持蒋介石的意旨，竭力*共反**，先后破获了北平地下电台以及*共中**重庆市委等重大案件。
毛人凤
1948年，随着国民*党***队军**败绩频传，保密局不得不承认，已经到了“必须把握现实，积极作应变之准备”的时候。所谓应变准备：首先“每一地区均力求于*匪共**未到之先，加强工作，协助军事当局，维持至最后阶段”；其次，“预建潜伏组织，以便于该地陷匪后，接替工作”；最后，为“加速*匪共**之崩溃，策应国军之*攻反**，在敌后组织游击*力武**，建立游击基地”。然而，还没等保密局准备就绪，战场形势已经发生剧变。自9月济南解放至1949年1月三大战役结束，保密局在长春、沈阳、热河、太原、济南、青岛、北平、保定、唐山、徐州各站全因情势突变而撤销，至于察哈尔、天津等地虽然保留了一些潜伏组织，但“因战局变化太急，以致多数工作干部及电台未及撤出，对潜伏工作殊多影响”。
1949年1月淮海战役结束后，国民*党**败局已定，蒋介石被迫下野，由副总统李宗仁代行总统职权。李宗仁上台后，立即与*共中**展开和谈，希望由此达成其“划江而治”的目的，于是声称停止特务活动，将保密局缩编成一个从局长到司机一共才75人的小单位，编余人员一律遣散。保密局迫于形势，乃一分为二，编制内的几十人由副局长徐志道率领留在南京，组成一个空架子应付李宗仁；其余绝大部分人员则由局长毛人凤率领，在上海建立指挥中心，转入地下活动。
1949年5月16日，一名*共中**地下*党**员与其他嫌疑者在上海街头被杀害。国民*党**军警在一旁观看
4月20日，和谈破裂，解放军发起渡江战役。此后，随着解放军顺利进军，保密局南京、上海、苏南、苏北、浙江、安徽等站纷纷瓦解。安徽站向赣东撤退时，与解放军遭遇，全部覆没；浙江站向闽北撤退时，也被解放军消灭。此时保密局作为特务机关，竟然无法掌握解放军的基本动向，以致各地组织和国民*党***队军**一样，被解放军打得措手不及。自5月至10月，武汉、西安、广州等地相继解放，保密局西北区及兰州、西安、*疆新**、湖北、广州各站均撤销，湖南站长黄康永起义，北方区及绥远、宁夏、青海各站失联，陕北站被解放军歼灭。自11月至1950年4月，贵阳、桂林、重庆、成都、西昌等地相继解放，保密局西南特区及成都、拉萨等站均撤销，贵州站失联，云南站长沈醉在昆明宣布起义。对于保密局来说，“最大损失为昆明叛变”，不仅云南站人员或起义或被俘，且由昆明转机准备逃往台湾的西南特区区长徐远举、副区长周养浩、经理处长郭旭、总务处长成希超四名少将以及随行大小特务也都一网成擒。
在保密局各地组织崩溃前夕，毛人凤遵照蒋介石的指示，在上海、重庆等地大批处决在押的*产党共**员和杨虎城、黄显声等反蒋将领，同时逮捕或*杀暗**有“投共嫌疑”的国民*党**人士，如何思源、周伟龙、刘人爵、杨杰等，并对兵工厂、发电厂等可能“资敌”的设施进行破坏，但是这一系列活动，除了给人留下“滥杀泄愤”的印象以外，已经没有任何意义。