在这个星球上，人类和细菌一起进化。
二三十万年前，当人类刚刚进化成智人时，我们的狩猎采集祖先将他们所能找到的一切当作食物：古老的谷物、坚果、豆类和水果。所有这些都含有大量的纤维，而微生物赖以生存的正是这些纤维。食物是从富含细菌的土壤和植被中被手工采摘的，所以我们的远祖吞下去的每一口食物都含有来自周围环境的微生物，它们会随着食物一起进入他们的肠道。即使在约公元前10000年的第一次农业革命之后，人类从狩猎和采集转向依赖人工种植的食物时，主食仍然主要以植物为基础。这种饮食模式富含微生物所消耗的纤维，也富含来自环境的细菌，在进化过程中塑造了我们的身体，让我们得以生存。
尽管我们与细菌的命运紧密相连，但在历史的大部分时间里，人类甚至都不知道细菌的存在，更不用说了解健康的细菌在我们体内所扮演的角色了。不过在过去几个世纪里，科学已经改变了我们对细菌如何既带来疾病，又促进健康的理解。这些理解始于疾病。在微生物学领域早期，我们对细菌的了解大多集中在“坏”细菌上，但这是有原因的。毕竟，纵观历史，毁灭性的流行病不时席卷全球，细菌所到之处，大部人都无法幸免。在中世纪，伤寒、瘟疫、痢疾和麻风病等可怕的疾病猖獗，给无数人带来痛苦和死亡。那时的医生对这些疾病的病因只有理论解释，他们甚至不太知道周围不卫生的环境会让细菌传播。当时，在世界各地的大多数社区，不管在家中还是在街头，人们的粪便、尿液、腐臭的食物和害虫都混在一起，形成了无处不在的粪坑，使得细菌群得以繁殖和传播。
19世纪40年代，维也纳爆发了一场产妇死亡率高的流行病，随之而来的是医学界的一个重大发现。大量妇女在一家特定的产科诊所分娩后死于感染。该诊所的医生伊格纳兹·塞梅尔魏斯注意到一个规律：负责接生的医生在母亲死亡之后将她们直接送往停尸房，在那里对她们进行尸检，然后回接生室负责接生下一位即将分娩的母亲。塞梅尔魏斯开始琢磨：不管是什么夺去了那些妇女的生命，这种东西是否会随医生一起回来，继而夺走新受害者的生命？他想出了一个新点子：医生应该在尸检和分娩之间用一种“消毒”溶液洗手，以消除这种隐患。这个点子起作用了。产妇因感染导致的死亡率骤降至个位数。
塞梅尔魏斯的发现是卫生医疗程序发展史上的一个转折点。之后还有另一个重要的里程碑，约瑟夫·利斯特警告说，洗手远远不够：所有手术器械也必须在化学溶液中消毒。7结果便是手术后坏疽的减少。诸如此类的创新使医院、手术室和医生办公室的卫生消毒水平达到了我们今天认为理所当然的高标准，并将继续拯救千百万人的生命。
然而，这也带来了意想不到的后果。人们对如何控制和消灭可能导致感染的细菌了解得越多，就越普遍地认为所有细菌都是有害的，由此开启了至今仍存在的恐惧细菌的时代。我们大多数人从小到大都在清洗、消毒、尽量避免细菌的侵袭。细菌是有害的，需要用抗生素来消灭，这一众所周知的信息渗透在公共卫生和公众意识中。消毒剂、洗手液和抗菌皂成为家居用品。在我们的食品系统中，杀虫剂、巴氏消毒法和牲畜抗生素得到了广泛应用，杀死了无处不在的细菌。事实上，抗生素革命彻底改变了现代医学——将拯救生命、杀死细菌的能力交到世界各地的医生、医院和公共卫生部门手中，从而在很大程度上消灭了过去具有破坏性的流行病。
但是科学一直在悄悄地做出有悖于直觉的发现。有些细菌实际上能带来挽救生命这样的益处。早在1907年，一位著名的俄罗斯动物学家伊利亚·梅奇尼科夫就开始质疑“所有细菌都是坏的”这一正统说法是否有缺陷。1892年法国霍乱流行期间，梅奇尼科夫将细菌混合在培养皿中，发现一些细菌可以刺激霍乱的蔓延，但令他惊讶的是，其他细菌却阻碍了霍乱的蔓延。于是他推测吞咽一些有益细菌可能有助于预防致命疾病。另一件事也让他感到震惊：尽管农村条件恶劣，人们非常贫穷，卫生情况极差，可有些人活到了高龄。他指出，在保加利亚，高加索山区的农民活了100多岁。他观察到年龄最大的村民喝的是含有保加利亚乳杆菌的发酵酸奶。梅奇尼科夫认为，长寿的秘诀之一就是食用健康的细菌。